前言

对生物种群基因组遗传多样度的计算和估计，一方面，可以比较不同群体间有效群体规模的大小，并评估进化潜能。另一方面，可以解析基因组中哪些遗传区域经历了快速演化事件（例如自然选择）。目前，人们以不同参数来表征生物种群的遗传多样度，例如：单倍型多样度、杂合度和核苷酸多样度等。单倍型多样度一般适用于对较小遗传区域的分析；杂合度聚焦于单个个体，但是忽略了对种群所有样本结果的标准化；核苷酸多样度是广义的群体杂合度，被广泛用于表征一个种群的遗传多样度。在此，我们将介绍如何利用群体基因组数据，对目标种群的遗传多样度分布特征进行分析和探究。

软件运行环境及信息

1. 本文中所有软件的运行及数据处理和分析均在Linux操作系统环境上进行（相关学习教程请参考：http://linux.vbird.org）
   
2. VCFtools v0.1.16 (https://vcftools.github.io/man_latest.html；Danecek et al.，2011)
   
3. R v4.0.2 (https://cran.r-project.org/src/base/R-4)
   

实验步骤