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细菌转录组分析样品制备方法

Sample Preparation for Bacterial Transcriptome Analysis

武 武迎春
郝 郝光飞
韩 韩东飞

发表时间: 2021年04月13日 DOI: 10.21769/BioProtoc.2003650 浏览次数: 4316

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微生物组实验手册：架起各领域通向微生物组世界的桥梁
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摘要：伴随着全球模式微生物基因组测序计划的进行，微生物转录组研究在我国取得了快速发展。第二代、第三代测序技术的出现，更使大规模应用转录组方法解决科学问题成为可能。转录组研究可以从整体水平研究基因功能和基因表达动态，揭示特定生物学过程和微生物代谢调控的分子机制，已广泛应用于基础研究、代谢工程和药物研发等领域。其中，通过细菌转录组研究来揭示生命基本过程，如生命形成、生物进化、基础代谢、疾病发生、药物靶点等，成为生物学研究的重要手段。随着RNA测序价格的日益低廉，RNA测序逐渐成为筛选分子生物学后续研究方向的最省时、省力、最经济的方法，研究者往往使用RNA测序来推进项目的进展。然而，许多新入行的研究者对细菌RNA-Seq测序样品准备相关步骤知之甚少，基于此本文将对细菌转录组样本制备过程进行详细说明。

Keywords: 细菌 search 转录组 search 样品制备 search RNA-Seq search

材料与试剂

  1. 50x TAE缓冲液 (Aladdi, catalog number: T197242)
  2. DNA Ladder (Promega, catalog number: Z5300)
  3. Agarose (中科瑞泰生物科技有限公司, catalog number: 9012-36-6)
  4. RNAiso plus (TaKaRa, catalog number: T9180)
  5. MICROB Express Kit (Ambion, catalog number: AM1905)
  6. Glycerol (Aladdin, catalog number: G116205)
  7. PrimeScriptTM 1st strand cDNA Synthesis (TaKaRa, catalog number: 6110A)
  8. Synthesis (Caliper, catalog number: G2938)
  9. DNA 1000 LabChip (TaKaRa, catalog number: 9151A)
  10. 10x PCR Buffer (Mg2+ plus) (TaKaRa, catalog number: 4030)
  11. dNTP Mixture (TaKaRa, catalog number: 2050A)
  12. T4 RNA Ligase (TaKaRa, catalog number: 2050A)
  13. T4 RNA Ligase Buffer (TaKaRa, catalog number: 2050A)
  14. 0.1% BSA (TaKaRa, catalog number: 2050A)
  15. Reverse Transcriptase XL (AMV) (TaKaRa, catalog number: 2621)
  16. Glycogen (碧云天生物有限公司, catalog number: D0812)
  17. AMV RT Buffer (BBI生命科学有限公司, catalog number: B610020)
  18. DreamTaq DNA Polymerase (EP0704) (赛默飞世尔科技有限公司, catalog number: B300107)
  19. SYTO 9 Green (Invitrogen, Eugene, Oregon, catalog number: s34854)
  20. mirVana miRNA Isolation Kit (赛默飞世尔科技有限公司, catalog number: AM1561)
  21. EDC粉末 (BBI生命科学有限公司, catalog number: C600433)
  22. 0.1mol/L MES buffer (pH4.8) (生工生物工程股份有限公司, catalog number: C506052)
  23. DEPC-Treated Water (赛默飞世尔科技有限公司, catalog number: AM9916)
  24. NaOH (BBI生命科学有限公司, catalog number: A100173)

仪器设备

  1. 生化恒温摇床器 (上海精宏实验设备有限公司, model: HZQ-QA)
  2. 生化培养箱 (上海一恒科学仪器有限公司, model: SPX-250)
  3. 水平电泳槽 (北京六一生物科技有限公司, model: DYCP-31DN)
  4. 电泳仪 (北京六一生物科技有限公司, model: DYY-6D)
  5. 微波炉 (美的集团有限公司, model: M1-L213C)
  6. 冰箱 (青岛海尔股份有限公司, model: HYC-390)
  7. 微量分光光度计 (Nanodrop, model: 2000c)
  8. 台式冷冻离心机 (Eppendorf, model: TG16B)
  9. 酶标分析仪 (Bio-Rad, model: iMark)
  10. Bioanalyzer (安捷伦科技 (中国) 有限公司, model: 2100)
  11. PCR核酸扩增 (Bio-Rad, model: C1000 Touch)
  12. 凝胶成像分析系统 (Bio-Rad, model: GelDoc XR+)
  13. 高压型电泳电源 (Bio-Rad, model: PowerPac HV)
  14. 电热恒温水浴锅 (苏州江东精密仪器有限公司, model: HH-8)
  15. 制冰机 (北京长流仪器有限公司, model: XD50KG)
  16. 液相色谱 (安捷伦科技中国有限公司, model: 1200)
  17. 紫外分光光度计 (上海元析仪器有限公司, model: JH-2100)
  18. 超净工作台 (无锡一净净化设备有限公司, model: MKSD-CJ)
  19. 立式压力蒸汽灭菌器 (上海博迅医疗生物仪器有限公司, model: LS-35LD )
  20. 震荡仪 (海门市其林贝尔仪器制造有限公司, model: SI-0246)
  21. 微型离心机 (海门市其林贝尔仪器制造有限公司, model: KST110)
  22. 扫描仪 (CapitalBio, model: LuxScan 10K/A )
  23. 金属浴 (卡尤迪生物科技有限公司, model: TCS10)
  24. 超声仪 (上海远淮化工科技有限公司, model: KQ-3200)
  25. 精密电子天平 (上海菁海仪器有限公司, model: UW820H)
  26. 超低温冰箱 (青岛海尔股份有限公司, ,model: DW-86L959BP)
  27. 热循环仪 (MJ Research, Watertown, MA, model: PTC-220, PTC-225)
  28. 涡旋振荡器 (奥然科学技术有限公司, model: Vortex-Genie 2)
  29. 超纯水系统 (Millipore, model: Milli-Q)
  30. 各种量程的微量移液器 (吉尔森公司)

实验步骤

Copyright: © 2021 The Authors; exclusive licensee Bio-protocol LLC.
引用格式：武迎春, 郝光飞, 韩东飞. (2021). 细菌转录组分析样品制备方法. // 微生物组实验手册. Bio-101: e2003650. DOI: 10.21769/BioProtoc.2003650.
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How to cite: Wu, Y. C., Hao, G. F. and Han, D. F.  (2021). Sample Preparation for Bacterial Transcriptome Analysis. // Microbiome Protocols eBook. Bio-101: e2003650. DOI: 10.21769/BioProtoc.2003650.
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分类

系统生物学 > 微生物组学

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