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水稻常用分子标记(SSR InDel SNP)检测
Detection of Commonly-used Molecular Markers (SSR InDel SNP) in Rice
发表时间: 2018年05月10日 DOI: 10.21769/BioProtoc.1010108 浏览次数: 10532
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实验原理：分子标记(Molecular Markers)是以个体间核苷酸序列变异为基础的遗传标记，是DNA水平遗传多态性的直接反映。
简单序列重复(Simple Sequence Repeat，SSR)，又称微卫星序列，其串联重复的核心序列为1-6 bp，重复单位数目一般10-60个，其多态性主要来源于串联基序数目的不同。其原理是根据串联重复序列设计引物，通过PCR反应扩增出不同长度的PCR产物，将扩增产物进行凝胶电泳，根据分离片段的大小确定基因型。
插入缺失(Insertion-Deletion，InDel)，指不同品种(系)在基因组中有小片段的核苷酸序列的插入或缺失，其原理是根据插入缺失位点设计引物，通过PCR反应扩增出不同长度的PCR产物，将扩增产物进行凝胶电泳，根据分离片段的大小确定基因型。
核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism，SNP)，指同一位点的不同等位基因之间仅有个别核苷酸的差异。其原理是根据多态性位点设计引物，通过PCR反应扩增出目标片段，利用测序技术来确定核苷酸差异。
实验目的：利用分子标记可以进行品种的基因型分析，真假杂种鉴定，遗传连锁图谱构建，分子标记辅助选择育种，基因定位、克隆，物种亲缘关系鉴别等。
简单序列重复(Simple Sequence Repeat，SSR)，又称微卫星序列，其串联重复的核心序列为1-6 bp，重复单位数目一般10-60个，其多态性主要来源于串联基序数目的不同。其原理是根据串联重复序列设计引物，通过PCR反应扩增出不同长度的PCR产物，将扩增产物进行凝胶电泳，根据分离片段的大小确定基因型。
插入缺失(Insertion-Deletion，InDel)，指不同品种(系)在基因组中有小片段的核苷酸序列的插入或缺失，其原理是根据插入缺失位点设计引物，通过PCR反应扩增出不同长度的PCR产物，将扩增产物进行凝胶电泳，根据分离片段的大小确定基因型。
核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism，SNP)，指同一位点的不同等位基因之间仅有个别核苷酸的差异。其原理是根据多态性位点设计引物，通过PCR反应扩增出目标片段，利用测序技术来确定核苷酸差异。
实验目的：利用分子标记可以进行品种的基因型分析，真假杂种鉴定，遗传连锁图谱构建，分子标记辅助选择育种，基因定位、克隆，物种亲缘关系鉴别等。
材料与试剂
- PCR试剂1)10x PCR Buffer (Mg2+ Plus) (Takara Bio, catalog number: R10T1)2)rTaq (TaKara Bio, catalog number: R10T1)3)dNTPs Mix (Pharmcia分装)4)ddH2O
- 测序试剂1)EXOI (New England Biolabs, catalog number: M0293L)2)SAP (Takara Bio, catalog number: D2660A)3)BigDye (ABI, catalog number: 4336913)4)5x Buffer (ABI, catalog number: 4336699)5)甲酰胺(ABI, catalog number: 4311320)6)上样用指示剂 (10x loading buffer) (见溶液配方)
- 琼脂糖胶电泳试剂1)琼脂糖Agarose (G-10, BIOWEST)2)核酸染料GoldView (AMRESCO分装)3)DNA Marker (DL2000 Plus, TransGen, catalog number: BM111)4)0.5x TBE溶液5)5x TBE (见溶液配方)
- 聚丙烯酰胺凝胶(PAGE)胶电泳试剂1)丙烯酰胺 (Acrylamatide, Ultra pure, BIO BASIC INC, catalog number: AB1032)2)甲叉－丙烯酰胺 (Bis-Acrylamatide, Ultra pure, BIO BASIC INC, catalog number: BB0025)3)过硫酸铵AP (Ammonium persulfate, Sigma-Aldrich, catalog number: A3678)4)去离子甲酰胺 (deionized formamid，生工生物, catalog number: F0606)5)NaOH (分析纯，光复)6)溴酚蓝 (Bromophonel blue, Sigma-Aldrich, catalog number: B0126)7)二甲苯氰 (Xylene cyanol FF, Sigma-Aldrich, catalog number: X4126)8)硅化剂 (Plusone Repel-Silane, Amersham. Biosciences, catalog number: 17-1332-01)9)反硅化剂 (Plusone Bind-silane, Amersham. Biosciences, catalog number: 17-1330-01)10)TEMED (Sigma-Aldrich, catalog number: T9281)11)95%乙醇 (分析纯，沪试，国药化试, catalog number: 10009134)12)硝酸银 (分析纯，国药化试, catalog number: 10018461)13)甲醛(分析纯，湖北奥生新材料科技有限公司, catalog number: 83012)14)Tris粉 (Tris Amino，Angus Chemical Company, catalog number: 77-86-1)15)硼酸(分析纯，国药化试, catalog number: 10004818)16)EDTA (分析纯，沪试，国药化试, catalog number: 10009717)17)尿素(分析纯，国药化试, catalog number: 10023218)18)1x TBE溶液19)1.40%的丙烯酰胺胶母液 (见溶液配方)20)过硫酸胺(AP)溶液 (见溶液配方)21)4% PAGE胺胶液 (见溶液配方)
仪器设备
- PCR仪 (ABI9700)
- 电泳仪 (LIFE TECHNOLOGIES, MODEL 250EX)
- 水平电泳槽 (北京六一)
- 垂直电泳槽 (北京六一)
- 通风橱 (SUNLAB，2004-SFH)
- 凝胶成像系统
- 测序仪 (ABI，3730)
实验步骤
Copyright: © 2018 The Authors; exclusive licensee Bio-protocol LLC.
引用格式：孙文强, 申国境, 余四斌. (2018). 水稻常用分子标记(SSR InDel SNP)检测. Bio-101: e1010108. DOI: 10.21769/BioProtoc.1010108.
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How to cite: Sun,
W. Q., Shen, G. J. and Yu, S. B. (2018). Detection of Commonly-used Molecular Markers (SSR InDel SNP) in Rice. Bio-101: e1010108. DOI: 10.21769/BioProtoc.1010108.
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分类
分子生物学 > DNA > 基因分型
植物科学 > 植物分子生物学 > DNA
分子生物学 > DNA > PCR
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