实验原理及目的:染色质免疫共沉淀(Chromatin Immunoprecipitation, ChIP)是目前研究体内DNA与蛋白质相互作用最有效的方法之一。本实验的原理是在活细胞状态下通过化学交联剂将蛋白质-DNA复合物固定,并将其随机打断成一定长度范围内的染色质小片段,然后通过免疫学的方法沉淀出目的蛋白质-DNA复合体,从而特异性地富集与目的蛋白相结合的DNA片段。通过对目的DNA片断的纯化与检测,最终获得蛋白质与DNA相互作用的信息。染色质免疫共沉淀技术广泛的应用于表观遗传(组蛋白等)分析,转录因子结合位点分析等蛋白质与DNA结合的实验分析中。随着第二代测序技术的逐步完善和成熟,染色质免疫共沉淀结合第二代高通量测序技术(ChIP-seq)正逐步成为基因调控网络研究中一种非常有效的研究手段。
关键词: 染色质免疫共沉淀, ChIP, 蛋白质-DNA互作
材料与试剂
仪器设备
实验步骤
实验之前: 在进行水稻染色质免疫共沉淀实验之前,首先需要确定:1)材料的取样时期和部位,2)需要用到的抗体。 对于水稻而言,过于老化成熟的组织会让甲醛交联过程难以奏效,应尽量避免使用;而选取幼嫩的组织 (如发芽后的幼苗,幼嫩的叶片或者幼穗等) 进行分析,可以使得甲醛充分浸润,提高交联效率,从而提高实验的成功率。 抗体的选择主要依据实验目的而定,如果是进行表观遗传修饰的分析,则可以根据实验需要选取H3K4,H3K27等抗体;如果是分析转录因子的结合位点,则需要用到转录因子自身的特异性抗体或者与转录因子融合的标签抗体 (如HA,Flag,GFP等)
注:快速洗涤时仅需将磁珠完全重悬后即可立即放在磁力架上,第二次洗涤时,则需要将离心管置于静音混合器上,4 °C,洗涤5 min,然后再将其放在静音混合器上,2 min。
溶液配方
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