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微生物超高分子量DNA提取方法

Super-high Molecular Weight DNA Isolation

赵 赵圣国

发表时间: 2021年06月24日 DOI: 10.21769/BioProtoc.2103997 浏览次数: 2630

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微生物组实验手册：架起各领域通向微生物组世界的桥梁
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摘要：随着三代测序的快速发展，对微生物超高分子量DNA (SHMW-DNA) 的需求越来越多，三代测序有助于大大提高微生物基因组或宏基因组组装效率。目前，常用的商业试剂盒或液体试剂提取DNA的方法，受纯化膜或液体剪切力的影响，提取的DNA片段约10-30 kb，无法满足SHMW-DNA的质量要求。本方法采用琼脂糖包埋法，通过胶内裂解和电泳洗脱回收方式，获得SHMW-DNA，分子量达到300 kb以上，将为三代测序尤其是nanopore测序提供重要支撑。

Keywords: 微生物 search 超高分子量DNA search 提取 search 三代测序 search

材料与试剂

  1. 透析袋 (MD34 (8,000-14,000 Da)，扁平宽度10 mm)
  2. 0.25 μm滤膜
  3. 溶菌酶
  4. 蛋白酶K (冻干粉，≥ 40 units/mg protein)
  5. MidRange PFG Marker I
  6. Tris
  7. EDTA
  8. 苯甲基磺酰氟
  9. N-月桂酰肌氨酸钠
  10. 脱氧胆酸钠
  11. 硼酸
  12. 冰乙酸
  13. 聚乙二醇8000
  14. 低熔点琼脂糖

仪器设备

  1. 模具 (长 × 宽 × 高约为1 cm × 0.5 cm × 1 cm)
  2. 脉冲场电泳仪
  3. 照胶仪
  4. 恒温烘箱

实验步骤

Copyright: © 2021 The Authors; exclusive licensee Bio-protocol LLC.
引用格式：赵圣国. (2021). 微生物超高分子量DNA提取方法. // 微生物组实验手册. Bio-101: e2103997. DOI: 10.21769/BioProtoc.2103997.
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How to cite: Zhao, S. G. (2021). Super-high Molecular Weight DNA Isolation. // Microbiome Protocols eBook. Bio-101: e2103997. DOI: 10.21769/BioProtoc.2103997.
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分类

系统生物学 > 微生物组学

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