摘要:冠状病毒的流行对公共卫生构成了重大的威胁,冠状病毒的非结构性蛋白(non-structural protein, NSP)的氨基酸序列、蛋白结构和功能在不同亚型的冠状病毒中高度保守[1]。NSP蛋白对于冠状病毒的免疫拮抗,病毒双层衣壳的组装,核酸的结合,解旋酶活性,RNA序列的校阅等重要的病毒全生命周期的活动都必不可少[2]。其中NSP10可以显著提高NSP14的EXoN区域的活性,从而有效减少RNA病毒的核苷酸错配[3]。另外,NSP10激活和调节NSP16的2’-O-甲基转移酶活性,选择性地转化cap-0成cap-1[4,5]。NSP10蛋白含有两个锌指结构域,其中锌离子结合位点1是由残基C4327,C4330和H4343形成,结合位点2是由残基C4370, C4373, C4381和C4383形成[6]。NSP10锌指结构域的配位残基在多种冠状病毒亚型上100%保守,在病毒复制过程中起重要作用[6]。目前未发现靶向NSP蛋白的小分子抑制剂,应用SPR高通量药物筛选验证针对NSP10锌指结构域虚拟筛选出的化合物后,再用病毒筛选是一个可选择的开发途径。
材料与试剂
- 96孔板封膜 100片装(Cytiva, 产品目录号: 28975816)
- 96孔HTS微孔板 250 μL(Greiner, 产品目录号: 650101)
- 96孔储样板 1 mL(Greiner, 产品目录号: 780201)
- DMSO (Sigma-Aldrich, 产品目录号: D5879-500ML)
- 迷你透析管 10K 0.5 mL 25只装(Thermo, 产品目录号: P00090779)
- NSP10 蛋白(Sino Biological, 产品目录号: 40599-VNCE)
- S系列感应芯片CM5 10片装(Cytiva, 产品目录号: 29149603)
- 10× PBS-P缓冲溶液1,000 mL(Cytiva, 产品目录号: 28995084)
- 醋酸钠 pH 4.0 50 mL(Cytiva, 产品目录号: 14100349)
- 醋酸钠 pH 4.5 50 mL(Cytiva, 产品目录号: 14100350)
- 醋酸钠 pH 5.0 50 mL(Cytiva, 产品目录号: 14100351)
- 醋酸钠 pH5.5 50 mL(Cytiva, 产品目录号: 14100352)
- 氢氧化钠 50 mM(Cytiva, 产品目录号: 14100358)
仪器设备
- Biacore 8K 高通量生物分子相互作用分析筛选系统(Cytiva, GE health, 29337793)
- 高速离心机(Eppendorf centrifuge, 5430)
- 离心机(Eppendorf centrifuge, 5910R)
- 洗板分液机(Thermo, MultiDrop Combi)
- 离心机(IKA, Mini G)
- 涡旋震荡器(上海生工, WH-861)
- 超声仪(昆山舒美, 40KHZ)
- 层析冷柜(永联生物, UL1500)
- 震荡器(其林贝尔, TS-2)
实验步骤
Copyright: © 2023 The Authors; exclusive licensee Bio-protocol LLC.
引用格式:李云齐, 陈彦文, 谭云. (2023). 应用SPR技术验证结合NSP10的小分子. // Surface Plasmon Resonance (SPR) Protocol eBook.
Bio-101: e1011005. DOI:
10.21769/BioProtoc.1011005.
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How to cite: Li, Y. Q., Chen, Y. W. and Tan, Y. (2023). Biophysical Evaluation of Small Molecules Potentially Targeting NSP10 by Surface Plasmon Resonance. // Surface Plasmon Resonance (SPR) Protocol eBook.
Bio-101: e1011005. DOI:
10.21769/BioProtoc.1011005.
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