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微生物非标记定量蛋白质组学样品制备方法

Sample Preparation of Microorganism for Label-free Quantitative Proteomics

赵 赵娜
汪 汪兵
刘 刘飞
谢 谢波

发表时间: 2021年03月10日 DOI: 10.21769/BioProtoc.2003595 浏览次数: 3710

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微生物组实验手册：架起各领域通向微生物组世界的桥梁
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摘要：非标记 (Label-free) 定量蛋白质组学是一类基于液相色谱-串联质谱法 (LC-MS/MS) 对样本蛋白质酶解肽段进行质谱定量检测的技术，已经被广泛应用于各类生物学研究中 (Neilson et al., 2011; Chignell et al, 2018; Mahong et al., 2012)。该实验的样本制备过程较为简易，无需昂贵的同位素标记，有利于在大量样本中有效检测和比较不同丰度的蛋白质表达差异，且能够被常规的生物学实验室工作人员熟练掌握。水体中的藻类和细菌在初级生产、物质分解、重要元素生物地球化学循环等过程中具有重要作用，它们之间也存在着形式多样的相互作用，继而对微生物群落的结构与功能产生重要影响(Seymour et al., 2017)。在这些微生物的研究中，可采用非标记定量蛋白质组学方法揭示其在不同生长环境下的蛋白质表达谱，为深入认识水体微生物群落的结构与功能提供重要线索。本方案则以模式细菌和微藻为对象，介绍非标记蛋白质组学样本的制备方法，为微生物在单独培养或共培养条件下的差异蛋白质组学研究提供技术参考。

Keywords: 非标记定量蛋白质组学 search 微藻 search 细菌 search 种间相互作用 search

材料与试剂

  1. 0.22 μm、5 μm滤膜 (Millipore, catalog number: SLGV033RB)
  2. 1.5 ml, 10 ml, 50 ml离心管 (Axygen)
  3. Ziptip C18柱子 (Millipore, catalog number: ZTC18S096)
  4. 丙酮 (沪试, CAS: 67-64-1)
  5. 甲醇 (沪试, CAS: 67-56-1)
  6. NH4HCO3 (沪试, CAS: 1066-33-7)
  7. NaCl (沪试, CAS: 7647-14-5)
  8. KCl (沪试, CAS: 7447-40-7)
  9. Na2HPO4 (沪试, CAS: 7558-79-4)
  10. CaCl2·6H2O (沪试, CAS: 10043-52-4)
  11. KH2PO4 (沪试，CAS: 7778-77-0)
  12. 胰蛋白胨 (OXOID, CAS: 91079-40-2)
  13. 酵母粉 (OXOID, CAS: 8013-01-2)
  14. Tris (国药集团化学试剂有限公司, CAS: 77-86-1)
  15. 二硫苏糖醇 (DTT, Biosharp, CAS: 3483-12-3)
  16. 碘乙酰胺 (IAM, MACKLIN, CAS: 144-48-9)
  17. 胰蛋白酶 (Promega, catalog number: V5073)
  18. 乙腈 (沪试, CAS: 75-05-8)
  19. 0.1%甲酸水 (FISHER, CAS: 64-18-6)
  20. 十二烷基—β-麦芽糖苷 (DDM, MACKLIN, CAS: 69227-93-6)
  21. 蛋白酶抑制剂 (Roche, catalog number: 04693159001)
  22. 超纯水
  23. PBS缓冲液 (见溶液配方)
  24. 细胞裂解液 (见溶液配方)
  25. TY培养基 (见溶液配方)
  26. TAP培养基 (见溶液配方)
  27. 胰蛋白酶溶液 (见溶液配方)

仪器设备

  1. 台式超速离心机 (THERMO ELECTRON BR4i, catalog number:11175674)
  2. 超声破碎仪 (Sonics VCX800, catalog number:97496AR-0917)
  3. 酶标仪 (BioTek Synergy-2, catalog number:266256)
  4. 电泳仪 (BIO-RAD，catalog number:1703810)
  5. 37 °C摇床 (HDL APPARATUS)
  6. 离心浓缩系统 (LABCONCO, catalog number: 7810011)
  7. 循环水式多用真空过滤系统 (上海比朗, 型号: SHB-Ⅲ)

实验步骤

Copyright: © 2021 The Authors; exclusive licensee Bio-protocol LLC.
引用格式：赵娜, 汪兵, 刘飞, 谢波. (2021). 微生物非标记定量蛋白质组学样品制备方法. // 微生物组实验手册. Bio-101: e2003595. DOI: 10.21769/BioProtoc.2003595.
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How to cite: Zhao, N., Wang, B., Liu, F. and Xie, B.  (2021). Sample Preparation of Microorganism for Label-free Quantitative Proteomics. // Microbiome Protocols eBook. Bio-101: e2003595. DOI: 10.21769/BioProtoc.2003595.
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分类

系统生物学 > 微生物组学

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