摘要: 生物被膜(Biofilm)是海洋微生物重要生存方式。很多海洋微生物会定居在基质表面形成生物被膜,其蕴含的生物量约占海洋微生物总生物量的40%。生物被膜在海水气液交界面、浮游植物、海洋雪、各种动物的体表与肠道、冷泉/热液喷口、潮间带岩石、海底、微塑料颗粒和其他人造材料表面均有分布。生物被膜以其独特的方式参与到海洋碳固定、硫氧化、氮还原等物质循环过程中,在维持海洋生态系统稳定以及调节全球气候变化中发挥着重要的作用。收集海洋生物被膜样本可用于基于多组学和分子微生物学的物种多样性与功能特点研究。本文将介绍不同基质材料上的海洋生物被膜群落的采集与宏基因组样品的制备方法。这些方法已在本实验室的多项研究中使用。
材料与试剂
- 医用无菌棉棒
- 灭菌海水
- 剪刀、医用剪刀、镊子等解剖套装
- 1.5 mL、2 mL、50 mL离心管
- 溶菌酶
- DNA提取缓冲液(500 mM NaCl、50 mm Tris-HCl [pH=8]、40 mM EDTA和0.75 M 蔗糖)
- AllPrep DNA/RNA Mini Kit(QIAGEN, catalog number: 80004)
- 1 mm小钢珠
- 聚碳酸酯膜(5.0 μm孔径)
仪器设备
- Vortex-Genie震荡仪(Scientific Industries, model: SI0236)
- 低温高速离心机(山海天, model: TC2028R)
- 超低温冰箱(-80 °C)(美菱, model: DW-HL528)
- 组织破碎仪(上海净信科技发展有限公司, model: JX-FSTPRP-24)
- 抽滤泵(KNF, model: LABOPORT® N 840 G)
- Nanodrop device (DiaMed China Limited, Hong Kong, model: ND-1000 spectrophotometer)
实验步骤
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