Improve Research Reproducibility A Bio-protocol resource

高通量质谱数据库建立及应用——以内源性代谢组学研究为例

Establishment of a High Throughput MS Database and Its Application in Endogenous Metabolite Metabolomics Profiling

唐 唐煜
韦 韦芳
付 付玮彬
商 商世瑛

发表时间: 2021年08月20日 DOI: 10.21769/BioProtoc.1010847 浏览次数: 7448

返回专辑目录

高通量筛选实验手册
pdf PDF PDF
ask 提问与回复
引用
收藏
被引用
摘要：代谢组学是研究生物体受外部刺激后所产生的所有代谢物变化的科学，能够全面揭示生物体受到扰动后机体代谢网络的变化。现有的代谢组学方法在数据库数据方面，数据来源众多，数据质量参差不齐，鉴定结果准确度和数据处理速度上受各实验室仪器状态和数据采集方法影响很大，通量有进一步提升的空间。本实验采用高分辨质谱对600余种内源性代谢物标准品逐一进行色谱和质谱数据采集，手动确认和标注信息后，录入数据库并导入Compound discover等数据处理软件进行快速、高通量的代谢组学数据处理。化合物鉴定标准方面，在进行质量偏差和二级质谱 (MS2) 碎片信息匹配的基础上，加入色谱保留时间作为高维度确证指标，降低了化合物鉴定的假阳性率。该数据库的建立和应用提高了代谢组学方法化合物鉴定的准确度，缩短了数据分析流程，可用于药物靶点发现、药理病理研究、疾病诊断等。

Keywords: 高分辨质谱 search 数据库 search 代谢组学 search 高通量 search

材料与试剂

  1. 1.5 ml 离心管 (Axygen, catalog number: MCT-150-C)
  2. Mass Spectrometry Metabolite Library内源性代谢物标准品库 (IROA Technologies, MSMLS)
  3. 甲醇 (Thermo Fisher, catalog number: A452-4)
  4. 乙腈 (Thermo Fisher, catalog number: A998-4)
  5. 异丙醇 (Thermo Fisher, catalog number: A451-4)
  6. 甲酸 (Thermo Fisher, catalog number: A117-50，质谱级，纯度＞99.5%)
  7. 乙酸铵 (Thermo Fisher, catalog number: AM9070G，质谱级，纯度＞99%)
  8. 去离子水 (制备自Milli Q Advantage A10超纯水机，电阻率为18.2MΩ·cm)

仪器设备

  1. Q Exactive Plus Orbitrap高分辨液质联用仪，配有U3000超高效液相色谱及自动进样器 (Thermo Fisher, catalog number: 16029108)
  2. Vortex-2 Genie 涡旋混合器 (Scientific Industries)
  3. 5810R低温离心机 (Eppendorf)
  4. WD-9415C型超声波清洗器 (北京市六一仪器厂)
  5. ACQUITY UPLC HSS T3色谱柱，2.1 × 100 mm，1.8 μm (Waters)
  6. BEH Amide 色谱柱，2.1 × 100 mm，1.7 μm (Waters)
  7. mzVault 2.2软件 (Thermo Fisher)
  8. Compound discover 3.2软件 (Thermo Fisher)

实验步骤

Copyright: © 2021 The Authors; exclusive licensee Bio-protocol LLC.
引用格式：唐煜, 韦芳, 付玮彬, 商世瑛. (2021). 高通量质谱数据库建立及应用——以内源性代谢组学研究为例. // 高通量筛选实验手册. Bio-101: e1010847. DOI: 10.21769/BioProtoc.1010847.
ris ris 下载引用格式
How to cite: Tang, Y., Wei, F., Fu, W. B. and Shang, S. Y. (2021). Establishment of a High Throughput MS Database and Its Application in Endogenous Metabolite Metabolomics Profiling. // High-throughput Screening Protocol eBook. Bio-101: e1010847. DOI: 10.21769/BioProtoc.1010847.
ris ris Download Citation in RIS Format

您对这篇实验方案有问题吗？

在此处发布您的问题，我们将邀请本文作者来回答。同时，我们会将您的问题发布到Bio-protocol Exchange，以便寻求社区成员的帮助。

post 发布问题
0 Q&A