研究背景

近年来，二代 (高通量) 测序技术的快速发展以及测序成本的降低，为基因组数据的获 取提供了便利，也使得它目前已经广泛应用于解决系统发生关系、生物进化等领域的科学问题。然而，由于二代测序技术本身的一些局限性，例如测序序列长度远远小于分子可能的原有长度，且难以区分基因组中的重复序列；测序时覆盖度不均匀，影响组装质量；测序时存在一定比例的错误，影响组装结果；测序得到的大量数据也增加了计算的复杂性，故基于二代测序的基因组组装具有一定的难度，也会占用大量计算资源与时间。
        本文提出了一套基于二代全基因测序的快速基因组组装流程，它整合了一系列快速、高效的生物信息工具，可以从低深度测序的原始数据中快速组装基因组。使用该流程与技术，在普通配置的台式电脑上组装完成单个物种基因组 (大小一般在0.1-2 Gbp) 仅需2-24 h。该方法已在弹尾纲、昆虫纲、蛛形纲等类群中得到应用，组装的 基因组数据也已成功应用于六足类 (如虱目) 的分子系统学研究中。

仪器设备

1. 普通电脑 (最低4核8线程，16 G内存)

软件

本教程可以自行在服务器或个人电脑上安装好相关软件进行。相关软件的安装版本及使用说明如下。

1. 删除重复、质控、降低丰度：BBTools v38.32 (https://sourceforge.net/projects/bbmap/)
2. 组装 (Contig水平组装)：Minia v3.2.4 (https://github.com/GATB/minia) 或SPA des v3.14.1 (http://bioinf.spbau.ru/spades)
3. 去杂合：Redundans v0.14c (https://github.com/lpryszcz/redundans) 或cd-hit (http://www.bioinformatics.org/cd-hit/)
4. 序列延长 (Scaffold水平组装)：BESST v2.2.8 (https://github.com/ksahlin/BESST)
5. 填补缺口：GapCloser v1.12 (http://soap.genomics.org.cn/)
   
6. 基因组完整性评估：BUSCO v3.0.2 (http://busco.ezlab.org/)
   

也可在Windows系统预先安装好虚拟机VMware或VirtualBox，导入我们准备的虚拟镜像 (.vmdk)。该镜像已安装CentOS 7.3系统和所需的生物信息学工具，建议磁盘空间超过100 Gb (至少50 Gb)。CentOS 7.3系统具体信息及下载链接详见https://1drv.ms/f/s!Ak7sQGBGqlguq1gdk1KKIR7uwAfj。

实验步骤