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水稻染色质免疫共沉淀

ChIP Assay in Rice

翁 翁小煜
周 周少立
宗 宗伟
欧 欧阳亦聃

发表时间: 2018年04月09日 DOI: 10.21769/BioProtoc.1010135 浏览次数: 13229

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实验原理及目的：染色质免疫共沉淀(Chromatin Immunoprecipitation, ChIP)是目前研究体内DNA与蛋白质相互作用最有效的方法之一。本实验的原理是在活细胞状态下通过化学交联剂将蛋白质－DNA复合物固定，并将其随机打断成一定长度范围内的染色质小片段，然后通过免疫学的方法沉淀出目的蛋白质－DNA复合体，从而特异性地富集与目的蛋白相结合的DNA片段。通过对目的DNA片断的纯化与检测，最终获得蛋白质与DNA相互作用的信息。染色质免疫共沉淀技术广泛的应用于表观遗传(组蛋白等)分析，转录因子结合位点分析等蛋白质与DNA结合的实验分析中。随着第二代测序技术的逐步完善和成熟，染色质免疫共沉淀结合第二代高通量测序技术(ChIP-seq)正逐步成为基因调控网络研究中一种非常有效的研究手段。

Keywords: 染色质免疫共沉淀 search ChIP search 蛋白质-DNA互作 search

材料与试剂

  1. 进口1.5 ml离心管和进口50 ml离心管
  2. 面巾纸
  3. 96孔酶标板
  4. 磁珠 (Protein A/G beads，Invitrogen, catalog numbers: 10002D, 10003D)
  5. 幼嫩的水稻组织
  6. 液氮
  7. 肝糖原 (Glycogen，Invitrogen, catalog number: 00507460)
  8. 乙醇
  9. 甲醛 (Sigma, catalog number: F8775)
  10. 2 M甘氨酸
  11. NaHCO3 (Sigma)
  12. 0.1 M PMSF (-20 °C) (Amresco, catalog number: M145-5G)
  13. 100x Protease inhibitors (PIs, -20 °C) (Roche, catalog number: 11873580001)
  14. 3 M β-ME (2-mercaptoethano, RT)
  15. 20 mg/ml Proteinase K (-20 °C) (Fermentas, catalog number: EO0491) (Takara, catalog number: D9033)
  16. 10 mg/ml RNase A (DNase-free, -20 °C) (Fermentas, catalog number: EN0531)
  17. Tris saturated PHenol:Chloroform:Isoamyl Alcohol (25:24:1) (RT) (Sigma-Aldrich, catalog number: P3803)
  18. Chloroform (RT)
  19. 3 M Sodium acetate (NaOAc, pH 5.2) (4 °C)
  20. 20 mg/ml Glycogen (-20 °C) (Roche, catalog number: 10901393001)
  21. 70% and 100% Ethanol (RT)
  22. Antibody to be used for ChIP (-20 °C)
  23. Protein A/G Dynabeads beads (4 °C) (Invitrogen, catalog number: 100.03D)
  24. 0.5 M EDTA (pH 8.0, 4 °C)
  25. 5 M LiCl (4 °C)
  26. 1 M MgCl2 (4 °C)
  27. 5 M NaCl (RT)
  28. 20% NP40 (Sigma, RT)
  29. 10% SDS (RT)
  30. 10% Sodium deoxycholate (上海生工分装, catalog number: 0613, RT)
  31. 2 M Sucrose (4 °C)
  32. 1 M Tris-HCl (pH 6.5 and pH 8.0, 4 °C)
  33. 20% Triton X-100 (Sigma, catalog number: T8787, 4 °C)
  34. Extraction buffer 1 (见溶液配方)
  35. Extraction buffer 2 (见溶液配方)
  36. Extraction buffer 3 (见溶液配方)
  37. 2x Nuclei lysis buffer (见溶液配方)
  38. Elution buffer (见溶液配方)
  39. High salt wash buffer (见溶液配方)
  40. LiCl wash buffer (见溶液配方)
  41. 1x TE buffer (见溶液配方)

仪器设备

  1. 超净工作台
  2. 量筒
  3. 研钵
  4. 摇床
  5. 漏斗
  6. 移液枪
  7. 冷冻离心机
  8. 超声波仪 (Diagenode, model: UCD-200)
  9. 真空泵
  10. 振荡器
  11. 静音混合器 (Qilinbeier, model: WH986)
  12. 磁力架 (Dynal, Invitrogen bead separation)
  13. 酶标仪
  14. 滤膜 (膜布) Miracloth (Calbiochem, catalog number: 475855)
  15. 水浴锅
  16. -20 °C冰箱
  17. -80 °C冰箱

实验步骤

Copyright: © 2018 The Authors; exclusive licensee Bio-protocol LLC.
引用格式：翁小煜, 周少立, 宗伟, 欧阳亦聃. (2018). 水稻染色质免疫共沉淀. Bio-101: e1010135. DOI: 10.21769/BioProtoc.1010135.
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How to cite: Weng, X. Y., Zhou, S. L., Zong, W. and Ouyang, Y. D. (2018). ChIP Assay in Rice. Bio-101: e1010135. DOI: 10.21769/BioProtoc.1010135.
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分类

分子生物学 > DNA > DNA-蛋白质相互作用

植物科学 > 植物分子生物学 > 染色质

分子生物学 > 蛋白质 > 蛋白质-DNA结合

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