Improve Research Reproducibility A Bio-protocol resource

基于二代测序的真菌基因组组装和注释

Assembly and Annotation of Fungal Genome Based on Illumina Sequencing

马 马紫英
吴 吴琦
周 周欣
李 李宽
蔡 蔡磊

发表时间: 2021年03月25日 DOI: 10.21769/BioProtoc.2003704 浏览次数: 8157

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微生物组实验手册：架起各领域通向微生物组世界的桥梁
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摘要：高通量测序技术的飞速发展使得基因组测序成本不断降低，近几年来，越来越多的真菌物种完成了全基因组测序。对于真菌基因组，二代测序的低成本使得大规模测序成为可能，通过三代测序及Hi-C测序辅助组装等方式，可以使基因组组装到近染色体水平，极大的促进了人们对真菌的起源进化、群体遗传多样性、功能基因、致病机制、次级代谢产物等遗传及生物学特性的认识。基因组的组装、基因预测和注释是基因组学研究的基础，本流程以真菌基因组Illumina测序数据为例，详述了真菌基因组的组装、注释流程。

Keywords: 真菌基因组 search 数据质控 search 基因组组装 search 基因预测注释 search

仪器设备

  1. 服务器 (型号：PowerEdge R940xa；系统：Ubuntu18.04.3；CPU：英特尔至强6248，80核，1T内存)

软件和数据库

  1. SRA Toolkit (version2.10.8)
  2. FastQC (version0.11.8)
  3. Trimmomatic (version0.39)
  4. FastUniq (version1.1)
  5. SPAdes (version3.12.0)
  6. QUAST (version5.0.2)
  7. BUSCO (version3.0.2)
  8. OrthoDB (version9)
  9. Funannotate (version1.4.0)
  10. GeneMark-ES (version4.38)
  11. BLAST (version2.2.31)
  12. eggNOG-mapper (version2.0.0)
  13. Swiss-Prot database (2019.10, 264M)

实验步骤

Copyright: © 2021 The Authors; exclusive licensee Bio-protocol LLC.
引用格式：马紫英, 吴琦, 周欣, 李宽, 蔡磊. (2021). 基于二代测序的真菌基因组组装和注释. // 微生物组实验手册. Bio-101: e2003704. DOI: 10.21769/BioProtoc.2003704.
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How to cite: Wu, Z. Y., Wu, Q., Zhou, X., Li, K. and Cai, L.  (2021). Assembly and Annotation of Fungal Genome Based on Illumina Sequencing. // Microbiome Protocols eBook. Bio-101: e2003704. DOI: 10.21769/BioProtoc.2003704.
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分类

系统生物学 > 微生物组学

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