实验原理:SNP差异是在实验过程中经常遇到的基因型多态性类型,传统方法可以通过dCAPS或者测序的方法进行鉴定,但不是每一个SNP位点都能设计出dCAPS引物,而测序成本太高,难以进行规模化鉴定。来自芹菜的核酸酶CEL I可以特异识别DNA中的错配碱基而切割DNA,基于此,可以通过设计跨SNP位置的引物经PCR扩增后通过CEL I酶切跑胶检测来确定基因型。杂合基因型AB的PCR产物,会形成有碱基错配的异源双链DNA,可被CEL I识别并切割,跑胶会出现两条带。野生基因型AA和突变基因型BB在进行PCR扩增时加入一个已知亲本(A)的DNA到所有DNA中,然后PCR扩增,创造人工杂合基因型,如果此时可以被CEL I切割,则表明这份检测样品的基因型为BB,如果依然不能被CEL I切割,则表明此份DNA为AA基因型,因此通过两轮PCR(不加亲本A和加亲本A的DNA)结合CEL I酶切,可以准确的鉴定3种基因型。
实验目的:SNP基因分型
材料与试剂
- HEPES
- KCl
- MgSO4
- Triton X-100
- BSA
- 核酸酶CEL I (来自芹菜) 或者SURVEYOR® Nuclease Kits (Transgenomic, catalog number: 706020)
注:如果使用CEL I则需要自己制备酶的粗提物 (Till等, 2006)。
- CEL I酶粗提物缓冲液 (见溶液配方)
仪器设备
- PCR仪
- 电泳仪
实验步骤
Copyright: © 2018 The Authors; exclusive licensee Bio-protocol LLC.
分类
分子生物学 > DNA > 基因分型
分子生物学 > DNA > PCR
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