KAPA建库试剂盒在通用方法学中的应用 下一代测序技术(NGS),又称为大规模平行测序技术,通常指第二代和第三代测序技术,与一代测序技术相比,其在测序速度以及成本上的优势使得该技术在各个领域得以迅速应用。
按所测序核酸分子的类型不同,NGS文库类型可分为DNA 文库—全基因组测序 (WGS)、全外显子组测序 (WES),染色质免疫沉淀测序 (ChIP-seq);RNA 文库—转录组测序, RNA免疫沉淀测序 (RIP-seq)。KAPA NGS系列产品可覆盖所有类型文库构建应用。
转录组测序 (RNA-Seq) 是目前应用最为广泛的一种测序方法之一,是转录组研究的重要方法。转录组测序可以提供整个转录本的信息,可以研究基因的差异表达,确定基因或转录本结构,检测转录本的结构变异,识别可变剪切,发现非编码RNA (non-coding RNA) 等。而KAPA rRNA去除试剂盒加是使用一种针对性的酶降解法来移除核糖体RNA (rRNA) 从而对总RNA进行纯化,这样做的优势是可以得到不带polyA尾的RNA,包括非编码RNA和前体RNA,为后续的研究提供更多的分析选择性。该试剂盒是链特异性建库,普通的转录组测序文库是无法保留转录本的方向信息的,不知道序列是自于基因本身还是它的反向互补序列,而很多基因区域都存在着正反义链的转录本,尤其是大多数非编码RNA都来自反义链。本文中用KAPA rRNA去除试剂盒与KAPA RNA stranded试剂盒对小鼠小脑、皮质、嗅球的转录组进行了分析。以研究小鼠各个脑组织中的RNA表达与甲基化的关系。
实验背景
以往的研究发现成年小鼠各组织中脑的5hmC水平显著高于其他组织。根据以往的研究发现,从胚胎到成年期小鼠脑内的5hmC水平一直较高。为了进一步了解5hmC在脑发育中的重要性。因此通过对小鼠脑中几个组织:小脑、嗅球以及皮质的甲基化水平进行初步分析。在以往的研究中也了解到,甲基化及羟甲基化的高低与转录组有重要联系。为了进一步证明,该实验也对小鼠各个组织中的RNA表达进行了分析。进一步将前期的甲基化结果与其关联,验证小鼠脑中各种RNA表达与甲基化的关系。
生物材料:雌性c57小鼠小脑、皮质、嗅球
实验目的
去除总RNA中rRNA后构建小鼠脑组织RNA文库,分析小鼠脑发育相关基因的表达及其中非编码RNA的作用。
关键词:rRNA去除,链特异性建库,小鼠,脑组织
实验步骤