Improve Research Reproducibility A Bio-protocol resource

沉积物、岩石样品总DNA提取

Total DNA Extraction from Sediment and Rock Samples

牛 牛明杨
隋 隋维康
王 王风平

发表时间: 2021年02月25日 DOI: 10.21769/BioProtoc.2003375 浏览次数: 2810

返回专辑目录

微生物组实验手册：架起各领域通向微生物组世界的桥梁
pdf PDF PDF
ask 提问与回复
引用
收藏
被引用
摘要：本实验流程在土壤总DNA提取方法上，通过对破碎、DNA分离和纯化步骤的优化，能够有效提高从环境样品中获得总DNA的浓度和质量。此方法适用于不同环境样品中总DNA的提取，包括淡水、潮间带沉积物和海洋沉积物，以及岩石等低生物量的环境样品。所获得的DNA可以用于扩增16S rRNA基因和功能基因，功能基因定量以及宏基因组测序。

Keywords: 酚氯仿法 search DNA提取 search 沉积物 search 岩石 search

材料与试剂

  1. 2 ml、15 ml和50 ml离心管 (Axygen, catalog number: MCT-200-C; SCT-15ML-25-S; SCT-50ML-25-S)
  2. 药匙 (无菌)
  3. NaH2PO4 (Sigma, catalog number: S3139)
  4. Na2HPO4 (Sigma, catalog number: S3264)
  5. EDTA (pH = 8.0, Sigma, catalog number: 324506)
  6. Tris-HCl (pH = 8.0, Solarbio, catalog number: T8230)
  7. NaCl (Sigma, catalog number: S3014)
  8. CTAB (Sigma, catalog number: 52365)
  9. 蛋白酶K (Sigma, catalog number: 70663)
  10. 溶菌酶 (Sigma, catalog number: L6876)
  11. SDS (Sigma, catalog number: L3771)
  12. 苯酚-氯仿-异戊醇 25:24:1 (pH > 7.8, Sigma, catalog number: 77617)
  13. Polydexoyinosinic-deoxycytidylic acid (poly dI-dC) (Sigma, catalog number: P4929)
  14. 异丙醇 (Sigma, catalog number: I9516)
  15. 1× TE缓冲液 (pH =8.0) (生工，catalog number：B548106)
  16. DNeasy® PowerSoil® Kit (Qiagen, catalog number: 12888-100)
  17. DNA抽提缓冲液 (1L) (见溶液配方)
  18. 20 % SDS (十二烷基磺酸钠) (见溶液配方)
  19. 3 M醋酸钠 (pH 5.2) (见溶液配方)
  20. 0.5 ug/ul Poly (dl-dC) (见溶液配方)

仪器设备

  1. 组织研磨机 (Tissuelyser-48, 上海净信公司，中国)
  2. 离心机 (5810R，Eppendorf公司，德国)
  3. 涡旋仪 (Vortex Genie® 2 Vortex，MO BIO公司，美国)
  4. 水平24 × 1.5 ml离心管支架 (SI-H524，MO BIO公司，美国)
  5. 移液枪 (10 μl, 200 μl, 1 ml, Eppendorf公司，美国)
  6. 紫外交联仪 (Stratalinker 1800 UV，Stratagene公司，美国)
  7. 高压蒸汽灭菌锅 (G154DWS，致微 (厦门) 仪器有限公司，中国)
  8. 鼓风干燥箱 (DHG-9091A，上海一恒科学仪器有限公司，中国)
  9. 马弗炉 (MFLX544-12，上海马弗炉科技仪器有限公司，中国)
  10. 0.22 μm 滤膜 (SLGP033RB，Merck Millipore公司，爱尔兰)
  11. 酒精喷壶
  12. 冰箱 (MDF-U74V，Panasonic公司，日本)
  13. Nanodrop (Nano-300，杭州奥盛仪器有限公司，中国)
  14. 电磁加热搅拌器 (TH-500，上海沪西分析仪器厂，中国)
  15. 耐高温磁性搅拌子

实验步骤

Copyright: © 2021 The Authors; exclusive licensee Bio-protocol LLC.
引用格式：牛明杨, 隋维康, 王风平. (2021). 沉积物、岩石样品总DNA提取. // 微生物组实验手册. Bio-101: e2003375. DOI: 10.21769/BioProtoc.2003375.
ris ris 下载引用格式
How to cite: Niu, M. Y., Sui, W. K. and Wang, F. P. (2021). Total DNA Extraction from Sediment and Rock Samples. // Microbiome Protocols eBook. Bio-101: e2003375. DOI: 10.21769/BioProtoc.2003375.
ris ris Download Citation in RIS Format

分类

系统生物学 > 微生物组学

您对这篇实验方法有问题吗？

在此处发布您的问题，我们将邀请本文作者来回答。同时，我们会将您的问题发布到Bio-protocol Exchange，以便寻求社区成员的帮助。

post 发布问题
0 Q&A