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根际细菌便利和竞争互作类型和强度的研究方法

Determination of Facilitation and Competition among Rhizobacteria

李 李梅
王 王宏归
尹 尹悦
韦 韦中

发表时间: 2021年04月13日 DOI: 10.21769/BioProtoc.2003713 浏览次数: 4989

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微生物组实验手册：架起各领域通向微生物组世界的桥梁
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摘要：根际微生物群落结构复杂，群落成员之间有着各种各样的相互作用关系，而且群落结构越复杂，群落成员间的交流也越复杂，这些复杂的相互作用关系会影响到整个群落的功能。在复杂的自然微生物生态系统中，基于高通量数据进行网络互作分析，虽然可以在群落整体水平上理解群落成员间的相互作用关系，但很难获得具有生物学意义的微生物相互作用关系。本方法通过比较两株菌分别单独培养和共培养后稀释涂布得到的生长量值来确定两株菌之间的相互作用关系；并根据两株菌之间的互作关系来预测多株菌组成群落 (分别为3株菌、4株菌、5株菌和6株菌) 的互作特征；最后通过使用绝对荧光定量PCR的方法，比较多株菌分别单独培养和共培养后的生长量值来验证多株菌组成群落的互作特征。

Keywords: 根际细菌 search 便利关系 search 竞争关系 search

材料与试剂

一、试验菌株及质粒

  1. WR4 (Flavobacterium johnsoniae) CP000685, WR21 (Chryseobacterium daecheongense) HQ220102, WR42 (Delftia acidovorans) AM180725, HR92 (Lysinibacillus sphaericus) CP000817, T-5 (Bacillus amyloliquefaciens) JF899265 and QL-A6 (Ralstonia pickettii) HQ267096 (Huang et al., 2013; Tan et al., 2013; Wei et al., 2013)
  2. 大肠杆菌DH5α感受态细胞 (Solarbio, C1100)
  3. PMD-19T质粒载体 (pMD19-T Vector takara 6013) ：含有用于筛选的氨苄青霉素抗性基因

二、化学试剂

  1. 葡萄糖 (南京化学试剂有限公司)
  2. 酵母粉 (OXOID, YEAST EXTRACT, LP0021)
  3. 牛肉膏 (国药集团化学试剂有限公司，沃凯，69004461)
  4. 胰蛋白胨 (OXOID, TRYPTONE, LP0042)
  5. 氯化钠 (NaCl，南京化学试剂有限公司)
  6. 琼脂 (福建省金燕海洋生物科技股份，乘风)
  7. 氨苄青霉素
  8. Cycle Pure Kit PCR纯化试剂盒 (OMEGA, D6492-01)
  9. E.Z.N.A.® Plasmid Mini Kit OMEGA 质粒提取试剂盒 (D6943-01＊)
  10. 细菌DNA提取试剂盒e.Z.N.A (OMEGA bio-tek)
  11. 荧光定量试剂盒SYBR Premix Ex Taq (TaKaRa BioInc., Japan)

三、培养基

  1. 液体NA培养基 (见溶液配方)
  2. 固体NA培养基 (见溶液配方)
  3. 液体LB培养基 (见溶液配方)
  4. 固体LB培养基 (见溶液配方)

仪器设备

  1. 恒温摇床 (MIN QUAN, MQD-BIR)
  2. 酶标仪 (SpectraMax M5, Sunnyvale, CA, USA)
  3. 离心机 (Eppendorf AG, 22331 Hamburg, 5424EH062551) 48孔板 (48 well costar clear)
  4. -80 °C冰箱 (海尔，立式超低温保存箱，DW-86L626, 2013款)
  5. 高压灭菌锅 (日本，鸟取，Tega SANYO Industry Co., Ltd, MLS-3780)
  6. 天平 (sartorius BSA2202S)
  7. 移液枪 (Eppendorf Research plus)
  8. 涡旋仪 (SCIENTIFIC INDUSTRIES, USA)
  9. 恒温恒湿培养箱 (新苗，隔水式电热恒温培养箱，GNP-9080BS-III)
  10. 一次性培养皿 (江苏康健医疗用品，90 mm)
  11. 96孔板 (96 well costar clear)
  12. 48孔板 (48 well costar clear)
  13. PCR仪 (life technologies，Applied Biosystems PCR热循环仪)
  14. NanoDrop 1000 spectrophotometer (Thermo Scientific, Waltham, MA)
  15. 荧光定量仪器 Applied Biosystems StepOne Plus (Applied Biosystems, CA, USA)

软件和数据库

  1. Excel 2016
  2. SigmaPlot 12.5
  3. SPSS v. 19
  4. Adobe Illustrator CS5
  5. DNAMAN 6.0
  6. Primer Premier 6.0

实验步骤

Copyright: © 2021 The Authors; exclusive licensee Bio-protocol LLC.
引用格式：李梅, 王宏归, 尹悦, 韦中. (2021). 根际细菌便利和竞争互作类型和强度的研究方法. // 微生物组实验手册. Bio-101: e2003713. DOI: 10.21769/BioProtoc.2003713.
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How to cite: Li, M., Wang, H. G., Yin, Y. and Wei, Z. (2021). Determination of Facilitation and Competition among Rhizobacteria. // Microbiome Protocols eBook. Bio-101: e2003713. DOI: 10.21769/BioProtoc.2003713.
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分类

系统生物学 > 微生物组学

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