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利用表面等离子共振成像技术高通量筛选表观遗传相互作用

High Throughput Screening of the Epigenetic Interactome by Surface Plasmon Resonance Imaging (SPRi)

常卿 常卿
李 李文奇

发表时间: 2021年08月06日 DOI: 10.21769/BioProtoc.1010842 浏览次数: 2441

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高通量筛选实验手册
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摘要：利用表面等离子共振成像 (Surface plasmon resonance imaging，SPRi) 技术研究表观遗传互作中组蛋白修饰和组蛋白阅读器之间的相互作用和识别。SPRi技术的检测原理和SPR一样，但利用电荷耦合器 (Charge couple device, CCD) 摄像机采集样品表面图像信息，根据入射光和表面等离子体间的反射光强度值的变化，以及与金属膜表面折射系数相联系的原理进行检测。通过制备三维卡宾芯片，利用微阵列打印技术在芯片表面通过光交联固定组蛋白多肽，高通量一次性筛选1000对表观遗传相互作用，建立了一种无标记、高通量、动力学研究生物分子互作的方法。

Keywords: 表面等离子共振成像 search 高通量筛选 search 表观遗传互作 search 三维卡宾芯片 search

材料与试剂

  1. 擦镜纸 (杭州宁泰造纸有限公司，西湖牌，规格10 × 15 cm，100张)
  2. 10 cm培养皿 (Corning, catalog number: 2629088)
  3. 裸金芯片 (Plexera Bioscience, NanoCapure, catalog number: PX100)
  4. 光学清洗液 (Fisher Scientific, catalog number: 22-143974)
  5. 折射率匹配液 (Cargille Laboratories, catalog number: 1809)
  6. 琥珀酸酐 (SAA) (Sigma-Aldrich, catalog number: 239690)
  7. 二甲氨基吡啶 (DMAP) (Sigma-Aldrich, catalog number: 107700)
  8. 二甲基甲酰胺 (DMF) (国药集团化学试剂北京有限公司，catalog number: 81007780)
  9. 羟基末端烷硫醇 (EG3-OH) (ProChimia Surfaces, catalog number: TH 001-m11.n3)
  10. 光交联剂 (photo-cross-linker，PCL) (TCI, catalog number: T2820)
  11. 1-(3-二甲氨基丙基)-3-乙基碳二亚胺盐酸盐 (EDC) (Sigma-Aldrich, catalog number: 03450)
  12. N-羟基琥珀酰亚胺 (NHS) (Sigma-Aldrich, catalog number: 56480)
  13. 乙醇胺 (EA) (国药集团化学试剂北京有限公司，catalog number: 40021361)
  14. 乙醇 (EtOH) (国药集团化学试剂北京有限公司，catalog number: 100092188)
  15. DMSO (Sigma-Aldrich, catalog number: 34943)
  16. TBS缓冲液 (见溶液配方)
  17. PBS缓冲液 (见溶液配方)
  18. PBST缓冲液 (见溶液配方)
  19. 重生液 (见溶液配方)

仪器设备

  1. 等离子清洗仪 (四川威斯派克科技有限公司，铭恒牌，model: PDG-MG)
  2. 生物芯片点样仪 (Arrayit corporation, model: SpotBot 3 Microarray Printer)
  3. 真空干燥器 (Merck, model: Millivac Vacuum Pump & Nalgene vacuum desiccator)
  4. 紫外交联仪 (北京宾达科技有限公司，model: UVJLY-I)
  5. 高通量生物分子相互作用分析仪 (Plexera Bioscience, model: PlexArray HT)
  6. Plexera软件系统 (Plexera Bioscience, Plexera Instrument Control仪器控制软件，Plexera Data Explorer数据分析软件)

实验步骤

Copyright: © 2021 The Authors; exclusive licensee Bio-protocol LLC.
引用格式：常卿, 李文奇. (2021). 利用表面等离子共振成像技术高通量筛选表观遗传相互作用. // 高通量筛选实验手册. Bio-101: e1010842. DOI: 10.21769/BioProtoc.1010842.
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How to cite: Chang, Q. and Li, W. Q. (2021). High Throughput Screening of the Epigenetic Interactome by Surface Plasmon Resonance Imaging (SPRi). // High-throughput Screening Protocol eBook. Bio-101: e1010842. DOI: 10.21769/BioProtoc.1010842.
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