Improve Research Reproducibility A Bio-protocol resource

Small RNA分离及PAGE-northern

Small RNA Isolation and Detection with PAGE-northern

沈 沈建强
龙 龙湍
熊立仲 熊立仲

发表时间: 2018年04月27日 DOI: 10.21769/BioProtoc.1010117 浏览次数: 6364

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实验原理：根据变性PAGE胶，分离小片段RNA，然后用同位素标记探针检测目的小RNA。
实验目的：用来验证植物中小RNA的存在，检测小RNA大小，以及表达量分析。

Keywords: Small RNA search PAGE-northern search 变性PAGE search

材料与试剂

  1. 玻璃板
  2. 各种规格RNase free枪头
  3. 海绵
  4. 滤纸
  5. 保鲜膜
  6. 冰槽
  7. 丙烯酰胺:甲叉双丙烯酰胺=29:1 (BioRad, catalog number: 161-0156)
  8. N,N,N’,N’-四甲基乙二胺(TEMED) (BioRad, catalog number: 161-0800)
  9. 10%过硫酸铵(AP) (Sigma, catalog number: A7460)
  10. 尿素 (Sigma, catalog number: U6504)
  11. 0.1%溴酚蓝
  12. 0.1%二甲苯青
  13. 8 M尿素
  14. 尼龙膜 (Amershan, catalog number: RPN3038)
  15. T4寡核苷酸激酶 (Takara)
  16. γ-32P-ATP (PerkinElmer, catalog number: BLU002Z250UC)
  17. Tris (Sigma)
  18. 硼酸 (Sigma)
  19. EDTA (FLUKA)
  20. DEPC (Sigma, catalog number: D5758)
  21. 无水乙醇和75%乙醇
  22. 0.01% DEPC水
  23. EB
  24. 氯化钠 (Sigma)
  25. 柠檬酸钠 (Sigma)
  26. 磷酸二氢钠 (Sigma)
  27. 磷酸氢二钠 (Sigma)
  28. PEG8000 (Sigma)
  29. SDS (BBI)
  30. 100x Denhardt’s Solution (Invitrogen)
  31. 鲑精DNA (Sigma)
  32. 8 M尿素上样缓冲液 (见溶液配方)
  33. 5x TBE缓冲液 (见溶液配方)
  34. 预杂交液/杂交液 (见溶液配方)
  35. 非严谨洗膜液 (见溶液配方)
  36. 严谨洗膜液配方 (见溶液配方)

仪器设备

  1. 量筒
  2. 电泳槽
  3. 梳子
  4. 电泳仪
  5. 转膜槽
  6. 移液器
  7. 搅拌子
  8. 暗夹
  9. BioRad Mini-PROTEAN Tetra Electrophoresis System (BioRad, catalog number: 164-8003)
  10. 真空干燥箱 (SHEL LAB)
  11. 杂交炉 (UVP, model: HB-1000 Hybridizer)
  12. 紫外线交联仪 (UVP, model: CL-1000 Ultraviolet Crosslinker)
  13. 超声波仪 (BioruptorTM, model: UCD-200)
  14. 磷屏扫描仪 (FUJIFILM, model: FLA-5100)
  15. 离心机
  16. -20 °C冰箱

实验步骤

Copyright: © 2018 The Authors; exclusive licensee Bio-protocol LLC.
引用格式：沈建强, 龙湍, 熊立仲. (2018). Small RNA分离及PAGE-northern. Bio-101: e1010117. DOI: 10.21769/BioProtoc.1010117.
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How to cite: Shen, J. Q., Long, T. and Xiong, L. Z. (2018). Small RNA Isolation and Detection with PAGE-northern. Bio-101: e1010117. DOI: 10.21769/BioProtoc.1010117.
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分类

分子生物学 > RNA > RNA 提取

分子生物学 > RNA > RNA 检测 > Northern 印迹杂交

植物科学 > 植物分子生物学 > RNA

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