Improve Research Reproducibility A Bio-protocol resource

柑橘根际和根表微生物组样品的收集及核酸提取方法

A Protocol for Citrus Rhizosphere and Rhizoplane Microbiome Sample Collection and Nucleic Acid Extraction

张 张云增*
徐 徐进*
RN Riera Nadia
王 王年

*Contributed equally to this work 发表时间: 2021年04月12日 DOI: 10.21769/BioProtoc.2003680 浏览次数: 3352

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微生物组实验手册：架起各领域通向微生物组世界的桥梁
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摘要：以往对植物根部微生物组的研究主要集中于草本植物，并已形成比较完善的采样方法，但对木本植物根部微生物组的研究还较少。在前期研究中，我们以柑橘这一重要的多年生木本经济作物为研究对象，通过宏基因组和宏转录组测序分析鉴定了由柑橘根际向根表富集的微生物种类、功能及其基因表达特点，并揭示了黄龙病对微生物组这一富集过程的影响 (Zhang et al., 2017) 。本文主要介绍上述研究中柑橘根际和根表微生物组样品的采集，以及基于同一样品提取微生物组总DNA和RNA的方法，以期将该方法应用于后续的柑橘及其他木本植物根部微生物组的相关研究中，从而更好地进行微生物组数据的比较分析，排除采样和核酸提取方法对微生物组结构和功能分析的影响。

Keywords: 根表微生物组 search 根际微生物组 search 柑橘 search 宏基因组 search 宏转录组 search

材料与试剂

  1. LifeGuard soil preservation solution (Qiagen, catalog number: 12868)
  2. RNeasy Powersoil Total RNA kit (Qiagen, catalog number: 12866)
  3. RNeasy Powersoil DNA Elution kit (Qiagen, catalog number: 12867)
  4. PBS buffer (Fisher Scientific, catalog number: BP243820)
  5. 软毛刷 (刷头宽度1 cm左右)

仪器设备

  1. 超声波清洗仪 (Fisher Scientific，额定功率130 w)
  2. 离心机 (Eppendorf)
  3. 漩涡震荡仪 (Mo Bio, Vortex Genie® 2 Vortex)
  4. 漩涡震荡仪适配器 (Mo Bio, catalog number: 13000-V1-15)

实验步骤

Copyright: © 2021 The Authors; exclusive licensee Bio-protocol LLC.
引用格式：张云增, 徐进, Riera Nadia, 王年. (2021). 柑橘根际和根表微生物组样品的收集及核酸提取方法. // 微生物组实验手册. Bio-101: e2003680. DOI: 10.21769/BioProtoc.2003680.
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How to cite: Zhang, Y. Z., Xu, J. Nadia, R. and Wang, N. (2021). A Protocol for Citrus Rhizosphere and Rhizoplane Microbiome Sample Collection and Nucleic Acid Extraction. // Microbiome Protocols eBook. Bio-101: e2003680. DOI: 10.21769/BioProtoc.2003680.
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分类

系统生物学 > 微生物组学

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