研究背景

有瓣蝇类Calyptratae 隶属于昆虫纲Insecta四大超适应辐射类群之一的双翅目Diptera (范滋德，1992；薛万琦和赵建铭，1996；Pape et al., 2011)。目前已知23,000 余种 (Pape et al., 2011)，约占双翅目物种多样性的20%，是有缝组Schizophora (双翅目：短角亚目) 中物种多样性最为丰富的类群之一 (Pape et al., 2011)；其分布地遍及南极大陆以外的世界各地 (Kutty et al., 2010)；且生物学习性极为多样，以幼虫阶段尤为显著，不仅涵盖了捕食性、植食性、腐生性、寄生性、盗猎寄生性等昆虫纲全部常见的生物学习性类型，还包含专性寄生于哺乳动物皮下、颅腔或消化道的昆虫纲中唯一的哺乳动物专性内寄生类群——狂蝇科Oestridae (Zumpt, 1965; Kutty et al., 2010)，是媒介、法医、畜牧等领域的热点研究类群。该类群在物种数量、地理分布及生物学习性多样性等方面充分展现了双翅目昆虫的适应性，是探究双翅目系统发育 (phylogeny) 关系及成功适应辐射历史的关键类群。

材料与试剂

1. 胶水
2. 冻存管
3. 标本盒
4. 乙酸乙酯
5. 乙二醇乙醚
6. 甘油
7. RNAlater
8. 液氮
9. 乙醇
10. 无菌水
11. PCR缓冲液
12. dNTP
13. DNA聚合酶
    

仪器设备

1. 捕虫网、马来氏网、黄盘
2. 昆虫针
3. 水浴锅
4. 体视显微镜
5. 镊子
6. 小型细软毛刷
7. 剪刀
8. 低温冷冻冰柜
9. PCR仪
   

软件

1. BioEdit version v7.0.9.0 (Hall, 1999)
2. SeqMan (DNAStar, Steve hearDown, 1998-2001 version, DNASTAR Inc., USA)
3. BLAST (Altschul et al., 1990)
4. MITOS (Bernt et al., 2013)
5. DNAMAN (version 8, Lynnon Corp., Canada)
6. FastQC (Andrews, 2010)
7. Trimmomatic (Bolger et al., 2014)
8. idba-ud (Peng et al., 2012)
9. MAFFT (Katoh and Standley, 2013)
10. SequenceMatrix (Vaidya et al., 2011)
11. PartitionFinder2 (Lanfear et al., 2017)
12. MrBayes 3.2.1 (Ronquist and Huelsenbeck, 2003)
13. IQ-TREE (Nguyen et al., 2015)
14. Trinity (Grabherr et al., 2011)
15. Geneious (Biomatters, Auckland, New Zealand)
16. Orthograph version 0.6.1 (Petersen et al., 2017)
17. OrthoFinder version 1.1.10 (Emms and Kelly, 2015)
18. FASconCAT-G (Kück and Longo, 2014)
19. MARE version 0.1.2-rc (Misof et al., 2013)
20. IQ-TREE (Nguyen et al., 2015)
21. ModelFinder (Kalyaanamoorthy et al., 2017)
    

实验步骤