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根际细菌产铁载体能力的高通量检测

High-Throughput Detection of Siderophore Production of Rhizobacteria

顾 顾少华
万 万文
邵 邵正英
韦 韦中

发表时间: 2021年04月25日 DOI: 10.21769/BioProtoc.2003709 浏览次数: 5461

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微生物组实验手册：架起各领域通向微生物组世界的桥梁
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摘要：据报道几乎所有的已知细菌都具有生产铁载体的能力，铁载体对于根际细菌获取铁素营养至关重要。虽然目前研究中已经对部分菌株产铁载体的能力进行了检测，但由于尚未开发一种高通量的铁载体检测方法，我们对根际微生物铁载体产生能力的整体认知依旧缺乏。本文分别从不同地区选取番茄植株，采集根际样品，从中分离出大量可培养根际细菌，通过16s rDNA测序进行物种分类。利用96孔板酶标仪、酶标板离心机、手动96孔板移液器和自动移液工作站，通过CAS (铬天青) 检测法实现了对所有根际分离细菌铁载体相对产量的高通量测定。基于此高通量检测方法可以对植物根际细菌产铁载体能力有个整体的认知。

Keywords: 植物 search 根际细菌 search 铁载体 search CAS检测法 search

材料与试剂

  1. 胰蛋白胨 (OXOID，TRYPTONE，LP0042)
  2.  大豆蛋白胨 (国药集团化学试剂有限公司，沪试，69047737)
  3.  氯化钠 (南京化学试剂有限公司)
  4.  琼脂 (福建省金燕海洋生物科技股份，乘风)
  5. 三水合磷酸氢二钾 (南京化学试剂有限公司)
  6. 七水合硫酸镁 (南京化学试剂有限公司)
  7.  丙三醇 (国药集团化学试剂有限公司，沪试，10010618)
  8.  酪蛋白氨基酸 (DSLAB，18A0050)
  9. 氯化铁 (国药集团化学试剂有限公司，沪试，10011918)
  10.  铁螯合剂2,2'-Dipyridyl (南京化学试剂有限公司)
  11. Tris-盐酸 (1 M Tris-HCl，pH=6.8，BL514A，100 ml)
  12.  明胶 (国药集团化学试剂有限公司，沪试，10010328)
  13.  引物F27 (5'-AGAGTTTGATCATGGCTCAG-3'，生工)
  14.  引物R1492 (5'-TACGGTTACCTTGTTACGACTT-3'，生工)
  15.  铬天青 (Fluka，Chromeazurol S，72687-25G)
  16.  十六烷基三甲基溴化铵 (VETEC，V900413-100G)
  17.  无水哌嗪 (Piperazine，Reagentplus 99%，Sigma-ALDRICH)
  18.  Master mix（Vazyme，2x Taq Master Mix（Dye Plus），P112-AA）

仪器设备

  1. 自动移液工作站 (TECAN，Freedom EVO-2 100 Base)
  2.  96道手动移液工作站 (苏州中析仪器有限公司，中析，SC9000)
  3.  酶标板离心机 (湖南赫西仪器，台式低速离心机，TD5A)
  4.  恒温摇床 (MIN QUAN，MQD-BIR)
  5.  PCR仪 (life technologies，Applied Biosystems PCR热循环仪)
  6.  酶标仪 (SpectraMax M5, Sunnyvale, CA, USA)
  7.  96孔板 (96 well costar clear)
  8.  -80 ℃冰箱 (海尔，立式超低温保存箱，DW-86L626，2013款)
  9.  离心机 (Eppendorf AG，22331 Hamburg，5424EH062551)
  10.  移液枪 (Eppendorf Research plus)
  11. 一次性培养皿 (江苏康健医疗用品，90 mm)
  12.  高压灭菌锅 (日本，鸟取，Tega SANYO Industry Co., Ltd，mlS-3780)
  13. 恒温恒湿培养箱 (新苗，隔水式电热恒温培养箱，GNP-9080BS-III)
  14.  天平 (sartorius BSA2202S)
  15.  涡旋仪 (SCIENTIFIC INDUSTRIES, USA)
  16.  96孔板0.22 μm滤膜 (Millipore®，MultiScreenHTS GV Filter Plate, 0.22 µm, clear, sterile，MSGVS2210)

软件和数据库

  1.  NCBI (https://www.ncbi.nlm.nih.gov)
  2.  RDP (http://rdp.cme.msu.edu/)
  3.  R 3.1.2 program (www.r-project.org)

实验步骤

Copyright: © 2021 The Authors; exclusive licensee Bio-protocol LLC.
引用格式：顾少华, 万文, 邵正英, 韦中. (2021). 根际细菌产铁载体能力的高通量检测. // 微生物组实验手册. Bio-101: e2003709. DOI: 10.21769/BioProtoc.2003709.
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How to cite: Gu, S. H., Wan, W., Shao, Z. Y. and Wei, Z. (2021). High-Throughput Detection of Siderophore Production of Rhizobacteria . // Microbiome Protocols eBook. Bio-101: e2003709. DOI: 10.21769/BioProtoc.2003709.
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分类

系统生物学 > 微生物组学

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