Quantitative Metagenomics and Metatranscriptomics Methods of Microbiome

材料与试剂

耗材：

1. 0.22 μm注射过滤器单元：MILLEX 0.22 μm filter
2. 50 ml无菌注射器
3. Qubit™ assay tubes（Thermo Invitrogen, 货号：Q32856）
   

试剂：

1. 十二烷基硫酸钠（SDS）（生工，货号：S0227-500g）
2. 醋酸钠（国药，货号：10018818）
3. 乙酸（国药，货号：10000208）
4. 异丙醇（Acros, 货号：447080010）
5. 无水乙醇（Sigma, BioUltra, for molecular biology, 货号：51976）
6. 柠檬酸盐饱和苯酚（Sigma, BioReagent, for molecular biology, 货号：P4682-100ml）
7. 氯仿（国药，货号：10006818）
8. 无核酸酶纯水（Thermo UltraPure™ DNase/RNase-Free Distilled Water, 货号：10977023）
9. 限制性核酸内切酶：Thermo FastDigest enzyme Mss I（Thermo Scientific™, 货号：FD1344）
10. 胶回收试剂盒：Promega Wizard^® SV Gel and PCR Clean-Up System（Promega, 货号：A9282）
11. proteinase K（Thermo Invitrogen, 货号：AM2546）
12. 体外转录试剂盒：MEGAscript™ T7 Transcription Kit（Thermo Invitrogen, 货号：AM1333）
13. Qubit™ 1X dsDNA HS Assay Kits（Thermo Invitrogen, 货号：Q33231）
14. Qubit™ RNA HS Assay Kit（Thermo Invitrogen, 货号：Q32852）
15. Q5超保真2X 预混液（NEB Q5^® High-Fidelity 2X Master Mix, 货号：M0492）
    

仪器设备

1. Qubit荧光计（Thermo Qubit™ 4 Fluorometer）
2. 全自动凝胶成像系统 （Tanon 2500）
3. 水平电泳仪（Tanon EPS300+HE120）
4. 高通量NGS片段分析系统：AATI Fragment analyzer（Agilent GENE-QC006）
5. 低速离心机（杭州奥盛 Mini-6KS）
6. 台式高速冷冻离心机（Eppendorf centrifuge 5427R）
7. PCR仪（Biometra TRIO 48）
8. 振荡型恒温金属浴仪（杭州奥盛 MSC-100）
9. 千分位天平（Precisa XJ220A SCS）
10. Nanodrop OneC（Thermo）
11. 涡旋混合器（杭州奥盛 MTV-1）
    

实验步骤