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土壤宏转录组样本制备

Soil Sample Preparation of Microbial Communities for Metatranscriptomics

贝 贝水宽
彭 彭静静

发表时间: 2021年04月12日 DOI: 10.21769/BioProtoc.2003734 浏览次数: 4115

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微生物组实验手册：架起各领域通向微生物组世界的桥梁
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摘要：系统水平上揭示特定环境和时期的微生物群落结构和基因表达过程对于理解活跃微生物的生物学功能具有重要意义。近年来，分子生物学技术飞速发展，宏转录组学研究已广泛用于环境、医学等相关领域的微生物研究。本文以土壤环境为研究对象，系统介绍了土壤总RNA提取 (SDS-Phenol法)、纯化、mRNA富集及文库构建等土壤宏转录组样本制备过程，为相关研究者提供技术参考。

Keywords: 微生物 search 土壤宏转录组 search mRNA富集 search 文库构建 search

材料与试剂

  1. 微型玻璃珠 (Sigma-Aldrich西格玛奥德里奇 (上海) 贸易有限公司，货号：Z250465和G1145，室温保存)
  2. 水饱和酚 (生物工程 (上海) 股份有限公司，货号：A504195，冷藏保存)
  3. Tris (赛默飞世尔科技有限公司，货号：AM9851，室温保存)
  4. Tris-HCI Buffer (赛默飞世尔科技有限公司，货号：15567027，室温保存)
  5. Polyvinylpyrrolidone (Sigma-Aldrich西格玛奥德里奇 (上海) 贸易有限公司，货号：81400)
  6. MgCl2 (国药集团化学试剂有限公司，常温保存)
  7. TE缓冲液 (赛默飞世尔科技有限公司，货号：AM9849，室温保存)
  8. 十二烷基硫酸钠 (SDS) (生物工程 (上海) 股份有限公司，货号：A500228，室温保存)
  9. 苯酚 (生物工程 (上海) 股份有限公司，货号：A601971，冷藏保存)
  10. Tris-HCl缓冲液 (pH 7.0) (生物工程 (上海) 股份有限公司，货号：B548137，室温保存)
  11. 苯酚-氯仿-异戊醇混合物 (国药集团化学试剂有限公司，货号：K7761701，冷藏保存)
  12. 氯仿-异戊醇混合物 (Sigma-Aldrich西格玛奥德里奇 (上海) 贸易有限公司，货号：C0549，冷藏保存)
  13. 乙酸钠 (生物工程 (上海) 股份有限公司，货号：A100602，常温保存)
  14. 异丙醇 (生物工程 (上海) 股份有限公司，货号：A507048，常温保存)
  15. 无水乙醇 (生物工程 (上海) 股份有限公司，货号：A500737，常温保存)
  16. 焦碳酸二乙酯 (DEPC) 水 (赛默飞世尔科技有限公司，货号：AM9916，冷藏保存)
  17. Recombinant DNase I (TaKaRa生物工程有限公司，货号：2270A，冷冻保存)
  18. 0.5 M EDTA溶液 (生物工程 (上海) 股份有限公司，货号：B540625，常温保存)
  19. Glycogen (碧云天生物，货号：D0812，冷冻保存)
  20. RNeasy MinElute Cleanup Kit (凯杰企业管理 (上海) 有限公司，货号：74204，RNeasy MinElute spin columns冷藏保存，其余试剂室温保存)
  21. Ribo-Zero rRNA removal Kit (Illumina有限公司 (美国)，货号：MRZMB126，磁珠和磁珠缓冲液冷藏保存，其余试剂于-80 °C保存)
  22. RNA 6000 Pico Chip (安捷伦科技 (中国) 有限公司，货号：5067-1513，保存期4个月)
  23. NEBNext® Ultra™ Directional RNA Library Prep Kit for Illumina (安诺伦 (北京) 生物科技有限公司，货号：NEB #E7420S，冷冻保存)
  24. NaCl (国药集团化学试剂有限公司，分析纯，常温保存)
  25. TPM缓冲液 (见溶液配方)
  26. PBL缓冲液 (见溶液配方)

仪器设备

  1. 快速核酸提取仪 (安倍医疗器械贸易 (上海) 有限公司 (MP Biomedicals)，型号：FastPrep®-24)
  2. 台式超速离心机 (Eppendorf中国有限公司)
  3. 微型离心机
  4. PCR核酸扩增仪 (美国Bio-Rad (伯乐) 有限公司)
  5. 恒温混匀仪
  6. 电泳仪 (美国Bio-Rad (伯乐) 有限公司)
  7. 凝胶成像分析系统 (美国Bio-Rad (伯乐) 有限公司)
  8. Qubit 4荧光计 (赛默飞世尔科技 (中国) 有限公司，型号：Q33239)
  9. 立式压力蒸汽灭菌器 (上海博迅医疗生物仪器有限公司)
  10. Bioanalyzer (安捷伦科技 (中国) 有限公司，型号：2100)
  11. 磁力试管架 (赛默飞世尔科技 (中国) 有限公司，型号：12321D)

实验步骤

Copyright: © 2021 The Authors; exclusive licensee Bio-protocol LLC.
引用格式：贝水宽, 彭静静. (2021). 土壤宏转录组样本制备. // 微生物组实验手册. Bio-101: e2003734. DOI: 10.21769/BioProtoc.2003734.
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How to cite: Bei, S. K. and Peng, J. J. (2021). Soil Sample Preparation of Microbial Communities for Metatranscriptomics . // Microbiome Protocols eBook. Bio-101: e2003734. DOI: 10.21769/BioProtoc.2003734.
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分类

系统生物学 > 微生物组学

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