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河口水体和沉积物中微生物的分离培养与鉴定

Isolation and Identification of Microorganisms in Estuarine Water Column and Sediments

段 段丽
王 王攀登
李 李佳岭
李 李文均

发表时间: 2021年06月11日 DOI: 10.21769/BioProtoc.2003742 浏览次数: 3348

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微生物组实验手册：架起各领域通向微生物组世界的桥梁
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摘要：河口作为淡水和海洋的交汇处，具有复杂多变的生境，细菌群落的多样性也维持在较高的水平。然而，目前纯培养的微生物不足总数的0.1%，分离培养技术依旧是研究环境微生物的重点也是难点，而且尤其缺乏对河口环境微生物的针对性研究，十分不利于河口微生物资源的挖掘。本文中阐述的方法适用于分离河口环境中可培养细菌，充分发掘河口微生物资源。根据本实验室以往实验经验，选用了效果较好的两种培养基：1/10 R2A和1/20 MA。这两种培养基的优势在于，在R2A培养基中添加额外的海盐成分，有助于更好地模拟原生环境；而将培养基充分稀释则有利于抑制优势类群的过快生长，从而提高分离菌株的多样性。实验者也可根据样品理化性质调整分离培养基及培养条件，以达到更好的分离效果。本文中的方法能够帮助在实验室条件下分离培养河口环境中的微生物，初步了解河口可培养微生物的多样性，并为后续的新分类单元的鉴定、功能菌株的筛选以及代谢产物的发掘输送优质的微生物资源。

Keywords: 河口微生物 search 分离培养 search 微生物初步鉴定 search 纯培养 search

材料与试剂

  1. 无菌PCR管
  2. 10 ml注射器
  3. 15 ml无菌离心管
  4. 0.22 μm无菌有机系滤膜
  5. 各种型号的枪头 (20 μl, 200 μl, 1 ml)
  6. Marine Broth 2216 (BD, Difco)
  7. R2A Broth (Coolaber)
  8. 海盐 (酷尔生物)
  9. 琼脂 (Solarbio)
  10. 制霉菌素 (BBI Life Sciences)
  11. Chelex (Bio-Rad, SIGMA)
  12. PCR MIX (GenStar)
  13. 细菌通用引物27F (5'-AGAGTTTGATCCTGGCTCAG-3') 和1492R (5'-GGTTACCTTGTTACGACTT-3') (Sangon Biotech)
  14. 二甲基亚砜 (aladin, 优级纯)

仪器设备

  1. 研钵
  2. 研磨棒
  3. 涂布棒
  4. 接种针
  5. 无菌培养皿
  6. 100 ml锥形瓶
  7. 超净工作台
  8. 高温高压灭菌锅
  9. 恒温震荡箱
  10. PCR仪
  11. 离心机
  12. 电泳仪

软件和数据库

  1. EzBioCloud ( https://www.ezbiocloud.net/) (Yoon et al., 2017)

实验步骤

Copyright: © 2021 The Authors; exclusive licensee Bio-protocol LLC.
引用格式：段丽, 王攀登, 李佳岭, 李文均. (2021). 河口水体和沉积物中微生物的分离培养与鉴定. // 微生物组实验手册. Bio-101: e2003742. DOI: 10.21769/BioProtoc.2003742.
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How to cite: Duan, L., Wang, P. D., Li, J. L. and Li, W. J. (2021). Isolation and Identification of Microorganisms in Estuarine Water Column and Sediments. // Microbiome Protocols eBook. Bio-101: e2003742. DOI: 10.21769/BioProtoc.2003742.
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分类

系统生物学 > 微生物组学

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