Improve Research Reproducibility A Bio-protocol resource

细胞RNA免疫沉淀

RNA Immunoprecipitation (RIP)

李 李瑞花
瞿 瞿蕾
陈 陈怡珺
林 林爱福

发表时间: 2022年09月15日 DOI: 10.21769/BioProtoc.1010808 浏览次数: 1819

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摘要：RIP (RNA Immunoprecipitation，RNA免疫沉淀) 技术，是研究细胞内RNA与蛋白质结合情况的一种技术，运用针对目标蛋白的抗体把相应的RNA-蛋白复合物沉淀下来，然后经过分离纯化获得结合在蛋白复合物上的RNA。结合的RNA序列可通过microarray、RT-qPCR或高通量测序鉴定。RIP技术不同于ChIP技术，它是研究目的蛋白和 RNA 分子间物理结合的一种方法。根据实验样品是否交联，将该技术分为两大类：天然RIP (Native RNA Immunoprecipitation) 和交联RIP (Cross-linked RNA Immunoprecipitation)。该方法简单易操作，结合RNA pull-down实验可以正向和反向的验证RNA-蛋白质之间的相互作用。

Keywords: RNA蛋白质结合 search 免疫沉淀 search RNA分离纯化 search

材料与试剂

  1. 1.5 ml离心管 (上海生工生物，catalog number: F601620-9001)
  2. 2 ml RNase-free离心管 (生工，catalog number: F601620-9001) 
  3. 1 ml RNase-free枪头 (KIRGEN，catalog number: KG1333) 
  4. RiboLock RNase Inhibitor (Thermo ScientificTM, catalog number: EO0382)
  5. cOmpleteTM, Mini Protease Inhibitor Cocktail (Roche, catalog number: 04693124001)
  6. Phosphatase Inhibitor Cocktail (ApexBio, catalog number: K1014)
  7. PierceTM Protein A/G Plus Agarose (Thermo ScientificTM, catalog number: 20423)
  8. Primary antibody (根据实验需求，选择)
  9. TRIzolTM Reagent (InvitrogenTM, catalog number: 15596018)
  10. Superase.IN (InvitrogenTM, catalog number: AM2694)
  11. GlycoBlue (InvitrogenTM, catalog number: AM9516)
  12. Proteinase K (InvitrogenTM, catalog number: 25530015)
  13. 水饱和酚 (InvitrogenTM, catalog number: AM9710)
  14. 氯仿 (国药, catalog number: 10006818)
  15. 无水乙醇 (国药, catalog number: 10009218)
  16. 异戊醇 (国药, catalog number: 10003218)
  17. IgG (CST, 根据一抗来源)
  18. Tris (生工，catalog number: A501492-0005) 
  19. NaCl (生工，catalog number: A501218-0001) 
  20. MgCl2 (国药，catalog number: 10012818) 
  21. NP-40 (生工，catalog number: A100109-0100) 
  22. SDS (麦克林，catalog number: 151-21-3) 
  23. Sodium deoxycholate (sigma，catalog number: 30970-25G) 
  24. Na2HPO4·12H2O (国药，catalog number: 10020318) 
  25. KH2PO4 (生工，catalog number: A100781-0500) 
  26. 醋酸钠 (生工，catalog number: A110530-0500) 
  27. DEPC (Sigma，catalog number: D5758-25ML) 
  28. 1x RIPA裂解液 (见溶液配方)
  29. Proteinase K buffer (见溶液配方)
  30. NT2 buffer (见溶液配方)
  31. 10x PBS (见溶液配方)

仪器设备

  1. 15 cm 细胞培养皿 (Excell，catalog number: CS016-0129) 
  2. 细胞刮刀 (阿拉丁，catalog number: C6587-01-10A) 
  3. -80 °C冰箱
  4. 小型低温离心机
  5. Thermomixer
  6. 移液器
  7. 旋转仪
  8. Vortex

实验步骤

Copyright: © 2022 The Authors; exclusive licensee Bio-protocol LLC.
引用格式：李瑞花, 瞿蕾, 陈怡珺, 林爱福. (2022). 细胞RNA免疫沉淀. Bio-101: e1010808. DOI: 10.21769/BioProtoc.1010808.
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How to cite: Li, R. H., Qu, L., Chen, Y. J. and Lin, A. F. (2022). RNA Immunoprecipitation (RIP). Bio-101: e1010808. DOI: 10.21769/BioProtoc.1010808.
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