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培养组学方法优化

Optimization of Culturomics Methods

常 常宇骁*
侯 侯凤仪*
毕 毕玉晶
杨 杨瑞馥

*Contributed equally to this work 发表时间: 2021年04月13日 DOI: 10.21769/BioProtoc.2003639 浏览次数: 5951

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微生物组实验手册：架起各领域通向微生物组世界的桥梁
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摘要：培养组学是一种采用多种培养条件，利用MALDI-TOF质谱和16S rRNA基因测序鉴定细菌种属的培养方法。人类肠道菌群中仍有大部分细菌难以培养，目前培养组学的发展给这些难以培养的细菌带来了新的希望。本实验方法通过延长预培养时间，选择7个固定时间点，按颜色、形态、大小挑取单克隆的方法来分离预培养混合菌液，并通过补充培养基、添加抑制剂两个额外的培养条件来增加分菌种类和数量。通过本实验方法可以有效的增加分离培养的菌种数目，并在保证尽可能不减少分出菌种数量的前提下降低工作量，同时增加了发现细菌新种/属的可能性。

Keywords: 肠道菌群 search 培养组学 search 方法优化 search

材料与试剂

  1. 50 ml无菌离心管 (Corning, catalog number: 430828)
  2. 血培养瓶 (郑州安图公司, catalog number: BC120)
  3. 脱脂绵羊血 (北京宝特医疗有限公司, catalog number: H0011)
  4. 瘤胃液 (ELITE-MEDIA, catalog number: A386-01)
  5. 半胱氨酸 (Cysteine) (Sigma, catalog number: C7352-25g)
  6. 刃天青 (Resazurin) (Sigma, catalog number: R7017-5g)
  7. 血红素 (Haemin) (Sigma, catalog number: 51280-5g)
  8. 生物素 (Biotin) (Sigma, catalog number: B4639-100mg)
  9. 钴胺素 (Cobalamin) (Sigma, catalog number: V2876-250mg)
  10. 对氨基苯甲酸 (p-aminobenzoic acid) (Sigma, catalog number: A9878-5g)
  11. 叶酸 (Folic acid) (Sigma, catalog number: F7876-1g)
  12. 吡哆胺 (Pyridoxmine) (Sigma, catalog number: P9158-1g)
  13. 胰蛋白冻 (Casitone) (Sigma, catalog number: 6054)
  14. 酵母提取物 (Yeas extract) (OXOID, catalog number: LP0021)
  15. 碳酸氢钠 (NaHCO3) (沪试, catalog number: 144-55-8)
  16. 磷酸氢二钾 (K2HPO4) (沪试, catalog number: 2139900)
  17. 磷酸二氢钾 (KH2PO4) (沪试, catalog number: 7778-77-0)
  18. 氯化钠 (NaCl) (西陇科学，catalog number: 7647-14-5)
  19. 硫酸镁 (MgSO4·7H2O) (沪试, catalog number: 10034-99-8)
  20. 氯化钙 (CaCl2) (西陇科学，catalog number: 10043-52-4)
  21. 硫胺素 (Thiamine) (Sigma, catalog number: T4625)
  22. 核黄素 (Riboflgvin) (Sigma, catalog number: R-4500)
  23. 葡萄糖 (沪试, catalog number: 14431-43-7)
  24. 琼脂糖 (欣经科, catalog number: 4002)
  25. 裂解液和质谱基质 (郑州安图公司)
  26. DNeasy blood&tissue (QIAGEN, catalog number: kit 69506)
  27. 抑制剂CHIR-090 (北京百奥莱德公司)
  28. YCFA培养基 (见溶液配方)

仪器设备

  1. 粪便收集器 (Norgen Biotek, model: NGB-27650)
  2. 100 ml锥形瓶 (Hario, model: 100ml)
  3. 灭菌锅 (Yamato, model: SQ510C)
  4. MALDI-TOF质谱仪 (郑州安图公司，model: Autof MS1000)
  5. 恒温震荡培养箱 (宿州培英实验设备有限公司，model: HZQ-F160)
  6. 厌氧培养箱 (英国Ruskinn公司，model: INVIVO2 400)
  7. 涡旋仪 (其林贝尔仪器制造有限公司，model: UNAIR)
  8. 恒温培养箱 (天津市泰斯特仪器有限公司，model: DH3600AB)
  9. 全温震荡培养箱 (宿州培英实验设备有限公司，model: HZQ-F160)

实验步骤

Copyright: © 2021 The Authors; exclusive licensee Bio-protocol LLC.
引用格式：常宇骁, 侯凤仪, 毕玉晶, 杨瑞馥. (2021). 培养组学方法优化. // 微生物组实验手册. Bio-101: e2003639. DOI: 10.21769/BioProtoc.2003639.
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How to cite: Change, Y. X., Hou, F. Y., Bi, Y. J. and Yang, R. F. (2021). Optimization of Culturomics Methods. // Microbiome Protocols eBook. Bio-101: e2003639. DOI: 10.21769/BioProtoc.2003639.
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分类

系统生物学 > 微生物组学

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