KAPA建库试剂盒在通用方法学中的应用 下一代测序技术(NGS),又称为大规模平行测序技术,通常指第二代和第三代测序技术,与一代测序技术相比,其在测序速度以及成本上的优势使得该技术在各个领域得以迅速应用。
按所测序核酸分子的类型不同,NGS文库类型可分为DNA 文库—全基因组测序 (WGS)、全外显子组测序 (WES),染色质免疫沉淀测序 (ChIP-seq) ; RNA 文库—转录组测序,RNA免疫沉淀测序 (RIP-seq)。KAPA NGS系列产品可覆盖所有类型文库构建应用。
转录组研究目前是探寻基因表达水平的主要方法,用定位在不同基因位置上的RNA丰度来展示基因表达水平,进而研究不同实验条件、不同组织或细胞等之间的差异表达的基因,下一步也可对这些基因的功能、富集通路等分子机制进行深入的研究。随着二代测序技术的发展,测序成本大幅度降低,大规模转录组测序 (RNA-seq)已经成为转录组研究的重要方法。KAPA的mRNA HyperPrep建库试剂盒基于真核生物mRNA含有polyA尾的特性,用磁珠富集纯化,进而进行后续的文库构建。本文中利用KAPA mRNA HyperPrep建库试剂盒构建线虫纤毛相关突变体的转录组文库,通过转录组分析发掘控制相应表型的基因。
研究背景
纤毛和鞭毛是从单细胞藻类到高等动物中保守的膜细胞器。它的形成和维持依赖于微管马达蛋白驱动的双向纤毛运输,同时纤毛功能的失调与许多人类疾病密切相关,统称为纤毛病。尽管目前有许多关于纤毛的调节机制的研究,但是关于它的具体调节机制以及详细的功能还不是特别清楚。为了进一步深入地探讨纤毛的形成和维持过程,我们利用模式生物秀丽隐杆线虫开展了研究。
生物材料:L1时期线虫突变体
起始总RNA量:~300 ng RNA
实验目的
构建线虫相关突变体mRNA文库,以对于线虫纤毛突变体转录组进行分析,为后续的挖掘控制相应表型的基因提供数据支持。
关键词:RNA,二代测序,线虫
实验步骤