Analysis of Microbial Community Composition on Sulfide Mineral Surface Based on 16S rRNA Sequencing and RT-qPCR

材料与试剂

1. 50 ml离心管(Corning，catalog number: 352070)
2. 10 ml离心管(CNWTC，catalog number: TYA04)
3. 5 ml离心管(Eppendorf，catalog number: 0030119401)
4. 1.5 ml尖底离心管(Fisher Scientific，catalog number: 05-408-129)
5. 各种型号枪头(20 µl，200 µl，1 ml)
6. 0.2 mm玻璃珠
7. 2×SYBR Green qPCR Master Mix核酸染料
8. 96孔PCR板(Axygen，PCR-96-FLT-C)
9. (NH₄)₂SO₄
10. K₂HPO₄
11. KCl
12. Ca(NO₃)₂
13. MgSO₄·7H₂O
14. 乙醇(96%-100%)
15. 琼脂糖
16. TBE缓冲液(0.5x)
17. 双链DNA高灵敏度荧光定量试剂盒(Invitrogen，catalog number: Q32851)
18. TIANamp^® Bacteria DNA提取试剂盒(Tiangen Biotech，catalog number: DP302)，含有以下组分：
    
    1)

    吸附柱CB3
    2)

    收集管(2 ml)
    3)

    缓冲液GA
    4)

    缓冲液GB
    5)

    缓冲液GD
    6)

    缓冲液PW
    7)

    缓冲液TE
    8)

    蛋白酶K
19. 溶菌酶缓冲液(20 mM Tris，pH 8.0；2 mM Na₂EDTA；1.2% Triton；终浓度为20 mg/ml的溶菌酶)
20. 9K培养基(见溶液配方)
21. 琼脂糖凝胶(见溶液配方)
    

仪器设备

1. 烧杯
2. 移液枪
3. 分析天平
4. 高速离心机
5. 光学显微镜
6. 涡旋混合器
7. 电泳仪
8. NanoDrop-1000微量分光光度计
9. Qubit 2.0核酸蛋白定量仪
10. Illumina Miseq测序平台
11. Veriti 96-well Fast Thermal Cycler梯度PCR仪 (Thermo Fisher，model: 4375786)
12. Bio-rad iCycler iQ实时定量PCR监测系统
    

实验步骤