Improve Research Reproducibility A Bio-protocol resource

利用Parallel-Meta Suite在多平台下进行交互式微生物组分析

Interactive Microbiome Data Analysis on Multiple Platforms Using Parallel-Meta Suite

李 李坚*
陈 陈俞竹*
苏 苏晓泉

*Contributed equally to this work 发表时间: 2022年08月20日 DOI: 10.21769/BioProtoc.2204656 浏览次数: 3212

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微生物组实验手册：架起各领域通向微生物组世界的桥梁
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摘要：测序通量的提高和测序成本的降低，极大地方便了微生物组研究实验的开展，进而产生了浩如烟海的组测序数据，这些数据中蕴藏着微生物与其环境表型（如宿主健康或生态系统状态）之间的关联。想要破译隐藏在微生物组数据下的生物信息，出色而又可靠的软件工具是不可或缺的。然而现在的大多数的软件，其可用性方面的缺陷为非计算机专业的用户设置了难以逾越的鸿沟。与此同时，计算通量已经成为了许多分析平台处理大规模数据集的一个重要瓶颈。为解决此问题，我们开发了Parallel-Meta Suite（PMS），一个用于快速和全面的微生物组数据分析、可视化和注释的可交互软件套件。PMS采用了最先进的算法，涵盖序列微生物组数据物种与功能解析、统计分析、可视化等一系列流程，并具有友好的图形界面，可以满足各种用户的分析需求。为了适应快速增长的计算能力需求，PMS的整个分析流程都使用并行计算策略进行了优化，具备快速处理上万的样本的能力。此外，PMS还具有多操作系统兼容、简易安装与全自动运行等特性

Keywords: 微生物组 search 宏基因组 search 扩增子 search 分析流程 search 可视化 search 并行计算 search

仪器设备

目前Linux（如Ubuntu、CentOS、RedHat等）、Mac OS和Windows 10/11内置的WSL（Windows Subsystem for Linux）等操作系统均能够支持PMS。
PMS仅需要具有约2GB内存的标准计算机即可支持其安装与执行。为了更好的体验和更快的计算，我们推荐在具有8GB以上内存和4核3.3Ghz以上CPU的标准计算机上使用PMS。

软件

PMS软件最新版本为3.7。该软件主要由C++和R语言开发编写。
C++语言的支持需要安装C++编译器（例如g++）。对于Linux操作系统，大多版本已经在系统中安装了g++。对于Mac OS，建议从App Store安装Xcode应用程序，即可完成编译器的安装与配置。
R语言需要安装r-base提供运行环境。对于Linux操作系统，可以使用系统自带的包管理工具安装r-base。对于Mac OS，建议从App Store安装RStudio应用程序，即可完成R运行环境的安装与配置。
vsearch已经内置于PMS中，版本号为2.15.1。如果想要手动安装或更新，请从https://sourceforge.net/projects/vsearch/下载，并放置“vsearch”于$ParallelMETA/bin/ 目录下。

实验步骤

Copyright: © 2022 The Authors; exclusive licensee Bio-protocol LLC.
引用格式：李坚, 陈俞竹, 苏晓泉. (2022). 利用Parallel-Meta Suite在多平台下进行交互式微生物组分析. // 微生物组实验手册. Bio-101: e2204656. DOI: 10.21769/BioProtoc.2204656.
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How to cite: Li, J., Chen, Y. Z. and Su, X. Q. (2022). Interactive Microbiome Data Analysis on Multiple Platforms Using Parallel-Meta Suite. // Microbiome Protocols eBook. Bio-101: e2204656. DOI: 10.21769/BioProtoc.2204656.
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