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新型冠状病毒小分子抑制剂的筛选和竞争抑制研究

Screening and Competitive Inhibition Study of Small Molecular Inhibitors against SARS-CoV-2

王 王静

发表时间: 2024年04月08日 DOI: 10.21769/BioProtoc.1011009 浏览次数: 987

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表面等离子体共振（SPR）技术实验手册
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摘要：新型冠状病毒肺炎（COVID-19）是由一种严重急性呼吸道综合征冠状病毒2型（SARS-CoV-2）引发的疾病。SARS-CoV-2利用人血管紧张素转换酶2（hACE2）作为其刺突糖蛋白受体结合区域（RBD）的细胞受体进入宿主细胞。在本实验案例中，前期采用一种人工智能的药物筛选方法，从临床批准的小分子药物库中筛选出20种可能阻断SARS-CoV-2 RBD与hACE2结合的潜在的小分子抑制剂。接下来，使用表面等离子共振仪Biacore 8K对这20个小分子药物分别与SARS-CoV-2 RBD和hACE2结合的亲和力和动力学进行检测，并利用Biacore 8K的A-B-A进样方法研究小分子药物对SARS-CoV-2 RBD和hACE2结合的竞争抑制作用。结果发现Tannic acid可以作为预防和治疗SARS-CoV-2感染的一种有潜力的小分子抑制剂。Biacore 8K具有高通量、非标记、高灵敏度、实时监测、独特的A-B-A进样模式等优点，特别适合早期药物筛选和验证。

Keywords: 表面等离子共振仪 search 药物筛选 search 小分子抑制剂 search 竞争抑制 search Biacore search

材料与试剂

  1. 重组SARS-CoV-2 RBD蛋白 (Sino Biological, 产品目录号: 40592-V08H)
  2. hACE2 蛋白 (Sino Biological, 产品目录号: 10108-H08H)
  3. 小分子药物库 (FDA-approved Drug Library, TargetMol, 产品目录号: L4200)
  4. S系列CM5芯片 (Cytiva, Series S Sensor Chip CM5, 产品目录号: 29149603)
  5. 氨基偶联试剂盒 (Cytiva, 产品目录号: BR100050)
  6. 醋酸钠缓冲液 (Cytiva, Acetate 4.5, 产品目录号: BR100350; Acetate 5.0, 产品目录号: BR100351; Acetate 5.5, 产品目录号: BR100352)
  7. 96孔板 (Cytiva, 产品目录号: BR100503)
  8. 96孔板封膜 (Cytiva, 产品目录号: 28975816)
  9. 10× PBS-P缓冲液 (Cytiva, 产品目录号: 8995084)
  10. 二甲基亚砜 (DMSO, MP, 产品目录号: 196055)
  11. 50 mM NaOH溶液 (Cytiva, 产品目录号: BR100358)
  12. 1.5 mL EP管 (KIRGEN, 产品目录号: KG2211)
  13. 1000 mL 0.2 μm NY过滤器 (康宁, 产品目录号: 430515)
  14. 1.05× PBS-P缓冲液 (见溶液配方)
  15. 含5% DMSO的1× PBS-P缓冲液 (见溶液配方)
  16. 蛋白母液 (见溶液配方)
  17. 小分子药物母液 (见溶液配方)
  18. 不同浓度的DMSO溶剂校正溶液 (见溶液配方)
  19. 50% DMSO溶液 (见溶液配方)
  20. 5 mM NaOH溶液 (见溶液配方)

仪器设备

  1. Milli-Q纯水仪 (密理博, millipore)
  2. 表面等离子共振仪 (Cytiva, Biacore 8K)
  3. 台式离心机 (贝克曼, Microfuge 20)
  4. 循环水多用真空泵 (郑州特尔仪器设备有限公司, SHZ-D(III))

实验步骤

Copyright: © 2024 The Authors; exclusive licensee Bio-protocol LLC.
引用格式：王静. (2024). 新型冠状病毒小分子抑制剂的筛选和竞争抑制研究. // Surface Plasmon Resonance (SPR) Protocol eBook. Bio-101: e1011009. DOI: 10.21769/BioProtoc.1011009.
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How to cite: Wang, J. (2024). Screening and Competitive Inhibition Study of Small Molecular Inhibitors against SARS-CoV-2. // Surface Plasmon Resonance (SPR) Protocol eBook. Bio-101: e1011009. DOI: 10.21769/BioProtoc.1011009.
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