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微生物群落RNA稳定同位素探针技术 (RNA-SIP)

RNA-Stable Isotope Probing for Microbial Communities

张 张璐
鞠 鞠峰

发表时间: 2021年03月25日 DOI: 10.21769/BioProtoc.2003692 浏览次数: 4564

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微生物组实验手册：架起各领域通向微生物组世界的桥梁
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摘要：稳定同位素探针技术 (Stable isotope probing, SIP) 是一种不依赖微生物分离培养，借助稳定同位素标记化合物研究复杂原位环境中参与特定生理生化过程微生物的技术。通过向环境样品中投加稳定同位素标记的底物，待利用标记底物的微生物同化合成含有标记元素的生物标志物 (如DNA、RNA和磷酸脂肪酸等) 后，通过对比分析生物标志物鉴别降解利用该底物的微生物。RNA-SIP以RNA作为生物标志物，相较于DNA-SIP具有灵敏度高、标记速度快等优势。RNA-SIP与高通量测序结合，可深入揭示功能微生物多样性与代谢过程的分子机制。

Keywords: RNA-SIP search 原位群落多样性 search 群落功能 search 稳定同位素标记 search 等密度梯度离心 search

材料与试剂

  1. 5.1 ml密封离心管 (Beckman Coulter, catalog number: 342412)
  2. 30/50 ml注射器 (无菌，用于注射泵)
  3. 注射器延长管 (无菌，用于注射泵)
  4. 10 ml注射器 (无菌)
  5. 25 gauge，24 mm注射器针头 (无菌)
  6. 21 gauge，120 mm注射器针头 (无菌)
  7. 15 ml离心管 (无核酸酶)
  8. 1.5 ml离心管 (无核酸酶)
  9. 0.2 ml八联管 (无核酸酶)
  10. 移液枪吸头 (无核酸酶)
  11. 10 ml移液管 (无菌)
  12. 高度去离子甲酰胺Hi-Di Formamide (Thermo Fisher Scientific, catalog number: 4311320)
  13. 异丙醇 (Thermo Fisher Scientific, catalog number: AC327272500)
  14. 无水乙醇
  15. 无核酸酶水 (Thermo Fisher Scientific, catalog number: 10977023)
  16. Qubit RNA超敏检测试剂盒 (Thermo Fisher Scientific, catalog number: Q32852)
  17. 反转录PCR试剂盒 (Promega, catalog number: A1703)
  18. SYBR Green核酸染剂 (Thermo Fisher Scientific, catalog number: S7563)
  19. 三氟乙酸铯CsTFA溶液 (GE Healthcare, catalog number: 17-0847-02)
  20. 洗脱缓冲液EB (Qiagen, catalog number: 19086)
  21. DNA上样缓冲液
  22. 梯度缓冲液 (见溶液配方)

仪器设备

  1. 超速离心机 (Beckman Coulter, Optima XE-100)
  2. 垂直转头 (Beckman Coulter, Vti65.2)
  3. 数字折光仪 (Reichert, AR200)
  4. 注射泵 (Braun Melsungen, Perfusor V)
  5. 离心管密封器 (Beckman Coulter, catalog number: 349646)
  6. 高速冷冻离心机
  7. 恒温混匀仪
  8. 移液枪
  9. Nanodrop OneC (Thermo Fisher Scientific)
  10. Qubit 4 (Thermo Fisher Scientific)
  11. 精密天平 (精度0.001 g)
  12. 实时定量PCR仪
  13. 铁架台及夹钳
  14. 计时器
  15. 分液收集系统 (Beckman Coulter, catalog number: 343890；可选)

实验步骤

Copyright: © 2021 The Authors; exclusive licensee Bio-protocol LLC.
引用格式：张璐, 鞠峰. (2021). 微生物群落RNA稳定同位素探针技术 (RNA-SIP). // 微生物组实验手册. Bio-101: e2003692. DOI: 10.21769/BioProtoc.2003692.
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How to cite: Zhang, L and Ju, F. (2021). RNA-Stable Isotope Probing for Microbial Communities. // Microbiome Protocols eBook. Bio-101: e2003692. DOI: 10.21769/BioProtoc.2003692.
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分类

系统生物学 > 微生物组学

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