Taxonomic and Functional Search of Global Microbiomes on the Whole-Microbiome Level

摘要：来自不同环境的微生物组样本的数量正在迅速增长，随之而来的问题也不断涌现，例如如何快速的找到具有某种群落结构和功能的数据集，以及通过对比发现新的微生物组与现有样本之间的关联等。Microbiome Search Engine 2 (以下简称MSE 2) 是第二代的微生物组搜索引擎，为解决以上类型的问题提供良好的解决方案。MSE 2可以根据某个微生物组整体的物种结构或功能特征，在全球已有的微生物组数据集中搜索与其高度匹配的样本。MSE 2由以下三部分组成：(i) 不断更新的微生物组数据库。该数据库目前包含来自于819项研究的266,000多个宏基因组和16S rRNA扩增子样本，每一个样本的测序数据和元数据 (metadata) 都进行了统一化处理；(ii) 增强的搜索引擎。实时级快速搜索，能够在0.5秒内，从整个数据库中搜索到与给定的微生物组在整体物种或功能组成上最相似的样本；(iii) 基于Web的图形界面。用户可通过http://mse.ac.cn免费访问MSE 2。该网站提供了简单易用的图形界面，方便用户快速上手样本搜索、数据浏览等操作，同时也为自定义的搜索提供了教程。

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