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miRNA-seq数据分析

miRNA-seq Data Analysis

赵 赵婧
刘 刘南

发表时间: 2019年06月20日 DOI: 10.21769/BioProtoc.1010249 浏览次数: 14901

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果蝇实验手册
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摘要：Small RNA是生物体内一类重要的功能分子，包括miRNA、siRNA和piRNA。它的主要功能是诱导基因沉默，调控细胞生长、发育、基因转录和翻译等生物学过程。基于新一代高通量测序技术的small RNA测序，可一次性获得数百万条small RNA序列，能够快速地鉴定某种组织在特定状态下的所有已知small RNA，并发现新的small RNA，为small RNA功能研究提供有力工具。本实验教程以miRNA为例，详述了small RNA测序数据的分析流程。

Keywords: miRNA-seq search 测序定量 search 差异表达 search 靶标预测 search

仪器设备

  1. 服务器 (型号：I620-G20；操作系统：centos7；CPU：Xeon(R) CPU E5-2620 v4 @ 2.10GHz，8核，32G内存)
    注：学习者最好是有mac或者linux系统，需要8G+的内存，500G的存储，如果是Windows，则需要安装git，notepad++，虚拟机 (安装linux系统) 等,建议初学者使用mac。
  2. 普通个人电脑 (需要已经安装好R，能调用个人终端)

软件

  1. FASTX-Toolkit (v0.014)
  2. FastQC (v0.11.8)
  3. mulitiQC(v1.6)
  4. miRDeep2(v2.0.0) (Anders和Huber，2010)
  5. DESeq(v1.34.0) (Friedlander等，2012)
  6. R(v3.5.1)

实验步骤

Copyright: © 2019 The Authors; exclusive licensee Bio-protocol LLC.
引用格式：赵婧, 刘南. (2019). miRNA-seq数据分析. Bio-101: e1010249. DOI: 10.21769/BioProtoc.1010249.
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How to cite: Zhao, J and Liu, N. (2019). miRNA-seq Data Analysis. Bio-101: e1010249. DOI: 10.21769/BioProtoc.1010249.
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分类

分子生物学 > RNA

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