Improve Research Reproducibility A Bio-protocol resource

土壤病毒组富集及DNA提取

Enrichment and DNA Extraction of Soil Virome

韩 韩丽丽*
毕 毕丽*
于 于丹婷
张 张丽梅
贺 贺纪正

*Contributed equally to this work 发表时间: 2021年04月13日 DOI: 10.21769/BioProtoc.2003702 浏览次数: 3547

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微生物组实验手册：架起各领域通向微生物组世界的桥梁
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摘要：病毒广泛存在于各类生态系统中，是地球上数量最多的生物实体。病毒不仅影响其宿主的群落组成和进化，还可以通过裂解宿主细胞和表达辅助代谢基因等方式影响元素的生物地球化学循环。但是由于技术方法等限制，我们还缺乏对土壤病毒群落组成和生态功能的认识。本文主要介绍土壤病毒组的富集和DNA提取方法，为进一步改进土壤病毒组提取方法和进行后续深入分析提供技术参考。

Keywords: 土壤 search 病毒组 search 富集 search 病毒DNA提取 search

材料与试剂

  1. 超纯水
  2. 离心管
  3. 30 kDa超滤离心管
  4. 0.22 μm滤膜
  5. DNase I (Thermo Fisher Scientific, Lithuania, EU)
  6. 16S rRNA引物 (27F/1492R)
  7. 琼脂糖
  8. 病毒DNA提取试剂盒 (Qiagen, Hilden, Germany, catalog number: 28000-50)
  9. 甘氨酸缓冲液 (见溶液配方)

仪器设备

  1. 切向流过滤系统 (Tangential Flow Filter System, QuixStand, GE Healthcare Life Sciences, Pittsburgh, PA, USA)
  2. 振荡器
  3. 金属浴
  4. 水浴锅
  5. 离心机
  6. 凝胶电泳成像仪

实验步骤

Copyright: © 2021 The Authors; exclusive licensee Bio-protocol LLC.
引用格式：韩丽丽, 毕丽, 于丹婷, 张丽梅, 贺纪正. (2021). 土壤病毒组富集及DNA提取. // 微生物组实验手册. Bio-101: e2003702. DOI: 10.21769/BioProtoc.2003702.
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How to cite: Han, L. L., Bi, L., Yu, D. T., Zhang, L. M. and He, J. Z.  (2021). Enrichment and DNA Extraction of Soil Virome. // Microbiome Protocols eBook. Bio-101: e2003702. DOI: 10.21769/BioProtoc.2003702.
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分类

系统生物学 > 微生物组学

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