KAPA建库试剂盒在通用方法学中的应用 下一代测序技术(NGS),又称为大规模平行测序技术,通常指第二代和第三代测序技术,与一代测序技术相比,其在测序速度以及成本上的优势使得该技术在各个领域得以迅速应用。
按所测序核酸分子的类型不同,NGS文库类型可分为DNA文库—全基因组测序 (WGS)、全外显子组测序 (WES),染色质免疫沉淀测序 (ChIP-seq);RNA 文库—转录组测序, RNA免疫沉淀测序 (RIP-seq)。KAPA NGS系列产品可覆盖所有类型文库构建应用。
转录组研究目前是探寻基因表达水平的主要方法,以定位在不同基因位置上的RNA丰度来展示基因表达水平,进而研究不同实验条件、不同组织或细胞等之间的差异表达的基因,下一步也可对这些基因的功能、富集通路等分子机制进行深入的研究。随着二代测序技术的发展,测序成本大幅度降低,大规模转录组测序 (RNA-seq) 已经成为转录组研究的重要方法。KAPA的Stranded mRNA-Seq Kit建库试剂盒基于真核生物mRNA含有polyA尾的特性,用磁珠富集纯化,进而进行后续的文库构建。本文中利用Stranded mRNA-Seq Kit建库试剂盒构建拟南芥地上部mRNA转录组文库,通过转录组分析挖掘参与糖转运,代谢途径中的相关基因。
实验背景
高等植物叶片通过光合作用定大气中的CO2产生糖, 为其他组织器官提供能源和碳源,固定的碳以糖尤其是蔗糖的形式分配到植物各组织器官中,糖的转运主要由转运蛋白控制,对于提高农作物和林木的生产力具有非常重要的意义。我们的课题主要关注光同化产物分配的机理,通过分子遗传,分子工程学手段,为粮食,纤维,木材等产量提高提供分子生物学基础。
生物材料: 拟南芥地上部
实验目的
构建拟南芥mRNA转录组, 探究参与调控糖转运,代谢等相关基因。
关键词 : 二代测序,拟南芥,mRNA,糖代谢
实验步骤