材料和试剂

1. 用于细胞培养的100 mm 2板（Corning ，目录号： CC430167）
2. StepOnePlus TM实时 PCR 系统的96 孔板
3. Primo ®过滤移液器吸头，0.5–10 μL （ Euroclone ，目录号：ECTD00010）
4. Corning ®过滤聚丙烯IsoTip TM移液器吸头，1–200 μL （Corning，目录号：4810）
5. Corning ®过滤聚丙烯IsoTip TM移液器吸头，100–1,000 μL （Corning，目录号：4809）
6. 1.5 mL Eppendorf 安全锁管（Eppendorf，目录号：0030 120.086）
7. 英杰公司 Qubit TM测定管（Invitrogen，目录号：Q32856）
8. PBN，N-叔丁基-α-苯基硝酮（Sigma-Aldrich，目录号：B7263）
9. DNeasy Blood & Tissue 试剂盒（QIAGEN，目录号：69504）
10. 乙二胺四乙酸（EDTA）溶液，0.5 M 在 H 2 O 中（Sigma-Aldrich，目录号：E7889）
11. 琼脂糖低 EEO（琼脂糖标准品）（AppliChem，目录号：A2114）
12. 8-羟基脱氧鸟苷抗体（Millipore，目录号：AB5830）
13. Dynabeads® _ 磁珠蛋白 G（ Thermo Fisher Scientific，目录号：10003D）
14. 牛血清白蛋白（BSA）（Sigma-Aldrich，目录号：B6917-100MG）
15. Mini Elute ® PCR 纯化试剂盒（QIAGEN，目录号：28004）
16. 随机引物 DNA 标记系统（ Thermo Fisher Scientific，目录号：18187-013）
17. 量子位 dsDNA HS测定试剂盒（Invitrogen，目录号：Q32851）
18. 无核酸酶水（未经DEPC处理）（ Ambion ，目录号：AM9930）
19. 蛋白酶K，重组，PCR级（ Thermo Fisher Scientific，目录号：EO0492）
20. TruSeq ChIP文库制备试剂盒 (Illumina)
21. N-乙酰半胱氨酸（见食谱）
22. NaPi缓冲液（1 M，pH 7.4）（参见食谱）
23. 调整缓冲区（见配方）
24. Tris EDTA (TE) 缓冲液（参见配方）
25. IP 缓冲区（参见配方）
26. 洗涤缓冲液（见配方）
27. 洗脱缓冲液（参见配方）
笔记：
a. 该协议中使用的移液器吸头应具有低保留、无 RNase 和无DNase，并带有气溶胶过滤器。必须使用这些提示执行所有步骤。
b. 本协议中使用的 PCR 管和微管应具有低保留、无 RNase 和无 DNase。所有步骤都必须使用这些管子执行。

可选的：
1. MCF10A细胞系（ATCC，目录号：CRL-10317）
2. Dulbecco改良的Eagle培养基（DMEM）（ Euroclone ，目录号：ECM0728L）
3. 不含L-谷氨酰胺的火腿营养混合物F-12（ Euroclone ，目录号：ECB7502L）
4. 马血清（ Euroclone ，目录号： ECS0090L)
5. 氢化可的松（Millipore，目录号： 3867)
6. 霍乱毒素（Sigma-Aldrich，目录号：C8052）
7. 胰岛素（Sigma-Aldrich，目录号：I5500）
8. 重组人表皮生长因子（ Thermo Fisher Scientific，目录号：PHG0311）
9. 青霉素/链霉素100 × （ Euroclone ，目录号：ECB3001D）
10. 的胰蛋白酶-EDTA 1 × ，不含钙，不含镁，不含酚红（ Euroclone ，目录号：ECB3052D）
11. Dulbecco磷酸盐（PBS）缓冲盐水，不含钙，不含镁（ Euroclone ，目录号：ECB4004L）
12. N-乙酰半胱氨酸（Sigma-Aldrich，目录号：A7250）
13. DNA 寡核苷酸（集成 DNA 技术）
14. Luna® Universal qPCR master mix（ BIOLABS ，目录号：M3003）
15. MCF10A 细胞系的生长培养基（见配方）

设备

1. Qubit ® 2.0 荧光计（ Thermo Fisher）
2. Eppendorf 微型离心机（Eppendorf，型号：5418 R）
3. 成骨节点 Bioruptor ® Plus B01020001（ Diagenode ，型号：UCD-300 TM ）
4. Eppendorf ® Thermomixer ® R 干块加热和冷却摇床（Eppendorf，目录号：T3442）
5. 宽微型子电池 GT 系统（Bio-Rad，目录号：1704405EDU）
6. Wide mini-sub cell GT mini handcasting套件（Bio-Rad，目录号：1704497）
7. PowerPac HC 电源（Bio-Rad，目录号：1645052EDU）
8. 涡流混合器 (IKA 3340000)
9. PureProteome TM磁性支架（Millipore，目录号：LSKMAGS08）
10. 学者TM SpeedVac TM DNA 130 集成真空浓缩系统（ Thermo Fisher Scientific，目录号：15819206）
11. StepOnePlus TM Real-Time PCR 系统升级（Applied Biosystems TM ，目录号：4379216）
12. Nanodrop 微量分光光度计 ( Thermo Fisher Scientific)
13. （可选）UV交联剂（ Stratalinker ，型号：1800）

软件

1. Fastqc
2. Trimmomatic
3. Burrows-Wheeler Aligner（BWA，版本：0.7.12-r1039， http ://bio-bwa.sourceforge.net/ ，免费）
4. Samtools （v1.7， http: //www.htslib.org/ ，免费）
5. Bedtools （v2.17.0， https ://bedtools.readthedocs.io/en/latest/ ，免费）
6. Deeptools （ https://deeptools.readthedocs.io/en/develop/ ，免费）
7. 荷马（ http://homer.ucsd.edu/homer/ngs/peaks.html ，免费）

程序

该协议可以很容易地应用于任何细胞系。目前的研究还包括未经处理和经紫外线和 N-乙酰半胱氨酸 (NAC) 处理的 MCF10A OxiDIP -Seq 样品的制备和分析的优化程序。如Amente等人所述，UV 和 NAC 处理的 MCF10A 细胞可分别用作阳性和阴性对照。（2019），戈里尼等人。（2020 年）和 Scala等人。（2022 年）。与未经处理的细胞相比，在紫外线处理的细胞中检测到显着更高水平的 8- oxodG ，在 NAC 处理的 MCF10A 细胞中检测到较低水平的 8-oxodG，这证明了我们检测 8-oxodG 方法的敏感性和特异性。有关更多信息，请参阅上述原始论文。

第一天
可选的：
1. 用 1 mM NAC 处理 MCF10A 细胞 1 小时，作为阴性对照。
2. 照射 MCF10A 细胞作为阳性对照，如下：
a. 100 mm 2板中取出介质，并将其放入新的 15 mL 管中。
b. 将板插入配备 254 nm 紫外灯的Stratalinker ® UV 交联剂中。
c. 在仪器上设置40 J/m 2照射细胞。
d. 辐照后，将步骤 2a 中回收的培养基添加到辐照细胞上，并在 37°C 下孵育细胞 30 分钟。

A. 基因组 DNA 的提取
1. 胰蛋白酶添加到 100 mm 2板中，对未经处理和（可选）处理的细胞（至少 5 × 10 6 个细胞；应通过实验确定最佳细胞数）进行胰蛋白酶处理。在 5% CO 2中孵育加湿培养箱 37 ℃ 10 min。
2. 5毫升生长培养基以中和胰蛋白酶并将细胞转移到15 mL 离心管中。
3. × g和室温 (RT) 下将细胞离心3 分钟。
4. 重悬于200 μL 1× PBS的PBS，加入 20 μL蛋白酶K。
5. 加入d 200 μL缓冲液 AL（参见DNeasy Blood & Tissue试剂盒），涡旋混匀，样品在 37 ° C下孵育 4 h。
6. 加入 200 μ L的100% 乙醇。通过涡旋彻底混合。
7. 将混合物移入DNeasy mini 离心柱（参见DNeasy Blood & Tissue kit），置于 2 m L收集管中。
8. 6,000 × g离心机 (8,000 rpm) 1 分钟。丢弃流通和收集管。
9. 将DNeasy mini 离心柱放入新的 2 mL收集管中。加入 500 μL缓冲液AW1（参见DNeasy Blood & Tissue 试剂盒）。
10. 以 6,000 × g (8,000 rpm) 离心 1 分钟。丢弃流通和收集管。
11. 将旋转柱放入新的 2 mL收集管中。加入 500 μL缓冲液AW2 （参见DNeasy Blood & Tissue 试剂盒）。
12. 以 6,000 × g (8,000 rpm) 离心 1 分钟。丢弃流通和收集管。
13. 重复步骤 A12。
14. 将DNeasy mini 离心柱转移到新的 1.5 m L微量离心管中。
15. 加入 50 μ L洗脱 DNA 无菌无核酸酶水。等待 5 分钟，然后以 6,000 × g (8,000 rpm) 的速度离心 1 分钟。
16. μL洗脱剩余的 DNA 无菌无核酸酶水。等待 5 分钟，然后以 6,000 × g (8,000 rpm) 的速度离心 1 分钟。将步骤 A15 和 A16 中洗脱的 DNA 汇集在一起。
注意：尽可能在低光度下工作（通过在实验室中关灯并用遮光板覆盖窗户），因为我们经历过光可能会降低 8-oxodG IP 的产量。此外，在使用前向步骤 A4 – A16中指示的每个溶液中添加 PBN（在无核酸酶水中储存 28 mM；工作 0.07 mM），以保持从细胞中提取的 DNA 的氧化状态并防止引入可能的新的非特异性 8 DNA处理过程中的-oxodGs 。此外，建议阅读DNeasy Blood & Tissue 试剂盒手册中的建议和故障排除指南。

B. 基因组 DNA 的超声处理
注意：确保Bioruptor是冷的。
1. 使用 Nanodrop 量化洗脱的 DNA。
2. 转移 5 μ g定量 DNA ，终体积为100 μL TE 缓冲液（见配方3），到新的 1.5 m L试管中。
3. 在高功率模式下使用 15 – 20 个周期（30 秒开和 30 秒关）进行超声处理。
笔记：最佳循环数必须通过实验确定。
4. 使用 400 ng 超声处理的 DNA 在琼脂糖凝胶 (1.5%) 上测试超声处理；一个好的超声处理应该产生大小在 200 到 800 bp 之间的片段。在超声处理前后将样品放在冰上。
注意：尽可能在低光度下工作，并在步骤 B1 – B3 中指示的每个溶液中添加 PBN（在无核酸酶水中储存 28 mM；工作 0.07 mM）。

C. 含 8-oxodG 的 ssDNA 的免疫沉淀
1. μL中稀释 4 μg的sonica ted DNA IP 缓冲区（见配方 6 ）。
2. 取 3% 作为输入 (15 μL )，将其收集在新试管中，并将其储存在 -20 °C 直到步骤 D7。
3. 在 95 °C 下在热摇床上使样品变性 5 分钟（必须储存在 -20 °C 的输入除外）。然后转移到冰上 15 分钟。
4. 加入 4 μL抗 8-羟基脱氧鸟苷的多克隆抗体，并在 4 °C 持续旋转下孵育过夜。
5. 用 BSA 阻断磁珠如下：
• 将 30 μ L /样品放入新的 1.5 m L微量离心管中。
• 1 m L的 IP 缓冲液清洗磁珠。
• 将磁珠重新悬浮在 1 m L IP 缓冲液 + BSA (0.5 mg/m L)中，并在恒定旋转下在 4°C 下孵育过夜。
第二天
• mL的冷 IP 缓冲液清洗磁珠两次。
• μ L /冷 IP 缓冲液样品的最终体积中。
6. 添加 30 μ L 将 BSA 封闭的磁珠加入步骤 C4 的样品中，并在冷藏室（4°C）中恒定旋转孵育 3 小时。
–C 6尽可能在低光度下工作，并在步骤 C1 –C 5中指示的每个溶液中添加 PBN（在无核酸酶水中储存 28 mM；使用 0.07 mM）。

7. 用 1 mL 洗涤缓冲液（参见配方 7 ）洗涤珠子-抗体-ssDNA 复合物，如下所示：
a. 将样品放在磁架上 5 分钟。
b. 丢弃流通。
c. 添加 1 m L的洗涤缓冲液。
d. 在冷室（4°C）中，在恒定旋转下取样 10 分钟。
8. 重复步骤 7 四次。
注意：从第 7 步开始，在实验室正常光照条件下工作。

D. 纯化含 8-oxodG 的 ssDNA和输入 DNA
1. 洗涤完成后，丢弃流通液并用 250 μ L重新悬浮珠子洗脱缓冲液（见配方 8 ）。
2. 在热摇床 (800 rpm) 上在 37°C 下孵育 O/N。

第三天
3. 将温度提高到 52° C，再放置 1 小时。
4. 以 13,000 rpm 的速度旋转样品 3 分钟，在磁架上捕获珠子，并将上清液转移到新的 2 m L管中。
5. 100 μL中重悬珠子再次使用洗脱缓冲液（参见配方 8 ）并在热摇床（800 rpm）上在 52°C 下重新孵育 10 分钟。
6. 以 13,000 rpm 的速度旋转样品 3 分钟，在磁架上捕获磁珠，并将上清液转移到之前在步骤 D4 中使用的相同的 2 m L管中。
总体积为350 μL的含有 8-oxodG 的 ssDNA 样品 (IP ) 。
7. 解冻输入 DNA 样本（之前储存在 -20 °C，步骤 C2）并加入 160 μ L 洗脱缓冲液的总体积达到175 μL 。
8. 使用 Qiagen mini elute PCR 纯化试剂盒纯化 IP 和输入样品：
a. 添加1,750 μL和875 μL _ PB 缓冲液（不含 pH 指示剂，参见 Qiagen mini elute PCR 纯化试剂盒）至 IP 和 Input 。
b. 涡旋并短暂旋转。
c. 将样品转移至MiniElute柱（参见 Qiagen mini elute PCR 纯化试剂盒）。
注意：仅对于 IP 样品，由于其体积大于单个MiniElute柱上可上样的体积，通过上样 525 μL将 IP 样品分成两根MiniElute柱（每个1,050 μL ） IP 样品在同一列上两次。
d. 以 13,000 rpm 的速度旋转样品 1 分钟。
e. 丢弃流通。
f. 0 μ L清洗柱子 PE 缓冲液（含有乙醇的洗涤缓冲液，参见 Qiagen mini elute PCR 纯化试剂盒）。
g. 以 13,000 rpm 的速度旋转样品 1 分钟。
h. 丢弃流出液并再次旋转 1 分钟以尽可能干燥色谱柱。
i. 用 15 μL 进行两次洗脱，在总体积为 30 μL的无核酸酶水中洗脱DNA 对于每一列。
MiniElute柱洗脱的 DNA 收集在一个 1.5 m L管中（因此每个 IP 样本的最终体积为 60 μL ）；对于输入样品，再添加30 μ L 无核酸酶水达到相同的 IP 终体积（60 μL ) 。

E. 可选：对 UV 和 NAC 处理的 MCF10A 样品进行 qPCR 质量测试
1. 使用 IDT（集成 DNA 技术）平台设计 DNA 寡核苷酸，同时考虑阳性和阴性区域（见表 1）。

表 1. qPCR 引物

2. 在 96 孔板中加载 17 μL的主混合物（参见表 2）和 3 μL的样品。
笔记：
a. 每个反应执行 3 次以获得具有统计学意义的值。
b. 我们推荐StepOne TM实时 PCR 系统仪器和适当的热循环协议。

表 2. 主混合物

F. 双链（使用 Invitrogen 随机标记试剂盒）
注意：仅在 NGS 文库制备之前。如果样本将通过 qPCR 分析，则不需要。
1. 在 RT 下使用 Speed-vac将每个 IP 样品真空干燥至 30 μ L的最终体积。
2. 在 95°C 下煮沸 5 分钟，然后转移到冰上 1 分钟。
3. 使用 Invitrogen 随机标记试剂盒提供的试剂制作以下双链 (DS ) 预混液 (1 × )：

4. 在步骤 F2 的 IP 样品中加入 20 μ L DS master mix。
5. 在 25°C 下孵育 3 小时，轻轻混合（通常为 450 rpm）。
6. 加入 5 μL停止缓冲液（参见 Invitrogen 随机标记试剂盒）并置于冰上。
7. 按照制造商的说明使用Mini Elute PCR 纯化试剂盒进行纯化。
8. 使用Qubit量化 dsDNA dsDNA HS 检测试剂盒。简而言之，混合 1 μ L 将纯化的 DNA（来自步骤 F7）和 199 μL Qubit ®工作溶液（ Qubit dsDNA HS 试剂 200 ×和 Qubit dsDNA HS 缓冲液）放入干净的 Qubit 测定管中。在 RT 下孵育 2 分钟，然后在 Qubit 2.0 荧光计中测量浓度。通常，Qubit dsDNA HS 检测需要两个标准。每个标准管需要 10 µL的每个 Qubit 标准品和 190 µL的 Qubit 工作溶液。
该测定对双链 DNA (dsDNA) 具有高度选择性，并且对于 10 pg /µ L至 100 ng/µ L的初始样品浓度是准确的。

G. 文库制备和测序
使用 1 – 2 ng IP 或 Input DNA 与TruSeq制备 NGS 文库 ChIP样品制备试剂盒。根据标准操作程序，使用 Illumina 平台以 40 – 5000 万个 50 bp 单端读数的吞吐量进行测序。

数据分析

Amente等人所示，分析OxiDIP- Seq（图 2）。（2019），戈里尼等人。（2020 年）和 Scala 等人。（2022 年）。
简要地：
A. 必要文件：
a. GRCh37 (hg19) 参考fasta文件
b. GRCh37 (hg19) bwa 指数

B. 过滤和映射
需要对每个排序的（IP 和输入）示例执行以下步骤（图 2A）。
1. FastQC执行读取质量检查。
2. 带有以下参数的Trimmomatic执行读取修剪：-j 20 --length 30 --three_prime_clip_R1 3 --clip_R1 3 --trim-n。
3. FastQC对修剪后的读数进行质量检查。
4. 带有默认参数的“bwa aln ”，使用 BWA 回溯方法映射读取到 GRCh37 (hg19) 。
5. 使用带有默认参数的 SAM-tools 视图模块执行 SAM 到 BAM 格式的转换。
6. 带有默认参数的 SAM-tools排序 BAM 文件。
7. 带有默认参数的 SAM-tools 索引来索引 BAM 文件。
8. 使用具有以下参数的 SAM-tools 视图过滤掉 MPAQ 小于 1 的未映射读取和比对：-F 4 -q 1 -b。
9. 使用标准染色体 id 列表作为输入的 SAM 工具视图过滤标准染色体。
10. 使用带有默认参数的 SAM-tools rmdup删除 PCR 重复项。
11. 带有默认参数的 SAM-tools排序 BAM 文件。
12. 带有默认参数的 SAM-tools 索引生成 BAM 文件索引。

C. 峰值呼叫
OxiDIP和相应的 DNA 输入比对（图 2B）开始，每个样本都需要执行此步骤：
1. 带有默认参数的MACS2 执行峰值调用。
2. 使用 HOMER annotatePeaks.pl并指定 hg19 作为基因组，从窄峰文件（步骤 1）开始执行峰注释。

D. 基因组信号处理
DeepTools套件对每个样本进行信号归一化和相关分析（图 2C）。
1. DeepTools估计 GC 偏差使用默认参数计算GCbias 在 IP 和输入 BAM 文件上。
2. 如果在步骤 D1 中执行的估计显示存在偏差，请使用DeepTools执行 GC 内容偏差校正使用 BAM 文件上的默认参数进行正确 GCbias ，以生成 GC 更正的 BAM 文件并继续执行步骤 D3。
3. 生成归一化的 8-oxodG 使用DeepTools在相应的基因组输入（log 2 8-oxodG/输入比率）上发出信号 bam与 SES 方法作为比例因子进行比较，并在基因组浏览器上可视化输出的 bigwig 文件。
4. DeepTools生成包含 IP 和输入样本的标准化读取计数信号的 bigwig 文件 bamCoverage在 BAM 文件上并选择 CPM（每百万计数）作为标准化方法，并在基因组浏览器上可视化两个信号（IP 和输入）。
5. 使用DeepTools执行元基因分析在步骤 D3-D4 中使用默认参数生成的 bigwig 文件上的computeMatrix 。使用DeepTools生成元基因热图在上一步中使用默认参数计算的矩阵上的plotHeatmap 。

仅当您对 NAC 和 UV 处理的细胞执行了可选步骤 D1 和 D2 时：
6. DeepTools在两种实验条件（UV/NAC 和未处理）中的样本之间以及生物复制之间执行相关性分析 multiBamSummary命令并选择“bins”作为子命令。
DeepTools 绘制两种实验条件（UV/NAC 和未处理）中的样本之间以及生物复制之间的相关性绘图相关命令。
7. DeepTools在 UV 或 NAC 处理的 MCF10A 细胞中生成包含大人物的信号比较 bamCompare以精确缩放方法作为缩放因子的相应 BAM 文件，并在基因组浏览器上可视化轨迹。
8. 使用DeepTools执行元基因分析在步骤 D7 中使用默认参数生成的 bigwig 文件上的computeMatrix 。

图 2. 生物信息学分析工作流程
该方案表示数据分析的顺序步骤。

食谱

1. MCF10A 细胞生长培养基

2. N-乙酰半胱氨酸
试剂最终浓度数量
N-乙酰半胱氨酸不适用 100 毫克
无核酸酶水不适用 1毫升

3. TE缓冲液
试剂最终浓度数量
Tris-HCl (1 M, pH 8)
EDTA（0.5 M，pH 8） 10毫米
1毫米 500微升_
100微升_
无核酸酶水不适用 49.4 米长
全部的不适用 50 米长

4. NaPi缓冲液（1 M，pH 7.4）
试剂最终浓度数量
NaH 2 PO 4 (1 M) 不适用 43 米长
Na 2 HPO 4 (1 M) 不适用 57 米长
全部的不适用 100 米长

5. 调整缓冲区
试剂最终浓度数量
NaPi缓冲液（1 M，pH 7.4） 110 毫米 110微升_
氯化钠 (5 M)
海卫一 X-100 (20%)
无核酸酶水 1,540 毫米
0.5%
不适用 308微升_
25μL _ _
557微升_
全部的不适用 1毫升

6. IP缓冲区
试剂最终浓度数量
调整缓冲区
TE缓冲液不适用
不适用 1毫升
9 米长
全部的不适用 10 米长

7. 洗涤缓冲液
试剂最终浓度数量
NaPi缓冲液（1 M，pH 7.4）
氯化钠 (5 M)
海卫一 X-100 (20%) 10毫米
150 毫米
0.05% 100微升_
300微升_
25μL _ _
无核酸酶水不适用 9.575 米长
全部的不适用 10 米长

8. 洗脱缓冲液
试剂最终浓度数量
Tris-HCl (1 M, pH 8)
EDTA（0.5 M，pH 8）
安全数据表 (10%)
PK (20 毫克/毫升) 50毫米
10毫米
1%
0.5 毫克/毫升 250微升_
100微升_
500微升_
125μL _ _
无核酸酶水不适用 4,025微升_
全部的不适用 5,000微升_

致谢

资金： POR Campania FESR 2014-2020 “SATIN” 赠款 SA AIRC IG13173 赠款 BM GS 承认 PON AIM 2014-2020 E69F19000070001 的支持。原始论文已在Amente等人发表。 (2019) (DOI: 10.1093/ nar /gky1152)， Gorini等人。 (2020) (DOI: 10.1093/ nar /gkaa175) 和 Scala 等人。 (20220 (DOI: 10.1093/ nar /gkac143)。

利益争夺

作者声明他们没有其他竞争利益。

参考

1. Amente , S., Di Palo, G., Scala, G., Castrignano , T., Gorini , F., Cocozza , S., Moresano , A., Pucci, P., Ma, B., Stepanov, I. ，等人。（2019）。 8-oxo-7,8-dihydro-2'-deoxyguanosine 的全基因组图谱揭示了哺乳动物细胞转录长基因内 DNA 复制起点处氧化产生损伤的积累。核酸研究47（1）：221-236。
2. Baik , M.-H., Silverman, JS, Yang, IV, Ropp , PA, Szalai , VA, Yang, W. 和 Thorp, HH (2001)。使用密度泛函理论设计具有低氧化电位的 DNA 碱基类似物。 J物理化学B 105（27）：6437-6444。
3. Batra, VK, Beard, WA, Hou, EW, Pedersen, LC, Prasad, R. 和 Wilson, SH (2010)。 8-oxo-7,8-dihydro-2'-dGTP 在 DNA 聚合酶活性位点范围内的致突变构象。 Nat 结构分子生物学17（7）：889-890。
4. Beckman, KB 和 Ames, BN (1998)。衰老的自由基理论已经成熟。生理学修订版 78（2）：547-581。
5. Boiteux , S.、 Coste , F. 和Castaing , B. (2017)。修复原核和真核细胞中的 8-oxo-7,8-dihydroguanine：Fpg 和 OGG1 DNA N-糖基化酶的特性和生物学作用。自由基生物学杂志107：179-201 。
6. Cao, B., Wu, X., Zhou, J., Wu, H., Liu, L., Zhang, Q., DeMott, MS, Gu, C., Wang, L., You, D. 等. （2020 年）。用于 DNA 修饰和损伤的单核苷酸分辨率基因组图谱的 Nick-seq。核酸研究48（12）：6715-6725。
7. Cooke, MS, Evans, MD, Dizdaroglu , M. 和Lunec , J. (2003)。氧化性 DNA 损伤：机制、突变和疾病。 FASEB J 17（10）：1195-1214。
8. Ding, Y.、Fleming, AM 和 Burrows, CJ (2017)。通过 OG-Seq 对氧化修饰碱基 8-Oxo-7,8-dihydroguanine 的小鼠基因组进行测序。 J Am Chem Soc 139（7）：2569-2572。
9. Evans, MD 和 Cooke, MS (2004)。导致核酸氧化损伤结果的因素。生物论文 26（5）：533-542 。
10. Fang, Y. 和 Zou, P. (2020)。通过 8-氧鸟嘌呤 DNA 糖基化酶工程对氧化性 DNA 损伤进行全基因组图谱分析。生物化学59（1）：85-89。
11. Fortini , P., Parlanti , E., Sidorkina , OM, Laval, J. 和Dogliotti , E. (1999)。 DNA 糖基化酶的类型决定了哺乳动物细胞中的碱基切除修复途径。生物化学杂志 274（21）：15230-15236 。
12. Frosina, G., Fortini , P., Rossi, O., Carrozzino , F., Raspaglio , G., Cox, LS, Lane, DP, Abbondandolo , A. 和Dogliotti , E. (1996)。哺乳动物细胞中碱基切除修复的两种途径。生物化学杂志 271（16）：9573-9578 。
13. Gorini , F., Scala, G., Di Palo, G., Dellino , GI, Cocozza , S., Pelicci , PG, Lania , L., Majello , B. 和Amente , S. (2020)。 8-oxodG 的基因组景观揭示了特定固有脆弱启动子的富集。核酸研究48（8）：4309-4324。
14. Kim, GH, Kim, JE, Rhie , SJ 和 Yoon, S. (2015)。氧化应激在神经退行性疾病中的作用。 Exp Neurobiol 24（4）：325-340。
15. Klaunig ，JE 和Kamendulis ，LM（2004 年）。氧化应激在致癌作用中的作用。 Annu Rev Pharmacol 毒理学 44：239-267 。
16. Koga, Y.、Taniguchi, Y. 和 Sasaki, S. (2013)。结合 8-氧代-鸟苷的寡核糖核苷酸的合成及其碱基配对特性的评估。核苷核苷酸核酸32（3）：124-136。
17. 林达尔，T. (1993)。 DNA一级结构的不稳定和衰变。自然362（6422）：709-715。
18. 林达尔，T. (1990)。修复内在的 DNA 损伤。 Mutat Res 238（3）：305-311。
19. Lindahl, T. 和 Barnes, DE (2000)。修复内源性DNA损伤。冷泉港_ 症状Quant Biol 65：127-133。
20. Liu, ZJ, Martinez Cuesta, S., van Delft, P. 和 Balasubramanian, S. (2019)。以单核苷酸分辨率对 DNA 中的无碱基位点进行测序。国家化学11（7）：629-637。
21. Maga, G., Villani, G., Crespan , E., Wimmer , U., Ferrari, E., Bertocci , B. 和Hubscher , U. (2007)。在辅助蛋白存在的情况下，人类 DNA 聚合酶绕过 8-氧代鸟嘌呤。自然447（7144）：606-608。
22. 诗人，AR（2020）。氧化性 DNA 损伤、修复和由此产生的诱变的基因组学。计算机结构生物技术J 18：207-219 。
23. Poetsch ，AR，Boulton，SJ 和 Luscombe，NM（2018 年）。氧化性 DNA 损伤和修复的基因组景观揭示了区域选择性保护免受诱变。基因组生物学19（1）：215。
24. Scala, G., Gorini , F., Ambrosio, S., Chiariello , AM, Nicodemi , M., Lania , L., Majello , B. 和Amente , S. (2022)。超增强子内的 8-oxodG 积累标志着脆弱的 CTCF 介导的染色质环。核酸研究50(6)：3292-3306。
25. Shibutani, S.、Takeshita, M. 和Grollman , AP (1991)。在 DNA 合成过程中插入特定碱基经过氧化损伤的碱基 8-oxodG。自然349（6308）：431-434。
26. Steenken , S. 和 Jovanovic, SV (1997)。 DNA有多容易被氧化？水溶液中腺苷和鸟苷自由基的单电子还原电位。 J Am Chem Soc 119（3）：617-618。
27. van Loon, B.、Markkanen, E. 和Hubscher , U. (2010)。氧气作为朋友和敌人：如何对抗 8-氧代鸟嘌呤的突变潜力。 DNA 修复 ( Amst ) 9(6): 604-616。
28. Wu, J.、McKeague, M. 和Sturla , SJ (2018)。通过 Click-Code-Seq 对氧化性 DNA 损伤进行核苷酸分辨率全基因组图谱。 J Am Chem Soc 140（31）：9783-9787。