摘要:对虾养殖系统微生物群落的失调与对虾病害发生的关系逐渐引起了人们的重视,养殖系统微生物组及其生态学过程的研究已成为解决对虾养殖病害问题的重要突破口。微生物组学技术是微生物群落研究的重要手段,其中样品的采集和制备是最为重要的关键环节之一,但目前对虾养殖系统微生物组样品的采集和制备仍无标准化流程。本文介绍了凡纳滨对虾高位池、育苗系统和生物絮团养殖系统中微生物组样品采集和制备的步骤和要点,以期为今后对虾养殖系统中微生物组学的标准化研究提供借鉴。
材料与试剂
- 无菌一次性培养皿
- 无菌药匙
- 无菌牙签
- 一次性无菌刀片
- 无菌剪刀、镊子
- 无菌无酶EP管(2 ml 和5 ml,Axygen Scientific公司,Axygen)
- 无菌无酶移液器吸头(20 μl、200 μl和1,000 μl,Axygen Scientific公司,Axygen)
- 一次性橡胶手套
- 160目筛绢(孔径约100 μm, Honeywell International,Honeywell,产品目录号:gAM5A)
- 聚碳酸酯膜(0.22 μm,Merck Millipore,Isopore,产品目录号:GTTP02500)
- 采样瓶(体积为1 L,2 L或5 L)
- 滤液收集瓶(体积为1 L)
- 无磁不锈钢漏斗(直径为140 mm)
- 玻璃烧杯(500 ml)
- 研钵
- 75%酒精
- 1x TE 缓冲液(生工生物工程(上海)股份有限公司,生工,产品目录号:B548106-0500)
- 无水乙醇
- 无菌去离子水
- 液氮
- 二氧化氯泡腾片(河南省南华千牧生物科技有限公司,南华千牧,产品目录号:45632)
- DNeasy® Power Soil® Kit(QIAGEN公司,Qiagen,产品目录号:12888)
- QIAamp® Fast DNA Stool Mini Kit(QIAGEN公司,Qiagen,产品目录号:51506)
仪器设备
- 有机玻璃采水器(长垣县新长源塑业制品厂,体积为5 L)
- 旋片式真空泵(浙江飞越机电有限公司,飞越,产品型号: FY-1HN)
- 真空过滤装置(Thermo公司,Nalgene,产品型号:300-4100)
- 单道移液器(Eppendorf公司,Research plus)
- 车载冰箱(河南新飞电器集团有限公司,新飞,产品型号:TF-L5D)
- -80°C超低温冰箱(Thermo公司,Thermo,产品型号:902991)
- 研磨均质破碎仪(Bertin Technologies公司,Precellys,产品型号:P000671-CLYS1-A)
- 涡旋振荡器(Scientific Industries 公司,Vortex Genie 2,产品型号:SI-0246)
- 小型台式冷冻离心机(Eppendorf公司,Eppendorf,产品型号:5424R)
- 微量核酸测定仪(Thermo Scientific公司,产品型号:NanoDrop 2000,产品型号:ND-2000)
- 核酸定量荧光计(Thermo Scientific公司,产品型号:Qubit™ 4 Fluorometer,产品型号:Q33327)
实验步骤
Copyright: © 2021 The Authors; exclusive licensee Bio-protocol LLC.
引用格式:董鹏生, 黄雷, 王艳婷, 郭海朋, 张德民. (2021). 对虾养殖系统微生物组样品的采集与制备. // 微生物组实验手册.
Bio-101: e2003389. DOI:
10.21769/BioProtoc.2003389.
下载引用格式
How to cite: Dong, P. S., Huang, L. Wang, Y. T., Guo, H. P. and Zhang, D. M. (2021). Collection and Preparation of Microbiota Samples in Shrimp Culture System. // Microbiome Protocols eBook.
Bio-101: e2003389. DOI:
10.21769/BioProtoc.2003389.
Download Citation in RIS Format
您对这篇实验方法有问题吗?
在此处发布您的问题,我们将邀请本文作者来回答。同时,我们会将您的问题发布到Bio-protocol Exchange,以便寻求社区成员的帮助。
发布问题 0 Q&A