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微生物DNA、RNA和蛋白质共提取方法

A Method for Co-extraction of Microbial DNA, RNA, and Protein

刘 刘思佳
赵 赵圣国

发表时间: 2021年06月17日 DOI: 10.21769/BioProtoc.2103998 浏览次数: 4622

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微生物组实验手册：架起各领域通向微生物组世界的桥梁
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摘要：基因组、转录组和蛋白组等多组学关联分析对研究微生物群落结构组成与变化、功能特征及其与宿主表型关联等具有重要意义。多组学分析有必要对样本DNA、RNA和蛋白质进行共提取，用于后续测序或质谱测定，这将大大减少试验样品误差和减少珍贵样品用量。本文利用TRIZOL试剂可以将DNA、RNA和蛋白质分层的原理，同时提取微生物的这三种生物大分子物质，具有简便快捷、引入误差少的优势。

Keywords: 微生物 search DNA search RNA search 蛋白质 search 共提取 search

材料与试剂

  1. 50 ml离心管 (D/RNase-Free) (TIANGEN，catalog number: CT-002-50-01)
  2. 15 ml离心管 (D/RNase-Free) (TIANGEN，catalog number: CT-002-15-01)
  3. 1.5 ml离心管 (D/RNase-Free) (TIANGEN，catalog number: HC117-02)
  4. TRIZOL (Invitrogen，catalog number: 15596018)
  5. 三氯甲烷 (Dr. Ehrenstorfe，catalog number: L17739500ME)
  6. 异丙醇 (国药，catalog number: 8010921801)
  7. 无水乙醇 (国药，catalog number: 1000925901)
  8. DNase I (TaKaRa，catalog number: 2212)
  9. RNase Inhibitor (Takara，catalog number: 2313A)
  10. DEPC H2O (Invitrogen，catalog number: 750024)
  11. 10 x PCR buffer (Sigma-Aldrich，catalog number: 11699121001)
  12. dNTP mixture (10 mM) (Takara，catalog number: 4019)
  13. Platinum Taq DNA polymerase (Invitrogen，catalog number: 10966018)
  14. 柠檬酸钠 (Sigma-Aldrich，catalog number: 71402-250G)
  15. NaOH (Sigma-Aldrich，catalog number: S5881-1kg)
  16. 盐酸胍 (生工，catalog number: A510243-0100)
  17. SDS (Macklin，catalog number: S817788-100g)
  18. 超纯水 (D/RNase-free) (BI，catalog number: 01-866-1B)
  19. RNA纯化试剂盒 (TIANGEN，catalog number: DP412)
  20. Bradford蛋白定量试剂盒 (Bestbio，catalog number: BB-3411)

仪器设备

  1. 全自动冷冻研磨仪 (德国RETSCH，catalog number: Cryomill)
  2. 生物分析仪 (Agilent Technologies，catalog number: 2100)
  3. 涡旋震荡仪 (Scientific Industries，catalog number: vortex-genie2T)
  4. 离心机 (SIGMA，catalog number: 3-18k)
  5. 水浴锅 (TIANDZ，catalog number: DZKW-S-6)
  6. NanoDropTM光谱仪 (Thermo Scientific，catalog number: 2000)
  7. Qubit荧光定量仪 (Invitrogen，catalog number: 2.0)
  8. 电泳仪 (Bio-Rad，catalog number: CHEF Mapper)
  9. PCR仪 (Thermofisher，catalog number: Veriti 96-Well Thermal Cycler)

实验步骤

Copyright: © 2021 The Authors; exclusive licensee Bio-protocol LLC.
引用格式：刘思佳, 赵圣国. (2021). 微生物DNA、RNA和蛋白质共提取方法. // 微生物组实验手册. Bio-101: e2103998. DOI: 10.21769/BioProtoc.2103998.
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How to cite: Liu, S. J. and Zhao, S. G. (2021). A Method for Co-extraction of Microbial DNA, RNA, and Protein. // Microbiome Protocols eBook. Bio-101: e2103998. DOI: 10.21769/BioProtoc.2103998.
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分类

系统生物学 > 微生物组学

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