方法一: 重亚硫酸盐测序 (Bisulfite-sequencing) 实验原理:以重亚硫酸盐处理基因组DNA,发生甲基化的胞嘧啶不变,而未甲基化的胞嘧啶会变成尿嘧啶,经过PCR扩增,原本的C/G就变成T/A,可以通过测序区分。该方法检测精确,分辨率最高,但耗时耗力,通量有限。 实验目的:一般以下情况可以用此方法:精细定量检测目标区段的DNA甲基化情况;结合高通量测序检测全基因组DNA甲基化情况。
关键词: DNA甲基化, 高通量测序, 重亚硫酸盐
材料与试剂
仪器设备
实验步骤
注意事项
方法二: 酶切-PCR 实验原理:不同的限制性内切酶对其识别序列中C的甲基化的敏感程度不同,如以对甲基化敏感的限制性内切酶消化基因组DNA,若其识别序列发生了DNA甲基化则无法完成切割,再以此DNA为模板进行PCR扩增就可以得到目标条带,反之则无法扩增,从而判断该区段的相对DNA甲基化情况。相比较重硫酸盐测序,该方法操作简单,但分辨率不够。 实验目的:一般以下情况使用该方法:定性检测目标区段的DNA甲基化。 关键词:DNA甲基化,内切酶消化,PCR
方法三: 酶切-Southern blot 实验原理:与酶切-PCR类似,将内切酶消化后的基因组DNA进行Southern blot分析,检测DNA甲基化情况。 实验目的:一般以下情况使用该方法:定性检测目标序列的DNA甲基化;为了研究目的基因是否影响DNA甲基化,可以此方法检测5S rDNA、着丝粒等具代表性的DNA序列的甲基化。 关键词:DNA甲基化,内切酶消化,Southern blot,5S rDNA,着丝粒
参考文献
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