Genetic Diversity of the Major Capsid Genes (g23) of T4-type Bacteriophages in Soil and Water Environments

材料与试剂

1. 无菌枪头 (100 μl和1,000 μl)
   
2. 离心管 (2 ml和15 ml) 
3. Escherichia coli DH5α感受态细胞 (全式金生物科技有限公司) 
4. DNA模板
5. DNA聚合酶 (TaKaRa, Dalian, China) 
6. BSA (TaKaRa, Dalian, China) 
7. dNTP (TaKaRa, Dalian, China) 
8. 引物
9. 无菌水
10. Fast DNA^® SPIN Kit for Soil试剂盒 (Qbiogene Inc., Carlsbad, CA, USA) 
11. 琼脂糖
12. 核酸染料 (Gel Red) 
13. 克隆质粒 (pMD18-T, TaKaRa, Dalian, China, catalog number：D101A) 
14. DNase和RNase酶 (全式金生物科技有限公司) 
15. 蛋白酶K (全式金生物科技有限公司) 
16. Na₂EDTA
17. 氯仿
18. 异戊醇
19. 苯酚
20. Acetate
21. Tris
22. Acrylamide
23. Bis-Acrylamide (N,N’-methylene-bis- Acrylamide) 
24. SDS
25. Formamide
26. Urea
27. TE缓冲液 (见溶液配方) 
28. PCI (见溶液配方) 
29. CIA (见溶液配方) 
30. TE saturated phenol (见溶液配方) 
31. 50 × TAE (见溶液配方) 
32. 10% SDS缓冲液 (见溶液配方) 
33. 40% (w/w) 丙烯酰胺 (见溶液配方) 
34. DGGE凝胶 (见溶液配方) 
35. CTAB/NaCl (见溶液配方)
    

仪器设备

1. 高压灭菌锅 (BKQ-B50Ⅱ) 
2. 烘箱 (AHS-562) 
3. Eppendorf移液器 (100 μl和1,000 μl) 
4. 0.45 μm、0.2 μm和0.02 μm微孔滤膜 (Lablead) 
5. DGW-80微型离心机 (TGL-16G-A) 
6. Fast Prep^®-24振荡器
7. 可见紫外分光光度计 (TECHOMP UV7500) 
8. DYY-CC型电泳仪
9. PCR仪 (GeneAmp PCR system 9700, Applied Biosystem) 
10. 变形梯度凝胶电泳仪 (BIO-RAD) 
11. 显影仪 (BIO-RAD) 
12. Nanodrop 2000 (Thermo) 
13. 超纯水制备仪 (Milli-Q Advantage) 
14. 超净工作台 (DL-CJ-N) 
15. 数显恒温水浴锅 (W-201B) 
16. B-100自动颗粒制冰机 (太华)
    

实验步骤