摘要:当以点向面进行变量预测时,常使用插值法来实现。但是,环境微生物是异质性极高的复杂有机群体,使用插值法对其多样性或群落结构的预测效果通常很差。另一方面,环境微生物极易受到环境及气候因子的影响,这一特性使得我们可以通过环境或气候因素来对微生物的地理分布进行高效而准确的预测。本文以中国华北平原麦田土壤细菌的地理分布研究为示例,基于环境因子对微生物群落的驱动作用,利用种分布模型,在R软件中绘制微生物的分布图谱,给出了微生物分布图谱的标准化绘制及验证流程,为环境微生物的生物地理学研究提供了新的思路。
关键词: 微生物群落, 种分布模型, 分布图谱
仪器设备
普通Windows系统个人电脑,内存8 G,需求硬盘空间 (含软件) 约500 M
软件
R (v3.5.1),所需依赖包:sp、raster、rgdal、dismo、ggplot2和ggthemes注:本教程是基于已经在个人电脑上安装好的相关软件和依赖包进行的。如果安装出现问题,请参考以下链接:https://cran.r-project.org/web/packages/sp/index.htmlhttps://cran.r-project.org/web/packages/raster/index.htmlhttps://cran.r-project.org/web/packages/rgdal/index.htmlhttps://cran.r-project.org/web/packages/dismo/index.htmlhttps://cran.r-project.org/web/packages/ggplot2/index.htmlhttps://cran.r-project.org/web/packages/ggthemes/index.html
实验步骤
注意事项
种分布模型的优势和局限 优势:只需有限数量的调查样点,就能够高效、准确地预测目标范围内的各项微生物指标,包括多样性、群落结构、相对丰度等。 局限:研究范围中的生境差异性不宜过大,不同生境中的驱动因子存在差异,整体绘制微生物分布图谱时会使预测效力降低。此外,在进行种分布模型预测前,建议先分析微生物群落构建过程。如果随机性过程主导了微生物群落组装过程,那么通过该方法进行微生物地理分布预测的可靠性会降低。
参考文献
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