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siRNA文库存储板的制备方法

Preparation of whole genome siRNA library

杨 杨荣超
韩 韩 帅
陈 陈 铭

发表时间: 2021年08月20日 DOI: 10.21769/BioProtoc.1010848 浏览次数: 2506

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高通量筛选实验手册
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摘要：商业化的siRNA文库一般以干粉形式存储于多孔板中。使用siRNA文库开展细胞水平的筛选实验之前，需要预先将粉末状态的siRNA文库进行溶解，并稀释到特定浓度，既便于存储又便于后续转染实验。在文库溶解及制备过程中需要考虑仪器操作的精准范围、减少死体积导致的试剂浪费、避免孔间交叉污染及尽量节约成本等多方面因素。本文介绍了作者单位利用自动化液体工作站将商业化的人和小鼠全基因组siRNA文库由粉末状制备成筛选用户可直接用于筛选的实验板的操作流程。

Keywords: siRNA文库 search 自动化液体工作站 search Biomek FX search 文库制备 search

材料与试剂

  1. siRNA文库 (Dharmacon)
    1.1
    G-105005-E2 OTP Human Genome Lot 11170 (38 Plates)
    1.2
    G-104655-E2 OTP Human Drug Target Lot 11169 (18 Plates)
    1.3
    G-104675-E2 OPT Human Druggable Subset Lot 11167 (10 Plates)
    1.4
    G-014655-E2 Mouse Drug Target Lot 11104 (26 Plates)
    1.5
    G-014675-E2 Mouse Druggable Subset Lot 11105 (11 Plates)
    1.6
    G-015005-E2 Mouse Genome Lot 11106 (33 Plates)
  2. 384孔存储板 (ABgene, catalog number: AB-0781)
  3. Biomek AP384 P30 Tips, Sterile (BECKMAN, catalog number: 719223)
  4. Biomek AP384 P30 XL Tips, Sterile (BECKMAN, catalog number: A22287)
  5. 加样槽 (Nunc, catalog number: 370906)
  6. 条形码标签 (BDY, catalog number: PTL-81-488)
  7. 条形码标签打印色带 (BDY, catalog number: R4310)
  8. 一次性试剂瓶 (Corning, catalog number: 430518)
  9. 可撕铝膜 (安捷伦PlateLoc, catalog number: 24210-001)
  10. 胶膜 (典奥Tekon, catalog number: NEXUS XPeel)
  11. 5× siRNA Buffer (Thermo, catalog number: B-002000-UB)
  12. RNase free water (Qiagen, catalog number: 129117)
  13. 去除RNA酶的清洁剂 (Invitrogen, catalog number: AM9780)
  14. 高纯氮气
  15. 1× siRNA buffer (见溶液配方)

仪器设备

  1. 大型液体工作站 (Beckman, model: Biomek FX)
  2. -80 °C冰箱 (Thermo, model: 995)
  3. 打标机 (Brady BMP61)
  4. 离心机 ( Agilent Centrifuge)
  5. 储板机 (Thermo Fisher, model: Cytomat24 Hotel System)
  6. 撕膜机 (Nexus, model: XPeel)
  7. 封膜机 (Agilent, model: PlateLoc)

软件

  1. Biomek software

实验步骤

Copyright: © 2021 The Authors; exclusive licensee Bio-protocol LLC.
引用格式：杨荣超, 韩 帅, 陈 铭. (2021). siRNA文库存储板的制备方法. // 高通量筛选实验手册. Bio-101: e1010848. DOI: 10.21769/BioProtoc.1010848.
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How to cite: Yang, R.C., Han, S. and Chen, M. (2021). Preparation of whole genome siRNA library. // High-throughput Screening Protocol eBook. Bio-101: e1010848. DOI: 10.21769/BioProtoc.1010848.
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