材料和试剂

无菌50毫升锥形管（康宁，目录号：430291）
尖锐的刀片（例如剃刀刀片（例如剃刀刀片公司，目录号62-0167）或适当的手术刀刀片（例如，＃10） >
94×16毫米培养皿（Greiner Bio One International，目录号：632102）
小型刮刀用于在分级过程中操作麻醉的鱼
无菌15 ml锥形管（Corning，目录号：431470）
画笔（，例如，Kolinsky France，Manet 630，尺寸3）
60×15毫米培养皿（Greiner Bio One International，目录号：628160）
多聚合物防护手套（Shield Scientific，目录号：66 9253）
Parafilm M（Sigma-Aldrich，Parafilm，目录号：P7543）
用于烤肉炉杂交炉的玻璃管（Fisher Scientific，目录号：11791436）
2 ml Eppendorf管（STARLAB INTERNATIONAL，目录号：E1420-2000）
3.2毫升转移吸管（卡尔罗斯，目录号：EA67.1）
2毫升玻璃管（卡尔罗斯，目录号：H303.1）
0.22微米孔径的过滤器（SARSTEDT，目录号：83.1826.001）
标准条件下饲养的6周龄斑马鱼（密度，饲养，等等）;劳伦斯和梅森，2012;劳伦斯等人，2016）
轮虫（ brachionus plicatilis ）
盐水虾（无脂肪nauplii ）
干粮（Skretting，Gemma Micro）
纯氮（液化空气，ALPHAGAZ 1）
Alexa Fluor 488共轭二抗，山羊抗鸡IgY（H + L）（Thermo Fisher Scientific，Invitrogen TM，目录号：A-11039）
（3）（Thermo Fisher Scientific，Invitrogen TM，产品目录号：D282）。
二甲基亚砜（DMSO）（Carl Roth，目录号：4720.1）
针对GFP（鸡）的一抗（Aves Lab，目录号：GFP-1020）
低熔点琼脂糖（Sigma-Aldrich，目录号：A4018）
矿物油（卡尔罗斯，目录号：HP50.3）
甲磺酸三卡因（MS222）（Sigma-Aldrich，目录号：A5040）
碳酸氢钠（卡尔罗斯，目录号：0965.2）
20x PBS（Santa Cruz Biotechnology，目录号：sc-362183）
16％甲醛（w / v），无甲醇（Thermo Fisher Scientific，Thermo Scientific TM，产品目录号：28908）
4％甲醛溶液，无甲醇（w / v）（PFA）（Thermo Fisher Scientific，Thermo Scientific TM，产品目录号：28908）
吐温20（Sigma-Aldrich，目录号：P7949）
在H 2 O（Sigma-Aldrich，目录号：01697）中的40％丙烯酰胺溶液。
VA-044引发剂（Wako Pure Chemical Industries，目录号：017-19362）
SDS颗粒（卡尔罗斯，目录号：CN30.3）
硼酸（Carl Roth，目录号：6943.1）
20x SSC（Carl Roth，目录编号：1054.1）
甲酰胺（CH 3 NO）（Carl Roth，目录号：6749.3）
H 2 O 2溶液（30％）（Carl Roth，目录号：CP26.5）。
叠氮化钠（Sigma-Aldrich，目录号：S2002）
正常山羊血清（NGS）（抗体，目录号：54-410）
Triton X-100（Fisher Scientific，目录号：BP151-500）
D（ - ） - 果糖（卡尔罗斯，目录号码：4981.6）
SYLGARD 184（Sigma-Aldrich，目录号：761036）
10倍MS222解决方案（见配方1）
固定溶液（4％PFA，0.01M PBS，0.1％吐温20）（见配方2）
Sylgard涂层的培养皿（见配方3）
PBST（1×PBS，0.01％吐温20）（见方案4）
水凝胶溶液（见方法5）
SDS溶液（8％SDS，0.2M硼酸，pH8.5）（见配方6）
脱色（参见7）
1. SSC 0.5x-吐温20
2. 脱色解决方案
存储解决方案（见方法8）
阻止解决方案（见第9条）
染色溶液（见配方10）
基于果糖的高折射率溶液（fbHRI）（见11）

设备

（例如，Tecniplast 1L育苗池，不含内部部分）
层压测量网格（见图1）
通风柜
冰浴＆amp;冰箱
胚胎勺（卡尔罗斯，目录号：TL85.1）
杜蒙镊子，直（世界精密仪器，目录号：500336）
杜蒙镊子，直（世界精密仪器，目录号码：14099）
杜蒙特镊子，45°角（世界精密仪器，目录号：500234）
立体显微镜（奥林巴斯，型号：SZX10）
光纤光源（奥林巴斯，型号：KL 2500 LED）
加热真空干燥器（VWR，SELECTA，目录号：SELE4000474）
电炉（Labexchange，Bioblock Scientific，型号：AM3001K）
真空泵（Savant，型号：Gel Pump GP 110）
组织学处理盒（Simport，型号：M503-12）
400毫升烧杯（VWR，目录号：213-1125）
600毫升烧杯（VWR，目录号：213-1126）
Rotisserie杂交烤箱（Grant Boekel，型号：HIR 1011）
三维摇杆Polymax 1040（Heidolph Instruments，目录号：036130320）
折射计（KRUSS Optronic，产品目录号：DR 301-95）
Leica TCS SP8激光扫描显微镜（Leica Microsystems，型号：Leica TCS SP8）
1. 2个光电倍增管用于同时检测两个通道
2. Leica HC FLUOTAR L 25x / 1.00 IMM motCorr物镜（Leica Microsystems，产品目录号：15507703）
重型磁力搅拌棒（SP Scienceware - Bel-Art Products - H-B Instrument，目录编号：F37118-0002）

软件

斐济/ ImageJ（ http://fiji.sc ）
Amira（ https://www.fei.com/software/amira-三维生命科学/ ）
ITK快照（ http://www.itksnap.org ）

程序

饲养和分期
在控制条件下（光周期= 14h / 10h光照/黑暗;温度= 26.5±1℃; pH = 7.8±0.1;电导率= 240±30μS/ cm，NH 4 < L = 0mg / L，NO2 = 0mg / L，NO3 <0> 50mg / L），每1.4L罐50个个体组。它们在前两周用轮虫（ Brachionus plic a tilis ;> 1,000次/鱼/天;中午一次）然后用卤水（卤虫）和干粮（Skretting，Gemma Micro;明显的饱食，两个剂量，上午和下午）（劳伦斯和梅森，2012; Lawrence等人，2016）。所有程序均按照欧盟指令2010/63 / EU执行。
正如之前的研究（Parichy等人，2009）所建议的，感兴趣阶段（幼年）是根据鳍褶皱的消失定义的，在大约5-6周当地的标准条件，对应的身体长度为12.5毫米。
测量和分期步骤在潜在的致死性麻醉和水外进行。因此，必须迅速，单独，非常小心地执行这些步骤，以确保所有的鱼都能够幸存下来。在固定之前应该直接杀死所需大小的鱼，以防止样本中表达模式的衰减。测量/分期应在鱼类设施中进行，所以这些动物必须保持活性，直到它们被转移到实验室并在通风橱下杀死和固定。太小的鱼可以放置几天，然后重新测量，太大的鱼可以引入其他实验或育种计划。
1. 准备麻醉溶液：200毫升的1x MS222溶液，通过在鱼缸（麻醉池）中的鱼水中稀释10倍的MS222溶液（见配方1）1：9。
2. 对于每条鱼线，准备两个额外的鱼缸：
  1. 鱼线的名称+正确的尺寸。
  2. 鱼线名称+大小不正确。
3. 每次麻醉一只鱼，将其转移到麻醉罐中。
  等到鱼完全麻醉后通过用刮刀触摸尾部并检查运动来测试这一点。
4. 将鱼放置在测量网格上（图1）。
  1. 去除鱼周围的液体，以避免镜头效应。
  2. 使用刮刀，将鱼的嘴部对准灰色的中线，并沿水平线将背部定位，如图1所示。
    
    图1.按年龄分类幼鱼并测量其体长：在测量栅格上的鱼的图表。不同的颜色线对应于距测量栅格中心线的不同距离：内部灰线11 mm;洋红色线12毫米;青线12.5毫米;黄线13毫米;外灰线14毫米。该图中的鱼将被认为具有12.5mm的体长（青线的中心灰线）。斑马鱼图像由数据库生命科学中心（DBCLS）维护的多哥图片库修改。
5. 测量从嘴巴到尾巴开始的距离。
  注：少年斑马鱼通常测量12.5毫米。
6. 将鱼放入与其大小相对应的罐中。
  1. 过小的鱼可以收获
  2. 太大的鱼可以用于后期或繁殖/库存维护。
7. 检查鱼是否完全从麻醉中恢复。
  3-5分钟后，鱼应再次正常游泳。游泳起初可能会比较迟缓，但鱼类应在5-10分钟内完全恢复。
斑马鱼脑解剖
1. 准备标本和解决方案
  1. 在通风橱下，准备固定液（4％PFA，1x PBS，0.1％吐温20，见配方2）。在50毫升锥形管中准备40毫升固定溶液，作为5个鱼头的前缀。保持在4°C管。
  2. 按照当地法规（ eg ，欧盟指令2010/63 / EU，根据卡尔斯鲁厄理工学院的建议开发的斑马鱼的人道杀害）。
2. 磁头的前缀
  1. 将样本转移到1x PBS中，并在鳃后面切割头部（保持鳃盖完好），用锋利的刀片以避免任何压缩或中断CNS。
  2. 将头部置于含有固定溶液（用镊子转移）的50ml锥形管中。
  3. 4°C孵育18小时
3. 解剖
  1. 在通风橱下，准备新的固定溶液。在5毫升锥形管中准备40毫升的固定溶液5鱼的大脑。保持在4°C管。
  2. 使用镊子将预先固定的头转移到填充有PBST的SYLGARD涂覆的培养皿（参见配方3）（参见配方4）。
  3. 在立体显微镜下，用精密的镊子从头部小心提取脑。这一步需要精细的运动技能，可能需要一些训练和实践来发展一个令人满意的解剖技术。（请参阅补充视频）
  4. 用超细镊子从大脑中取出周围组织注意：
    1. 使用结缔组织作为手柄，避免用镊子触摸大脑。
  5. 使用胚胎勺将解剖的大脑转移到含有固定溶液的50ml锥形管中。
  6. 在4°C孵育5小时。
  7. 继续水凝胶孵化的下一步，或将大脑保存在储存溶液中。
注：关于解剖过程的详细描述，我们提供了一个解剖电影（见补充视频）。
组织清理
1. 在水凝胶溶液中孵育
  1. 在通风橱下，在冰上制备水凝胶溶液（参见配方5）。
    注意：水凝胶溶液必须在样品转移到溶液前立即进行新鲜处理。
  2. 在整个实验过程中将样品保存在冰上。
  3. 将样品转移到带有精细油漆刷或切割移液管的15ml Falcon管中。
    最大：8个大脑/管
  4. 从15毫升管中尽可能多地取出液体。
  5. 加入14毫升水凝胶溶液到含有样品的15毫升试管中。
    
    在4°C孵育48小时。＆nbsp;
2. 聚合
  1. 在通风橱下，设置干燥器，并将电炉置于37°C。
  2. 标记一个60毫米的陪替氏培养皿，其中包含待处理样本的名称和编号
  3. 将培养皿放在37°C的电炉上。
  4. 所有14毫升包含大脑的水凝胶溶液倒入培养皿。
  5. 保持培养皿敞开和发现。
  6. 关闭干燥器，确保密封。
  7. 用真空泵除去空气，直到压力表读数为-50厘米汞柱。
  8. 仔细重新填充纯氮气，直到压力表读数为0.
  9. 重复最后两步6次。
  10. 让样品聚合2.5小时。
3. 在SDS解决方案中被动清除
  1. 大脑聚合后按以下步骤操作：
    1. 将干净的盒子放在含有8％SDS溶液的60毫米培养皿中（见6）。
    2. 佩戴多聚物防护手套，使用弯曲的镊子从聚合的水凝胶中分别去除每个大脑，并将其放在手中。
    3. 使用细软的油漆刷和8％SDS溶液，轻轻地清洁大脑，除去所有周围的水凝胶。
    4. 将大脑放入卡带。
    5. 关闭磁带并将它们放入盛有8％SDS溶液的300毫升烧杯中。
  2. 用Parafilm盖上烧杯，在室温下避光保存2-5小时，透析剩余的PFA，引发剂和单体。
  3. 将盒子放入含有8％SDS溶液的高压灭菌的旋转式杂交烘箱玻璃管中。
  4. 在杂交培养箱中37°C旋转孵育杂交管
  5. 每天检查样品的透明度（图2）。
    注意：青少年大脑的标准清理时间为8天。
  6. 一旦样品成功清除（图2），在PBST中清洗三次。每天更换洗涤液一次，连续两天。
  7. 如果样品在洗涤第三天后不立即使用，请将其储存在4°C的储存溶液中（见配方8）。
    
    图2.组织清除过程的时间序列：在8天内实现幼年斑马鱼大脑的被动清除（如步骤C3c-C3e中所述）。该图说明了8％SDS中的幼鱼脑部的清除过程随时间的推移，显示透明度的增加来自：A.第0天，第2天，第6天，第D天8.比例尺= 1毫米。
色素脱失
1. 在60毫米的培养皿中倒入10毫升的预孵育液（SSC 0.5x-吐温20，见方法7），并用油漆刷或胚胎汤匙将样品转移到培养皿中。
  注意：确保用PBST稀释预孵育溶液。
2. 在室温下孵育1小时。
3. 在通风橱下，使用前立即准备脱色素溶液（参见配方7）。
4. 再次在通风橱下，用一些液体取出样品（以确保它们不会变干），并将它们放在培养皿的盖子上。从盘中取出所有的预孵育溶液，并用脱色溶液代替。用最少的预孵育溶液将样品返回到培养皿中。
  注意：保持培养皿裸露在光下加速脱色过程。
5. 每10分钟检查一次脱色的进展情况。在立体显微镜下检查色素沉着进展时，盖上培养皿。
  注：少年大脑的标准脱色时间为45分钟。
6. 一旦脱色完成后，在通风橱下用PBST冲洗两次。
  注意：在进行下一步之前，将冲洗过的样品放在工作台上过夜或至少4小时。
后固定
1. 将样品放入2毫升Eppendorf管中。去除所有的液体，并添加1毫升的定影液。
2. 在4°C孵育过夜。
  注意：
  1. 如果在此步骤后立即使用样品，则在PBST中冲洗4次3小时。
  2. 如果样品不能立即使用，请取出定影液并更换为1 ml的存储溶液。将样品储存在4°C直到使用。
整装标签
1. 将样品转移到带有切割移液管的2ml玻璃管中。最大：5个大脑/管。
2. 为了防止稀释下一个溶液，尽可能多地从管中取出液体。
3. 加入1毫升封闭液（见配方9）到每个管。
4. 在4°C孵育过夜。
5. 去除封闭液，每管加600μl染色液（见10）。
6. 每管加入1.2μl抗GFP抗体，得到1/500稀释液。
  注：其他一抗已成功测试。但是必须优化稀释度，一抗浓度一般在1μg/ ml到10μg/ ml之间。
7. 在室温下孵育7天，轻轻搅动，在3D摇摆器上
8. 在PBST中冲洗3次，每次20分钟。
9. 从管中取出所有液体，每管加入600μl染色液。
10. 每个试管中加入1.5μlAlexa Fluor 488结合的第二抗体，以获得1/400的稀释度
11. 在室温下孵育5天，轻轻摇动，在3D摇杆上
12. 在PBST的几个变化中冲洗2天。
  1. 可选：将DiI染色用作基准标记。
    孵育样品2天，每管600μL染色液，稀释1μM。
    注意：通过将DiI粉末溶解在DMSO中制备1mM Dil储备溶液。
  2. 用PBST冲洗DiI染色的样品最少3小时。
安装和成像
1. 准备成像
  1. 将样品在50％fbHRI / 50％稀释液中孵育至少6小时（见11和图3B）
  2. 在fbHRI中孵育至少12小时（图3C）。
2. 为了成像，将样品以60％培养皿中的1％（wt / vol）低熔点琼脂糖液滴加，并用fbHRI将其大量覆盖（深度约10mm）。
3. 为了避免在长时间的成像过程中蒸发，覆盖一层矿物油。
4. 使用配备有Leica HC FLUOTAR L 25x / 1.00 IMM motCorr物镜的Leica TCS SP8激光扫描共聚焦显微镜可以对整个装载的脑荧光进行成像。通过用波长为488和552nm的激光以1-3％的激光功率激发荧光团来检测荧光信号，并通过两个内部光电倍增器（PMT）捕获。需要拼接扫描成像，然后马赛克拼接才能捕捉整个大脑的图像。
  
  图3.通过均质化果糖基高折射率介质（fbHRI）中的折射率，被动清除后幼年斑马鱼脑的最终清除。：一种。用PBS替代被动清除过程的SDS溶液后，组织再次变得不透明。 B.在PBS中的50％fbHRI中温育后，不透明度显着降低。 C.在100％fbHRI中孵育后，组织清除过程完成。比例尺= 1毫米。

数据分析

成像数据的分析在很大程度上取决于科学问题。因此有许多方法可用。 Dambroise等人（2017年）使用这里描述的组织清除技术来显示斐济完整标本部分的最大强度投影。在ITK-snap或Amira（FEI）中可以实现手动和机器辅助的表达模式分割以及所得区域的可视化。典型的用这里描述的组织澄清技术治疗的大样本可以分析，如视频1所示，一个翻译电影，其中原始堆栈的每一片被转换成电影帧。标准的mp4压缩减少了几个数量级的文件大小，方便访问。

视频1

食谱

10倍MS222解决方案

注意：
1. 过滤解决方案（0.22微米孔过滤器）。
2. 在室温下储存。
定影液（4％PFA，1x PBS，0.1％吐温20）

注意：
1. 准备在通风橱下。
2. 使用新鲜的
3. <4>保存在4°C。
Sylgard涂层培养皿
1. 搅拌直至均匀
2. 德加
3. 向直径60毫米的培养皿中倒入约3毫米
4. 完全治愈需要24小时
PBST（1x PBS，0.01％吐温20）

注意：
1. 过滤解决方案（0.22微米孔过滤器）。
2. 在室温下储存。
水凝胶溶液

注意：
1. 始终保持新鲜感。
2. 准备在通风橱下。
3. <4>保存在4°C。
SDS溶液（8％SDS，0.2M硼酸，pH8.5）

注意：
1. 过滤解决方案（0.22微米孔过滤器）。
2. 在室温下储存。
色素脱失
1. 预孵育液（SSC 0.5x-Tween 20）
2. 脱色解决方案
  
  注意：
  1. 始终保持新鲜感。
  2. 准备在通风橱下。
存储解决方案

注意：
1. 储存在-20°C。
2. 解冻后保持在4°C。
阻止解决方案

注意：
1. 在15毫升Falcon管中制成10毫升等分试样。
2. 储存在-20°C。
3. 解冻后保持在4°C。
染色解决方案

注意：
1. 在15毫升Falcon管中制成10毫升等分试样。
2. 储存在-20°C。
3. 解冻后保持在4°C。
基于果糖的高折射率溶液（fbHRI）
fbHRI解决方案是通过混合三种预先单独制备的解决方案来生成的：
1. 折射率（RI）为〜1.334的水性稀释剂
  注意：
  1. 无需调整RI。
  2. <4>保存在4°C。
2. 〜90％果糖溶液，RI为1.457（F1457）
  1. 在烧杯中，将800g果糖溶解在〜300ml稀释液中，用勺子混合
  2. 盖上果糖溶液以防止蒸发，并用强磁力搅拌器搅拌过夜以获得均匀的溶液。用稀释液补足体积至800ml，得到100％（w / v）的果糖溶液。撇开50毫升的100％（w / v）果糖用于最终的RI调整
  3. 测量RI，用稀释液将果糖溶液调整到1.457的RI
3. 〜85％DMSO溶液，RI = 1.457（DMSO1457）
  
  测量RI，用稀释剂将DMSO溶液调整到1.457的RI
4. fbHRI解决方案
  1. 以80/20
    的比例混合F1457和DMSO1457
  2. 用折射计测量折光指数
  3. 调整RI：
    加入100％果糖升高RI，加入稀释剂降低RI
  4. 分装到50毫升Falcon管中，并在4°C储存
  5. 使用前用折光仪控制和调整折射率为1.457

致谢

我们要感谢斯宾塞布朗博士建议使用DiIC18作为基准标记。这项工作得益于TEFOR-Investissement d'avenir的设施和专业知识以及国家研究与技术协会（ANR-II-INBS-0014）的支持。作者声明没有竞争的财务利益。

参考

Ampatzis，K.，Makantasi，P.和Dermon，C.R。（2012）。成年斑马鱼前脑细胞增殖模式具有性二态特征神经科学 15：367-381。
Bailey，J.M。，Oliveri，A.N。和Levin，E.D。（2015）。斑马鱼学习记忆的药理学分析（ Danio rerio ）Pharmacol Biochem Behav 139 Pt B：103-111。
Chung，K.，Wallace，J.，Kim，SY，Kalyanasundaram，S.，Andalman，AS，Davidson，TJ，Mirzabekov，JJ，Zalocusky，KA，Mattis，J.，Denisin，AK，Pak，S.，Bernstein ，H.，Ramakrishnan，C.，Grosenick，L.，Gradinaru，V.and Deisseroth，K。（2013）。完整生物系统的结构和分子审讯 Nature 497（7449）：332-337。
Dambroise，E.，Simion，M.，Bourquard，T.，Bouffard，S.，Rizzi，B.，Jaszczyszyn，Y.，Bourge，M.，Affaticati，P.，Heuze，A.，Jouralet，J.， Edouard，J.，Brown，S.，Thermes，C.，Poupon，A.，Reiter，E.，Sohm，F.，Bourrat，F。和Joly，JS（2017）。 Postembryonic鱼脑增殖区展示神经上皮型基因表达谱。茎细胞 35（6）：1505-1518。
Filippi，A.，Mahler，J.，Schweitzer，J.，Driever，W.J。（2010）。 paralogous酪氨酸羟化酶编码基因th1和th2的表达揭示了多巴胺能和在斑马鱼幼虫和幼年脑中的去甲肾上腺素能神经元。 Comp Neurol 518（4）：423-38。
Fini，J. B.，Mughal，B. B.，Le Mevel，S.，Leemans，M.，Lettmann，M.，Spirhanzlova，P.，Affaticati，P.，Jenett，A.and Demeneix，B.A。（2017）。人类羊水污染物改变了非洲爪蟾胚胎中的甲状腺激素信号和早期脑发育。 Sci Rep 7：43786.
Frétaud，M.，Riviere，L.，Job，E.，Gay，S.，Lareyre，J. J.，Joly，J. S.，Affaticati，P.和Thermes，V.（2017）。清除后整个器官的高分辨率三维成像：重新审视斑马鱼睾丸。 / a> Sci Rep 7：43012.
Ke，M.T.，Fujimoto，S。和Imai，T。（2013）。 SeeDB：一种用于神经电路重建的简单且保留形态的光学清除剂 Nat Neurosci 16（8）：1154-1161。
Mayrhofer，M.，Gourain，V.，Reischl，M.，Affaticati，P.，Jenett，A.，Joly，JS，Benelli，M.，Demichelis，F.，Poliani，PL，Sieger，D。和Mione， M.（2017）。斑马鱼中的新型脑肿瘤模型揭示了YAP活化在MAPK-和PI3K-诱导的恶性肿瘤中的作用增长。“ Dis Model Mech 10（1）：15-28。
Lawrence，C.，Best，J.，Cockington，J.，Henry，E. C.，Hurley，S.，James，A.，Lapointe，C.，Maloney，K.and Sanders，E.（2016）。饲养首次饲养斑马鱼的完整和更新的“轮虫混养方法”。 J Vis Exp （107）：e53629。
劳伦斯，C和梅森，吨（2012年）。斑马鱼住房系统：回顾设计和功能的基本操作原则和注意事项。 ILAR J 53（2）：179-191。
Oksanen，K. E.，Halfpenny，N. J.，Sherwood，E.，Harjula，S. K.，Hammaren，M. M.，Ahava，M. J.，Pajula，E. T.，Lahtinen，M. J.，Parikka，M. and Ramet，M. 用于临床前结核病疫苗开发的成年斑马鱼模型。疫苗 31（45）：5202-5209。
Than-Trong，E.和Bally-Cuif，L.（2015）。成年斑马鱼中枢神经系统中的放射状神经胶质细胞和神经祖细胞 63（8）：1406-1428。
Tomer，R.，Ye，L.，Hsueh，B。和Deisseroth，K。（2014）。高级CLARITY，用于对完整组织进行快速高分辨率成像。 Nat Protoc 9（7）：1682-1697。
Treweek，JB，Chan，KY，Flytzanis，NC，Yang，B.，Deverman，BE，Greenbaum，A.，Lignell，A.，Xiao，C.，Cai，L.，Ladinsky，MS，Bjorkman，PJ，Fowlkes ，CC和Gradinaru，V.（2015）。通过组织水凝胶杂交体进行全身组织稳定和选择性提取以获得高分辨率的完整电路图和phenotyping。 Nat Protoc 10（11）：1860-1896。
Xavier，A.L.，Fontaine，R.，Bloch，S.，Affaticati，P.，Jenett，A.，Demarque，M.，Vernier，P。和Yamamoto，K。（2017）。 Osteichthyes中单胺能脑脊液接触细胞的比较分析（骨骼脊椎动物）。 J Comp Neurol 525（9）：2265-2283。
Yang，B.，Treweek，J.B.，Kulkarni，R.P.，Deverman，B.E.，Chen，C.K.，Lubeck，E.，Shah，S.，Cai，L。和Gradinaru，V。（2014）。通过全身清除透明完整组织内的单细胞表型。细胞 158（4）：945-958。
Parichy DM，Elizondo MR，Mills MG，Gordon TN和Engeszer RE。（2009年）。后胚胎斑马鱼发育正常表：通过活体鱼的外部可见解剖结构进行分期。 Dev Dyn 238（12）：2975-3015。