摘要:微生物群落生态学的一个主要目标是了解构成跨时空物种丰度模式的过程(Stegen
et al.,2012;Zhou
et al.,2014;Dini-Andreote
et al.,2015)。确定性和随机性两种类型的过程会影响群落的聚集。确定性过程 (其中非生物和生物因素决定物种的存在与否和相对丰度) 与生态选择相关 (Vellend, 2010),随机过程包括不可预测的扰动、概率性的散布和随机的出生-死亡事件等,这些变化不是由环境决定的适应性结果 (Chase and Myers, 2011)。为了判定群落间变化由确定性过程主导还是随机性过程主导,本实验使用零模型量化群落的绝对系统发育距离与随机系统发育距离的偏离度,偏离程度越大,群落受确定性因素的影响越大,偏离度越小,群落受随机性因素的影响越大。结果:该方法可以使用NTI/NRI指示单个群落内共存的分类单元相比偶然预期的关系更为紧密还是分散,使用
βNTI/
βNRI指示两两群落间的变化受确定性或随机性因素影响的大小。结论:该方法可用以评估不同时空尺度下随机性和确定性过程对微生物群落组装的影响。
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引用格式:赵维, 王兴彪, 侍浏洋, 朱婉瑜, 马磊, 王敬敬, 徐松, 杨榕, 张小霞, 韩一凡, 黄志勇. (2021). 原核微生物群落随机性和确定性装配过程的计算方法. // 微生物组实验手册.
Bio-101: e2003400. DOI:
10.21769/BioProtoc.2003400.
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How to cite: Zhao, W., Wang, X. B., Shi, L. Y., Zhu, W. Y., Ma, L., Wang, J. J., Xu, S. Yang, R., Zhang, X. X., Han, Y. F. and Huang, Z. Y. (2021). Calculation Method for Stochastic and Deterministic Assembly Processes of Prokaryotic Communities. // Microbiome Protocols eBook.
Bio-101: e2003400. DOI:
10.21769/BioProtoc.2003400.
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