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基于结构的小分子药物虚拟筛选

Structure-Based Virtual Screening of Small Molecule Drugs

郭林 郭林
张 张孝春
田 田博学

发表时间: 2021年06月15日 DOI: 10.21769/BioProtoc.1010827 浏览次数: 3799

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高通量筛选实验手册
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摘要：虚拟筛选是一种从大型化合物数据库中识别候选药物的快速且经济的计算方法，已广泛应用于早期药物发现。高通量的虚拟筛选通过有效的部署计算力，平衡计算成本与准确性，使有价值的分子进入高精度的计算步骤中。本文以与肿瘤相关的药物靶标Src激酶为例，使用Schrödinger软件Glide模块简要介绍一种基于结构的小分子药物虚拟筛选方法。

Keywords: 虚拟筛选 search 药物发现 search 分子对接 search MM-GBSA search

仪器设备

  1. 高性能计算服务器 (浪潮，catalog number: NF5280M5)

软件

  1. Schrödinger v2017-2软件
    Schrödinger作为一个药物发现的软件包，具备较为完备的药物设计相关模块，如Prime、Glide、QikProp、SiteMap等。其中Glide拥有一套配体受体对接的完整解决方案，在与天然共晶结构的RMSD方面优于其他对接程序，它对配体的构象、取向和位置空间进行系统搜索，并使用半经验自由能的综合评价方法来确定最佳构象 (Friesner et al., 2004)。

实验步骤

Copyright: © 2021 The Authors; exclusive licensee Bio-protocol LLC.
引用格式：郭林, 张孝春, 田博学. (2021). 基于结构的小分子药物虚拟筛选. // 高通量筛选实验手册. Bio-101: e1010827. DOI: 10.21769/BioProtoc.1010827.
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How to cite: Guo, L., Zhang, X. C. and Tian, B. X. (2021). Structure-Based Virtual Screening of Small Molecule Drugs. // High-throughput Screening Protocol eBook. Bio-101: e1010827. DOI: 10.21769/BioProtoc.1010827.
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