实验原理:SNP差异是在实验过程中经常遇到的基因型多态性类型,传统方法可以通过dCAPS或者测序的方法进行鉴定,但不是每一个SNP位点都能设计出dCAPS引物,而测序成本太高,难以进行规模化鉴定。来自芹菜的核酸酶CEL I可以特异识别DNA中的错配碱基而切割DNA,基于此,可以通过设计跨SNP位置的引物经PCR扩增后通过CEL I酶切跑胶检测来确定基因型。杂合基因型AB的PCR产物,会形成有碱基错配的异源双链DNA,可被CEL I识别并切割,跑胶会出现两条带。野生基因型AA和突变基因型BB在进行PCR扩增时加入一个已知亲本(A)的DNA到所有DNA中,然后PCR扩增,创造人工杂合基因型,如果此时可以被CEL I切割,则表明这份检测样品的基因型为BB,如果依然不能被CEL I切割,则表明此份DNA为AA基因型,因此通过两轮PCR(不加亲本A和加亲本A的DNA)结合CEL I酶切,可以准确的鉴定3种基因型。 实验目的:SNP基因分型
关键词: SNP, 基因分型, 异源双链
材料与试剂
仪器设备
实验步骤
溶液配方
致谢
感谢中国科学院植物研究所刘春明研究员对本方法体系建立所提供的帮助。
参考文献
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