摘要:细胞RNA荧光原位杂交实验(RNA-FISH)是用于研究RNA在细胞中定位和水平的方法 (Urbanek and Krzyzosiak, 2016)。该方法利用带有荧光标记的与靶标RNA互补的DNA探针与细胞内的靶标RNA分子杂交,通过在共聚焦显微镜下观察荧光信号的强度和分布位置,来确定靶标RNA在细胞中的丰度和定位 (Kishi
et al., 2019)。和以往采用的放射性同位素标记探针法相比,改用荧光标记探针的细胞RNA-FISH技术具有实验周期短、安全无污染、探针稳定性好、灵敏度高、经济实惠、可用多种颜色在同一细胞中区分多个靶标等优点。本文介绍了细胞RNA-FISH实验的具体操作流程及注意事项。
研究背景
细胞RNA-FISH是研究目的RNA在细胞中定位的技术,其依据的实验原理是碱基互补配对原则,用带有荧光基团标记的探针去结合细胞中的靶标RNA,最后使用共聚焦显微镜观察荧光信号来确定目的RNA在细胞中的分布。RNA-FISH技术为研究RNA的功能提供了有力的科研工具,在基因诊断、肿瘤遗传学、病毒感染分析等方面发挥了重要的作用 (Cui et al., 2016)。
材料与试剂
- 12孔细胞培养皿 (Thermo Fisher, catalog number: 150628)
- 胰酶 (Thermo Fisher, catalog number: 25200072)
- 移液器枪头 (Axygen, catalog number: T-200-Y)
- 载玻片 (CITOTEST, catalog number: 188105W)
- 细胞培养皿盖玻片 (Thermo Fisher, catalog number: H18200)
- 封口膜 (Parafilm, catalog number: PM996)
- 1× PBS缓冲液 (Hyclone, catalog number: SH30256.01)
- 70% 乙醇 (VWR International, catalog number: BDH1164-4LP)
- 靶向目标RNA的探针 (奥科生物技术有限公司)
- 37%甲醛 (Richard-Allan Scientific, catalog number: 9311)
- 20 × SSC溶液 (Ambion, catalog number: AM9765)
- 甲酰胺 (Ambion, catalog number: AM9342)
- 硫酸葡聚糖 (Amresco, catalog number: 0198)
- 封片液 (Invitrogen, catalog number: P36961)
- DAPI (Invitrogen, catalog number: D1306)
- 固定液 (见溶液配方)
- 洗涤缓冲液 (见溶液配方)
- 杂交液 (见溶液配方)
仪器设备
- 移液器 (Eppendorf,catalog number: 3120000070)
- 摇床 (其林贝尔,catalog number: TS-1)
- 4 °C冰箱 (海尔)
- 37 °C培养箱 (上海一恒,catalog number: LRH-70F)
- 共聚焦显微镜 (奥林巴斯,catalog number: FV500)
实验步骤