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猪胃肠道内容物和黏膜样品采集与微生物组成分析

The Collection of Gastrointestinal Content and Mucosa from Pigs for the Analysis of Microbial Community

李 李佳彦*
李 李华*
罗 罗玉衡

*Contributed equally to this work 发表时间: 2021年03月25日 DOI: 10.21769/BioProtoc.2003670 浏览次数: 3114

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微生物组实验手册：架起各领域通向微生物组世界的桥梁
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摘要：猪不仅是重要的家畜，也是一种经典的模式动物，因其与人类具有较为相似的解剖生理结构。对猪胃肠道微生物组成和功能的分析，有助于深入研究单胃动物消化道微生物在宿主营养代谢、肠道健康、免疫防御、疾病发生等过程中的作用。胃肠道微生物的种类和丰度根据其空间分布而存在较大差异，除内容物 (食糜) 外，胃肠道黏膜中也存在大量特殊的微生物群体，因而在实际采样过程中，食糜和黏膜是两种重要的样本类型。由于微生物广泛存在于各种环境，样品的采集流程和操作方式对肠道微生物相关的实验结果有直接影响，这一问题在环境条件极为复杂的养殖场更为突出。因此，标准化的样本采集流程和分析程序是保证实验的可靠性和重复性的必要条件。本文针对猪的胃肠道内容物和黏膜样本，介绍了其无菌采集和基因组DNA提取的详细方法，同时简要描述了微生物组成的分析方法。

Keywords: 猪 search 食糜 search 黏膜 search DNA提取 search 微生物组成分析 search

材料与试剂

  1. 各种型号 (10 μl, 200 μl, 1000 μl) 移液枪头
  2. 离心管 (EP管，1.5 ml/2 ml)
  3. 一次性无菌手套
  4. 灭菌药勺
  5. 75% 酒精棉球
  6. 灭菌载玻片
  7. 灭菌吸水滤纸
  8. PCR用8联管
  9. Tris-HCl
  10. 95%和70%乙醇
  11. RNA酶 (天根生化科技有限公司)
  12. 细菌、古菌、真菌通用PCR引物
  13. Phusion® High-Fidelity PCR Master Mix (Thermo Scientific公司)
  14. 琼脂糖 (西班牙Biowest公司)
  15. GeneJET 胶回收试剂盒 (Thermo Scientific公司)
  16. Ion Plus Fragment Library Kit 48 rxns 建库试剂盒 (Thermofisher 公司)
  17. 苯酚-氯仿-异戊醇溶液 (体积比：25:24:1)
  18. CATB buffer (溶液配方)
  19. TE buffer (见溶液配方)
  20. 3 M醋酸钠 (NaAc) 溶液 (见溶液配方)
  21. TAE缓冲液 (见溶液配方)

仪器设备

  1. 涡旋仪
  2. 离心机 (Thermo Scientific Sorvall Legend Micro 21R 微量离心机)
  3. PCR仪 (Bio-rad T 100梯度 PCR仪)
  4. 恒温水浴锅
  5. 移液枪
  6. MP研磨仪 (美国MP Biomedicals FastPrep-24 5G)
  7. NanoDrop 2000超微量分光光度计 (Thermo Scientific)
  8. Bio-rad ChemiDoc XRS凝胶成像系统
  9. Dark reader荧光投射切胶仪
  10. 制胶槽
  11. Thermofisher IonS5TMXL 测序平台

实验步骤

Copyright: © 2021 The Authors; exclusive licensee Bio-protocol LLC.
引用格式：李佳彦, 李华, 罗玉衡. (2021). 猪胃肠道内容物和黏膜样品采集与微生物组成分析. // 微生物组实验手册. Bio-101: e2003670. DOI: 10.21769/BioProtoc.2003670.
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How to cite: Li, J. Y., Li, H. and Luo, Y. H.  (2021). The Collection of Gastrointestinal Content and Mucosa from Pigs for the Analysis of Microbial Community. // Microbiome Protocols eBook. Bio-101: e2003670. DOI: 10.21769/BioProtoc.2003670.
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分类

系统生物学 > 微生物组学

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