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反刍动物瘤胃原虫18S rRNA基因测序分析技术

18S rRNA Gene Sequencing and Analysis of Ruminal Protozoa

高 高健
甄 甄永康
王 王梦芝
王 王洪荣

发表时间: 2021年04月12日 DOI: 10.21769/BioProtoc.2003580 浏览次数: 2751

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微生物组实验手册：架起各领域通向微生物组世界的桥梁
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摘要：反刍动物瘤胃中含有大量原虫，其在保持瘤胃微生态环境稳定、促进饲料分解与发酵等方面起着重要的作用。在其相关研究中，利用高通量测序 (High-throughput sequencing) 技术可以准确获得原虫的区系组成、相对丰度变化及种群多样性差异等，进而为研究原虫种群关系变化及其与宿主之间关系提供了支持。本文以18S rRNA基因序列分析为基础，介绍了利用高通量测序分析瘤胃内原虫区系组成和相对丰度变化的方法。

Keywords: 瘤胃原虫 search 18S rRNA search 高通量测序 search

材料与试剂

  1. 2 ml螺帽离心管
  2. 2 ml无菌离心管
  3. 1.5 ml无菌离心管
  4. 0.1 mm的锆珠和0.5 mm的锆珠
  5. 粪便基因组DNA提取试剂盒 (QIAamp DNA Stool Mini Kit，Qiagen，Germany)
  6. 异丙醇
  7. 乙醇
  8. NaCl
  9. Tris-HCl
  10. EDTA
  11. 十二烷基硫酸钠 (SDS)
  12. 乙酸铵
  13. 细胞裂解液 (见溶液配方)
  14. 10 mM乙酸铵溶液 (见溶液配方)

仪器设备

  1. 1,000 ml容量瓶
  2. Mini-Beadbeater研磨器 (BioSpec Products, Bartlesville, OK, USA)
  3. 高速离心机
  4. NanoDrop 1000超微量分光光度计 (Nyxor biotech, Paris, France)

软件和数据库

  1. UPARSE软件 (Version 7.1，http://drive5.com/uparse/)
  2. RDP Classifier软件 (Version 11.5，http://rdp.cme.msu.edu/)
  3. Silva数据库 (Version 11.9，https://www.arb-silva.de)
  4. QIIME软件 (Version 1.9.0，http://qiime.org)

实验步骤

Copyright: © 2021 The Authors; exclusive licensee Bio-protocol LLC.
引用格式：高健, 甄永康, 王梦芝, 王洪荣. (2021). 反刍动物瘤胃原虫18S rRNA基因测序分析技术. // 微生物组实验手册. Bio-101: e2003580. DOI: 10.21769/BioProtoc.2003580.
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How to cite: Gao, J., Zhen, Y. K., Wang, M. Z. and Wang, H. R. (2021). 18S rRNA Gene Sequencing and Analysis of Ruminal Protozoa. // Microbiome Protocols eBook. Bio-101: e2003580. DOI: 10.21769/BioProtoc.2003580.
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分类

系统生物学 > 微生物组学

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