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铁载体对根际细菌互作效应的介导作用研究方法

Research Method of Siderophore Mediating Effect on Rhizosphere Bacteria Interaction

万 万文
邵 邵正英
顾 顾少华
韦 韦中

发表时间: 2021年04月12日 DOI: 10.21769/BioProtoc.2003710 浏览次数: 3563

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微生物组实验手册：架起各领域通向微生物组世界的桥梁
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摘要：植物根际因其特殊的理化条件孕育了种类繁多、功能不同的根际细菌，根际有益菌群是防控土传病原菌入侵植物根际的天然防线。土传病原菌在入侵作物根际时必然会与根际细菌产生激烈的竞争，尤其是对稀缺资源的竞争。在根际环境中，铁素分布广泛，对细菌生长起重要作用，但生物可利用性低，因此对三价铁具有高亲和力、高特异性的铁载体就成为限铁条件下细菌利用铁素营养的关键代谢物质，同时也成为有益菌成功抑制病原菌的“秘密武器”。但在以往的研究中，往往难以区分有益菌的生防作用是由铁载体介导还是其他代谢物质介导，因此，本方法建立了三种不同类型的根际细菌上清液处理，即富铁、限铁、补铁上清液，并以病原青枯菌为例，利用不同的根际细菌上清液培养病原青枯菌，其中通过补铁消除铁载体效应得到其它代谢物质介导的根际细菌对病原青枯菌的作用，通过比较限铁和补铁的作用评估铁载体单独介导的根际细菌对病原菌的作用。结果表明，铁载体是根际细菌与青枯菌互作的重要影响因子，本文为铁载体介导的其他根际细菌间的相互作用提供方法参考。

Keywords: 根际细菌 search 上清液 search 青枯菌 search 铁载体 search

材料与试剂

  1. 青枯菌 (QL-Rs1115) (Wei et al., 2011)
  2. Pseudomonas aeruginosa PAO1 (Ghysels et al., 2005)
  3. Burkholderia cepacia H111 (Sathe et al., 2019)
  4. Pseudomonas aeruginosa PAO1△pvdD△pchEF (Ghysels et al., 2005)
  5. Burkholderia cepacia H111△orbJ△pchAB (Sathe et al., 2019)
  6. 胰蛋白胨 (OXOID, TRYPTONE, catalog number: LP0042)
  7. 大豆蛋白胨 (国药集团化学试剂有限公司，沪试，catalog number: 69047737)
  8. 氯化钠 (南京化学试剂有限公司)
  9. 磷酸氢二钾 (南京化学试剂有限公司)
  10. 七水合硫酸镁 (南京化学试剂有限公司)
  11. 丙三醇 (国药集团化学试剂有限公司，沪试，catalog number: 10010618)
  12. 酪蛋白氨基酸 (DSLAB, catalog number: 18A0050)
  13. 氯化铁 (国药集团化学试剂有限公司，沪试，catalog number: 10011918)
  14. TTC (2，3，5－三苯基氯化四氮唑) (国药集团化学试剂有限公司，catalog number: 30187713)
  15. 葡萄糖 (南京化学试剂有限公司)
  16. 酵母粉 (OXOID, YEAST EXTRACT, LP0021)
  17. 牛肉膏 (国药集团化学试剂有限公司，沃凯，catalog number: 69004461)
  18. 琼脂 (福建省金燕海洋生物科技股份，乘风)
  19. TSB培养基 (见溶液配方)
  20. TSA培养基 (见溶液配方)
  21. MKB限铁培养基 (见溶液配方)
  22. MKB富铁培养基 (见溶液配方)
  23. NA培养基 (见溶液配方)
  24. TTC培养基 (见溶液配方)

仪器设备

  1. 96道手动移液工作站 (苏州中析仪器有限公司，中析，catalog number: SC9000)
  2. 酶标板离心机 (湖南赫西仪器，台式低速离心机，TD5A)
  3. 恒温摇床 (MIN QUAN, MQD-BIR)
  4. 酶标仪 (SpectraMax M5, Sunnyvale, CA, USA)
  5. 96孔板 (96 well costar clear)
  6. -80 °C冰箱 (海尔，立式超低温保存箱，DW-86L626, 2013款)
  7. 高压灭菌锅 (日本，鸟取，Tega SANYO Industry Co., Ltd, mlS-3780)
  8. 天平 (sartorius BSA2202S)
  9. 移液枪 (Eppendorf Research plus)
  10. 涡旋仪 (SCIENTIFIC INDUSTRIES, USA)
  11. 96孔板0.22 μm滤膜 (Millipore®, MultiScreenHTS GV Filter Plate, 0.22 µm, clear, sterile, MSGVS2210)

软件和数据库

  1. Excel 2016
  2. R语言 (R 3.1.2)
  3. SPSS 20
  4. Adobe Illustrator CS5

实验步骤

Copyright: © 2021 The Authors; exclusive licensee Bio-protocol LLC.
引用格式：万文, 邵正英, 顾少华, 韦中. (2021). 铁载体对根际细菌互作效应的介导作用研究方法. // 微生物组实验手册. Bio-101: e2003710. DOI: 10.21769/BioProtoc.2003710.
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How to cite: Wan, W., Shao, Z. Y., Gu, S. H. and Wei, Z. (2021). Research Method of Siderophore Mediating Effect on Rhizosphere Bacteria Interaction. // Microbiome Protocols eBook. Bio-101: e2003710. DOI: 10.21769/BioProtoc.2003710.
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分类

系统生物学 > 微生物组学

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